SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

id:"swepub:oai:DiVA.org:kth-173983"
 

Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:kth-173983" > Complementing tissu...

  • Yu, Nancy Yiu-LinKarolinska Inst, Dept Biosci & Nutr, S-14183 Huddinge, Sweden.;Karolinska Inst, Sci Life Lab, S-17121 Solna, Sweden. (författare)

Complementing tissue characterization by integrating transcriptome profiling from the Human Protein Atlas and from the FANTOM5 consortium

  • Artikel/kapitelEngelska2015

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2015-06-27
  • Oxford University Press (OUP),2015
  • printrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:kth-173983
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-173983URI
  • https://doi.org/10.1093/nar/gkv608DOI
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-263457URI
  • http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:131934587URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • QC 20151005
  • Understanding the normal state of human tissue transcriptome profiles is essential for recognizing tissue disease states and identifying disease markers. Recently, the Human Protein Atlas and the FANTOM5 consortium have each published extensive transcriptome data for human samples using Illumina-sequenced RNA-Seq and Heliscope-sequenced CAGE. Here, we report on the first large-scale complex tissue transcriptome comparison between full-length versus 5'-capped mRNA sequencing data. Overall gene expression correlation was high between the 22 corresponding tissues analyzed (R > 0.8). For genes ubiquitously expressed across all tissues, the two data sets showed high genome-wide correlation (91% agreement), with differences observed for a small number of individual genes indicating the need to update their gene models. Among the identified single-tissue enriched genes, up to 75% showed consensus of 7-fold enrichment in the same tissue in both methods, while another 17% exhibited multiple tissue enrichment and/or high expression variety in the other data set, likely dependent on the cell type proportions included in each tissue sample. Our results show that RNA-Seq and CAGE tissue transcriptome data sets are highly complementary for improving gene model annotations and highlight biological complexities within tissue transcriptomes. Furthermore, integration with image-based protein expression data is highly advantageous for understanding expression specificities for many genes.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Hallström, Björn M.KTH,Proteomik och nanobioteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,KTH Royal Inst Technol, Sci Life Lab, S-17121 Solna, Sweden.(Swepub:kth)u1ih19oh (författare)
  • Fagerberg, LinnKTH,Proteomik och nanobioteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,KTH Royal Inst Technol, Sci Life Lab, S-17121 Solna, Sweden.(Swepub:kth)u1dglfid (författare)
  • Pontén, FredrikUppsala universitet,Institutionen för immunologi, genetik och patologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)fredpont (författare)
  • Kawaji, HideyaRIKEN, Prevent Med & Diag Innovat Program, Wako, Saitama 3510198, Japan.;RIKEN, Yokohama Inst, Div Genom Technol, Ctr Life Sci Technol,Tsurumi Ku, Yokohama, Kanagawa 2300045, Japan.;RIKEN, Omics Sci Ctr, Yokohama, Kanagawa 2300045, Japan. (författare)
  • Carninci, PieroRIKEN, Yokohama Inst, Div Genom Technol, Ctr Life Sci Technol,Tsurumi Ku, Yokohama, Kanagawa 2300045, Japan.;RIKEN, Omics Sci Ctr, Yokohama, Kanagawa 2300045, Japan. (författare)
  • Forrest, Alistair R. R.RIKEN, Yokohama Inst, Div Genom Technol, Ctr Life Sci Technol,Tsurumi Ku, Yokohama, Kanagawa 2300045, Japan.;RIKEN, Omics Sci Ctr, Yokohama, Kanagawa 2300045, Japan. (författare)
  • Hayashizaki, YoshihideRIKEN, Prevent Med & Diag Innovat Program, Wako, Saitama 3510198, Japan.;RIKEN, Omics Sci Ctr, Yokohama, Kanagawa 2300045, Japan. (författare)
  • Uhlén, MathiasKTH,Proteomik och nanobioteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,KTH Royal Inst Technol, Sci Life Lab, S-17121 Solna, Sweden.(Swepub:kth)u1dulvmw (författare)
  • Daub, Carsten O.Karolinska Institutet (författare)
  • Karolinska Inst, Dept Biosci & Nutr, S-14183 Huddinge, Sweden.;Karolinska Inst, Sci Life Lab, S-17121 Solna, Sweden.Proteomik och nanobioteknologi (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Nucleic Acids Research: Oxford University Press (OUP)43:14, s. 6787-67980305-10481362-4962

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy