SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

id:"swepub:oai:DiVA.org:kth-180496"
 

Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:kth-180496" > Metagenome-assemble...

  • Hugerth, Luisa W.KTH,Genteknologi,KTH Royal Institute of Technology, Sweden (författare)

Metagenome-assembled genomes uncover a global brackish microbiome

  • Artikel/kapitelEngelska2015

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2015-12-14
  • BioMed Central,2015
  • printrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:kth-180496
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-180496URI
  • https://doi.org/10.1186/s13059-015-0834-7DOI
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:lnu:diva-48486URI
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:umu:diva-139707URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • QC 20160118
  • Background: Microbes are main drivers of biogeochemical cycles in oceans and lakes. Although the genome is a foundation for understanding the metabolism, ecology and evolution of an organism, few bacterioplankton genomes have been sequenced, partly due to difficulties in cultivating them. Results: We use automatic binning to reconstruct a large number of bacterioplankton genomes from a metagenomic time-series from the Baltic Sea, one of world's largest brackish water bodies. These genomes represent novel species within typical freshwater and marine clades, including clades not previously sequenced. The genomes' seasonal dynamics follow phylogenetic patterns, but with fine-grained lineage-specific variations, reflected in gene-content. Signs of streamlining are evident in most genomes, and estimated genome sizes correlate with abundance variation across filter size fractions. Comparing the genomes with globally distributed metagenomes reveals significant fragment recruitment at high sequence identity from brackish waters in North America, but little from lakes or oceans. This suggests the existence of a global brackish metacommunity whose populations diverged from freshwater and marine relatives over 100,000 years ago, long before the Baltic Sea was formed (8000 years ago). This markedly contrasts to most Baltic Sea multicellular organisms, which are locally adapted populations of freshwater or marine counterparts. Conclusions: We describe the gene content, temporal dynamics and biogeography of a large set of new bacterioplankton genomes assembled from metagenomes. We propose that brackish environments exert such strong selection that lineages adapted to them flourish globally with limited influence from surrounding aquatic communities.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Larsson, JohnLinnéuniversitetet,Institutionen för biologi och miljö (BOM),Ctr Ecol & Evolut Microbial Model Syst EEMiS,Linnéuniversitetet, Institutionen för biologi och miljö (BOM)(Swepub:lnu)jl222nk (författare)
  • Alneberg, JohannesKTH,Genteknologi,KTH Royal Institute of Technology, Sweden(Swepub:kth)u1qzvdi5 (författare)
  • Lindh, Markus V.Linnéuniversitetet,Institutionen för biologi och miljö (BOM),Linnéuniversitetet, Institutionen för biologi och miljö (BOM),EcoChange(Swepub:lnu)flima (författare)
  • Legrand, CatherineLinnéuniversitetet,Institutionen för biologi och miljö (BOM),Ctr Ecol & Evolut Microbial Model Syst EEMiS;MPEA,Linnéuniversitetet, Institutionen för biologi och miljö (BOM),EcoChange(Swepub:lnu)nleca (författare)
  • Pinhassi, JaroneLinnéuniversitetet,Institutionen för biologi och miljö (BOM),Ctr Ecol & Evolut Microbial Model Syst EEMiS,Linnéuniversitetet, Institutionen för biologi och miljö (BOM),EcoChange(Swepub:lnu)ypija (författare)
  • Andersson, Anders F.KTH,Genteknologi,KTH Royal Institute of Technology, Sweden(Swepub:kth)u1hi776x (författare)
  • KTHGenteknologi (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Genome Biology: BioMed Central161465-69061474-760X

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy