Integrative annotation of 21,037 human genes validated by full-length cDNA clones

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: WFRF:(Imbeaud S.) > (2004) > Integrative annotat...

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Imanishi, T. (författare)

Integrative annotation of 21,037 human genes validated by full-length cDNA clones

Artikel/kapitelEngelska2004

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2004-04-20
Public Library of Science (PLoS),2004
printrdacarrier

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:kth-157181
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-157181URI
https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0020162DOI
http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:110301234URI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

QC 20141211
The human genome sequence defines our inherent biological potential; the realization of the biology encoded therein requires knowledge of the function of each gene. Currently, our knowledge in this area is still limited. Several lines of investigation have been used to elucidate the structure and function of the genes in the human genome. Even so, gene prediction remains a difficult task, as the varieties of transcripts of a gene may vary to a great extent. We thus performed an exhaustive integrative characterization of 41,118 full-length cDNAs that capture the gene transcripts as complete functional cassettes, providing an unequivocal report of structural and functional diversity at the gene level. Our international collaboration has validated 21,037 human gene candidates by analysis of high-quality full-length cDNA clones through curation using unified criteria. This led to the identification of 5,155 new gene candidates. It also manifested the most reliable way to control the quality of the cDNA clones. We have developed a human gene database, called the H-Invitational Database (H-InvDB; http://www.h-invitational.jp/). It provides the following: integrative annotation of human genes, description of gene structures, details of novel alternative splicing isoforms, non-protein-coding RNAs, functional domains, subcellular localizations, metabolic pathways, predictions of protein three-dimensional structure, mapping of known single nucleotide polymorphisms (SNPs), identification of polymorphic microsatellite repeats within human genes, and comparative results with mouse full-length cDNAs. The H-InvDB analysis has shown that up to 4% of the human genome sequence (National Center for Biotechnology Information build 34 assembly) may contain misassembled or missing regions. We found that 6.5% of the human gene candidates (1,377 loci) did not have a good protein-coding open reading frame, of which 296 loci are strong candidates for non-protein-coding RNA genes. In addition, among 72,027 uniquely mapped SNPs and insertions/deletions localized within human genes, 13,215 nonsynonymous SNPs, 315 nonsense SNPs, and 452 indels occurred in coding regions. Together with 25 polymorphic microsatellite repeats present in coding regions, they may alter protein structure, causing phenotypic effects or resulting in disease. The H-InvDB platform represents a substantial contribution to resources needed for the exploration of human biology and pathology.

Ämnesord och genrebeteckningar

NATURVETENSKAP Biologi Biokemi och molekylärbiologi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Biochemistry and Molecular Biology hsv//eng
complementary DNA
microsatellite DNA
protein
RNA
alternative RNA splicing
article
cellular distribution
controlled study
data base
gene cassette
gene deletion
gene function
gene identification
gene insertion
gene location
gene locus
gene mapping
gene sequence
gene structure
genetic analysis
genetic polymorphism
genetic transcription
genetic variability
genome analysis
human
human genetics
international cooperation
metabolism
molecular cloning
nucleotide sequence
open reading frame
organization
phenotype
prediction
protein structure
qualitative analysis
reliability
RNA analysis
sequence analysis
single nucleotide polymorphism
structure analysis
validation process
biology
gene
genetic database
genetics
genome
Internet
methodology
physiology
protein tertiary structure
insertion sequences
Alternative Splicing
Computational Biology
Databases
Genetic
DNA
Complementary
Genes
Genome
Human
Humans
Microsatellite Repeats
Open Reading Frames
Polymorphism
Genetic
Polymorphism
Single Nucleotide
Protein Structure
Tertiary

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Itoh, T. (författare)
Suzuki, Y. (författare)
O'Donovan, C. (författare)
Fukuchi, S. (författare)
Koyanagi, K. O. (författare)
Barrero, R. A. (författare)
Tamura, T. (författare)
Yamaguchi-Kabata, Y. (författare)
Tanino, M. (författare)
Yura, K. (författare)
Miyazaki, S. (författare)
Ikeo, K. (författare)
Homma, K. (författare)
Kasprzyk, A. (författare)
Nishikawa, T. (författare)
Hirakawa, M. (författare)
Thierry-Mieg, J. (författare)
Thierry-Mieg, D. (författare)
Ashurst, J. (författare)
Jia, L. (författare)
Nakao, M. (författare)
Thomas, M. A. (författare)
Mulder, N. (författare)
Karavidopoulou, Y. (författare)
Jin, L. (författare)
Kim, S. (författare)
Yasuda, T. (författare)
Lenhard, B. (författare)
Eveno, E. (författare)
Yamasaki, C. (författare)
Takeda, J. -I (författare)
Gough, C. (författare)
Hilton, P. (författare)
Fujii, Y. (författare)
Sakai, H. (författare)
Tanaka, S. (författare)
Amid, C. (författare)
Bellgard, M. (författare)
de Fatima Bonaldo, M. (författare)
Bono, H. (författare)
Bromberg, S. K. (författare)
Brookes, A. J. (författare)
Bruford, E. (författare)
Carninci, P. (författare)
Chelala, C. (författare)
Couillault, C. (författare)
de Souza, S. J. (författare)
Debily, M. -A (författare)
Devignes, M. -D (författare)
Dubchak, I. (författare)
Endo, T. (författare)
Estreicher, A. (författare)
Eyras, E. (författare)
Fukami-Kobayashi, K. (författare)
Gopinath, G. R. (författare)
Graudens, E. (författare)
Hahn, Y. (författare)
Han, M. (författare)
Han, Z. -G (författare)
Hanada, K. (författare)
Hanaoka, H. (författare)
Harada, E. (författare)
Hashimoto, K. (författare)
Hinz, U. (författare)
Hirai, M. (författare)
Hishiki, T. (författare)
Hopkinson, I. (författare)
Imbeaud, S. (författare)
Inoko, H. (författare)
Kanapin, A. (författare)
Kaneko, Y. (författare)
Kasukawa, T. (författare)
Kelso, J. (författare)
Kersey, P. (författare)
Kikuno, R. (författare)
Kimura, K. (författare)
Korn, B. (författare)
Kuryshev, V. (författare)
Makalowska, I. (författare)
Makino, T. (författare)
Mano, S. (författare)
Mariage-Samson, R. (författare)
Mashima, J. (författare)
Matsuda, H. (författare)
Mewes, H. -W (författare)
Minoshima, S. (författare)
Nagai, K. (författare)
Nagasaki, H. (författare)
Nagata, N. (författare)
Nigam, R. (författare)
Ogasawara, O. (författare)
Ohara, O. (författare)
Ohtsubo, M. (författare)
Okada, N. (författare)
Okido, T. (författare)
Oota, S. (författare)
Ota, M. (författare)
Ota, T. (författare)
Otsuki, T. (författare)
Piatier-Tonneau, D. (författare)
Poustka, A. (författare)
Ren, S. -X (författare)
Saitou, N. (författare)
Sakai, K. (författare)
Sakamoto, S. (författare)
Sakate, R. (författare)
Schupp, I. (författare)
Servant, F. (författare)
Sherry, S. (författare)
Shiba, R. (författare)
Shimizu, N. (författare)
Shimoyama, M. (författare)
Simpson, A. J. (författare)
Soares, B. (författare)
Steward, C. (författare)
Suwa, M. (författare)
Suzuki, M. (författare)
Takahashi, A. (författare)
Tamiya, G. (författare)
Tanaka, H. (författare)
Taylor, T. (författare)
Terwilliger, J. D. (författare)
Unneberg, PerKTH,Bioteknologi(Swepub:kth)u1j5dqc4 (författare)
Veeramachaneni, V. (författare)
Watanabe, S. (författare)
Wilming, L. (författare)
Yasuda, N. (författare)
Hyang-Yoo, S. (författare)
Stodolsky, M. (författare)
Makalowski, W. (författare)
Go, M. (författare)
Nakai, K. (författare)
Takagi, T. (författare)
Kanehisa, M. (författare)
Sakaki, Y. (författare)
Quackenbush, J. (författare)
Okazaki, Y. (författare)
Hayashizaki, Y. (författare)
Hide, W. (författare)
Chakraborty, R. (författare)
Nishikawa, K. (författare)
Sugawara, H. (författare)
Tateno, Y. (författare)
Chen, Z. (författare)
Oishi, M. (författare)
Tonellato, P. (författare)
Apweiler, R. (författare)
Okubo, K. (författare)
Wagner, L. (författare)
Wiemann, S. (författare)
Strausberg, R. L. (författare)
Isogai, T. (författare)
Auffray, C. (författare)
Nomura, N. (författare)
Gojobori, T. (författare)
Sugano, S. (författare)
KTHBioteknologi (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:PLoS biology: Public Library of Science (PLoS)2:6, s. 856-8751544-91731545-7885

Internetlänk

Hitta via bibliotek

PLoS biology (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Imanishi, T.; Itoh, T.; Suzuki, Y.; O'Donovan, C.; Fukuchi, S.; Koyanagi, K. O.; visa fler...; Barrero, R. A.; Tamura, T.; Yamaguchi-Kabata ...; Tanino, M.; Yura, K.; Miyazaki, S.; Ikeo, K.; Homma, K.; Kasprzyk, A.; Nishikawa, T.; Hirakawa, M.; Thierry-Mieg, J.; Thierry-Mieg, D.; Ashurst, J.; Jia, L.; Nakao, M.; Thomas, M. A.; Mulder, N.; Karavidopoulou, ...; Jin, L.; Kim, S.; Yasuda, T.; Lenhard, B.; Eveno, E.; Yamasaki, C.; Takeda, J. -I; Gough, C.; Hilton, P.; Fujii, Y.; Sakai, H.; Tanaka, S.; Amid, C.; Bellgard, M.; de Fatima Bonald ...; Bono, H.; Bromberg, S. K.; Brookes, A. J.; Bruford, E.; Carninci, P.; Chelala, C.; Couillault, C.; de Souza, S. J.; Debily, M. -A; Devignes, M. -D; Dubchak, I.; Endo, T.; Estreicher, A.; Eyras, E.; Fukami-Kobayashi ...; Gopinath, G. R.; Graudens, E.; Hahn, Y.; Han, M.; Han, Z. -G; Hanada, K.; Hanaoka, H.; Harada, E.; Hashimoto, K.; Hinz, U.; Hirai, M.; Hishiki, T.; Hopkinson, I.; Imbeaud, S.; Inoko, H.; Kanapin, A.; Kaneko, Y.; Kasukawa, T.; Kelso, J.; Kersey, P.; Kikuno, R.; Kimura, K.; Korn, B.; Kuryshev, V.; Makalowska, I.; Makino, T.; Mano, S.; Mariage-Samson, ...; Mashima, J.; Matsuda, H.; Mewes, H. -W; Minoshima, S.; Nagai, K.; Nagasaki, H.; Nagata, N.; Nigam, R.; Ogasawara, O.; Ohara, O.; Ohtsubo, M.; Okada, N.; Okido, T.; Oota, S.; Ota, M.; Ota, T.; Otsuki, T.; Piatier-Tonneau, ...; Poustka, A.; Ren, S. -X; Saitou, N.; Sakai, K.; Sakamoto, S.; Sakate, R.; Schupp, I.; Servant, F.; Sherry, S.; Shiba, R.; Shimizu, N.; Shimoyama, M.; Simpson, A. J.; Soares, B.; Steward, C.; Suwa, M.; Suzuki, M.; Takahashi, A.; Tamiya, G.; Tanaka, H.; Taylor, T.; Terwilliger, J. ...; Unneberg, Per; Veeramachaneni, ...; Watanabe, S.; Wilming, L.; Yasuda, N.; Hyang-Yoo, S.; Stodolsky, M.; Makalowski, W.; Go, M.; Nakai, K.; Takagi, T.; Kanehisa, M.; Sakaki, Y.; Quackenbush, J.; Okazaki, Y.; Hayashizaki, Y.; Hide, W.; Chakraborty, R.; Nishikawa, K.; Sugawara, H.; Tateno, Y.; Chen, Z.; Oishi, M.; Tonellato, P.; Apweiler, R.; Okubo, K.; Wagner, L.; Wiemann, S.; Strausberg, R. L ...; Isogai, T.; Auffray, C.; Nomura, N.; Gojobori, T.; Sugano, S.; visa färre...

Om ämnet

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Biokemi och mole ...

Artiklar i publikationen: PLoS biology

Av lärosätet: Kungliga Tekniska Högskolan; Karolinska Institutet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se