id:"swepub:oai:DiVA.org:kth-136421"
Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:kth-136421" > fastphylo :
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
- Khan, Mehmood AlamKTH,Beräkningsbiologi, CB,Science for Life Laboratory, SciLifeLab (författare)
fastphylo : Fast tools for phylogenetics
- Artikel/kapitelEngelska2013
Förlag, utgivningsår, omfång ...
- 2013-11-20
- BioMed Central,2013
- electronicrdacarrier
Nummerbeteckningar
- LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:kth-136421
- https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-136421URI
- https://doi.org/10.1186/1471-2105-14-334DOI
- https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:su:diva-97257URI
Kompletterande språkuppgifter
- Språk:engelska
- Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
- SwePubSwePub
Klassifikation
Anmärkningar
- QC 20140205
- Background: Distance methods are ubiquitous tools in phylogenetics. Their primary purpose may be to reconstruct evolutionary history, but they are also used as components in bioinformatic pipelines. However, poor computational efficiency has been a constraint on the applicability of distance methods on very large problem instances. Results: We present fastphylo, a software package containing implementations of efficient algorithms for two common problems in phylogenetics: estimating DNA/protein sequence distances and reconstructing a phylogeny from a distance matrix. We compare fastphylo with other neighbor joining based methods and report the results in terms of speed and memory efficiency. Conclusions: Fastphylo is a fast, memory efficient, and easy to use software suite. Due to its modular architecture, fastphylo is a flexible tool for many phylogenetic studies.
Ämnesord och genrebeteckningar
- NATURVETENSKAP Data- och informationsvetenskap Bioinformatik hsv//swe
- NATURAL SCIENCES Computer and Information Sciences Bioinformatics hsv//eng
- Distance matrices
- Distance method
- Evolutionary history
- Large problems
- Memory efficient
- Modular architectures
- Neighbor joining
- Phylogenetic studies
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
- Elias, IsaacKTH,Beräkningsbiologi, CB,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:kth)u1omod4k (författare)
- Sjölund, ErikStockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),DBB(Swepub:su)ersj (författare)
- Nylander, KristinaKTH,Skolan för datavetenskap och kommunikation (CSC)(Swepub:kth)u1tkxiyi (författare)
- Guimera, Roman VallsStockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),Stockholms univetsitet(Swepub:su)rvall (författare)
- Schobesberger, RichardKTH,Beräkningsbiologi, CB,University of Applied Sciences Upper Austria(Swepub:kth)u1iz3phi (författare)
- Schmitzberger, PeterKTH,Beräkningsbiologi, CB,University of Applied Sciences Upper Austria(Swepub:kth)u1uage9b (författare)
- Lagergren, JensKTH,Beräkningsbiologi, CB,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:kth)u13fcyg9 (författare)
- Arvestad, LarsStockholms universitet,KTH,Beräkningsbiologi, CB,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Numerisk analys och datalogi (NADA)(Swepub:su)arve (författare)
- KTHBeräkningsbiologi, CB (creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
- Ingår i:BMC Bioinformatics: BioMed Central14:1, s. 334-1471-2105
Internetlänk
- http://www.biomedcentral.com/1471-2105/14/334Biomedcentral
- https://kth.diva-portal.org/smash/get/diva2:676061/FULLTEXT01.pdffulltext:postprint
- https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/1471-2105-14-334
- https://doi.org/10.1186/1471-2105-14-334Fulltext
- https://su.diva-portal.org/smash/get/diva2:676302/FULLTEXT01.pdffulltext:print
- https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-136421
- https://doi.org/10.1186/1471-2105-14-334
- https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:su:diva-97257
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Hitta mer i SwePub
- Av författaren/redakt...
- Khan, Mehmood Al ...
- Elias, Isaac
- Sjölund, Erik
- Nylander, Kristi ...
- Guimera, Roman V ...
- Schobesberger, R ...
- visa fler...
- Schmitzberger, P ...
- Lagergren, Jens
- Arvestad, Lars
- visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Data och informa ...
- och Bioinformatik
- Artiklar i publikationen
- BMC Bioinformati ...
- Av lärosätet
- Kungliga Tekniska Högskolan
- Stockholms universitet
Sök utanför SwePub
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
- Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
- LIBRIS.kb.se
