SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

id:"swepub:oai:DiVA.org:kth-216548"
 

Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:kth-216548" > Proteogenomics prod...

  • Zhu, Y.Karolinska Inst, Sci Life Lab, Dept Oncol Pathol, S-17121 Solna, Sweden. (författare)

Proteogenomics produces comprehensive and highly accurate protein-coding gene annotation in a complete genome assembly of Malassezia sympodialis

  • Artikel/kapitelEngelska2017

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2017-01-18
  • Oxford University Press,2017
  • printrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:kth-216548
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-216548URI
  • https://doi.org/10.1093/nar/gkx006DOI
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:su:diva-142657URI
  • http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:135440906URI
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-320210URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • Funding details: KI, Karolinska Institutet; Funding text: Swedish Research Council [to J.Le. and A.S.]; Swedish Foundation for Strategic Research [to J.Le.];Karolinska Institutet (KID) [to Y.Z. and J.Le.]; Cancer and Allergy Association [to A.S.]; the regional agreement on medical training and clinical research (ALF) between Stockholm County Council and Karolinska Institutet [to A.S. and J.Le.]; National Institutes of Health [R01 grant AI50113-12, R37 grant AI39115-19 to S.S., B.B. and J.H.]; Procter & Gamble Co. and A∗STAR/IMB [to T.D.]; Knut and Alice Wallenberg Foundation to the Wallenberg Advanced Bioinformatics Infrastructure [to P.E.]; PRISM 12th plan project at IMSc Chennai [to R.S.]; JNCASR [to S.R.S.]; DBT and SERB, Govt. of India [to K.S.]. Funding for open access charge: Swedish Research Council [2015-04622]. Conflict of interest statement. During initial relevant work T.D. was, but is no longer supported by the Procter & Gamble Company. The rest of the authors declare that they have no relevant conflicts of interest.QC 20171108
  • Complete and accurate genome assembly and annotation is a crucial foundation for comparative and functional genomics. Despite this, few complete eukaryotic genomes are available, and genome annotation remains a major challenge. Here, we present a complete genome assembly of the skin commensal yeast Malassezia sympodialis and demonstrate how proteogenomics can substantially improve gene annotation. Through long-read DNA sequencing, we obtained a gap-free genome assembly for M. sympodialis (ATCC 42132), comprising eight nuclear and one mitochondrial chromosome. We also sequenced and assembled four M. sympodialis clinical isolates, and showed their value for understanding Malassezia reproduction by confirming four alternative allele combinations at the two mating-type loci. Importantly, we demonstrated how proteomics data could be readily integrated with transcriptomics data in standard annotation tools. This increased the number of annotated protein-coding genes by 14% (from 3612 to 4113), compared to using transcriptomics evidence alone. Manual curation further increased the number of protein-coding genes by 9% (to 4493). All of these genes have RNA-seq evidence and 87% were confirmed by proteomics. The M. sympodialis genome assembly and annotation presented here is at a quality yet achieved only for a few eukaryotic organisms, and constitutes an important reference for future host-microbe interaction studies.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Engström, Pär G.Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),Stockholm Univ, Dept Biochem & Biophys, Sci Life Lab, S-17121 Solna, Sweden.(Swepub:su)pengs (författare)
  • Tellgren-Roth, Christian,1971-Uppsala universitet,Institutionen för immunologi, genetik och patologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)chrte903 (författare)
  • Baudo, C. D.St Louis Univ, Dept Biol, St Louis, MO 63103 USA. (författare)
  • Kennell, J. C.St Louis Univ, Dept Biol, St Louis, MO 63103 USA. (författare)
  • Sun, S.Duke Univ, Med Ctr, Dept Mol Genet & Microbiol, Durham, NC 27710 USA.,Univ Coll Dublin, Conway Inst, Sch Biomed & Biomol Sci, Dublin 4, Ireland. (författare)
  • Billmyre, R. B.Duke Univ, Med Ctr, Dept Mol Genet & Microbiol, Durham, NC 27710 USA. (författare)
  • Schröder, M. S. (författare)
  • Andersson, A.Karolinska Institutet,Karolinska Inst, Dept Med Solna, Translat Immunol Unit, S-17177 Stockholm, Sweden.;Univ Hosp, Stockholm, Sweden. (författare)
  • Holm, T.Karolinska Inst, Dept Med Solna, Translat Immunol Unit, S-17177 Stockholm, Sweden.;Univ Hosp, Stockholm, Sweden. (författare)
  • Sigurgeirsson, BenjaminKTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Royal Inst Technol, Sci Life Lab, Sch Biotechnol, S-17121 Solna, Sweden.(Swepub:kth)u1i37pwd (författare)
  • Wu, G.ASTAR, Comp & Syst Biol Genome Inst Singapore, Singapore 138672, Singapore. (författare)
  • Sankaranarayanan, S. R.Jawaharlal Nehru Ctr Adv Sci Res, Mol Mycol Lab, Mol Biol & Genet Unit, Bangalore 560064, Karnataka, India.,Inst Math Sci HBNI, Chennai 600113, Tamil Nadu, India. (författare)
  • Siddharthan, R. (författare)
  • Sanyal, K.Jawaharlal Nehru Ctr Adv Sci Res, Mol Mycol Lab, Mol Biol & Genet Unit, Bangalore 560064, Karnataka, India. (författare)
  • Lundeberg, JoakimKTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Royal Inst Technol, Sci Life Lab, Sch Biotechnol, S-17121 Solna, Sweden.(Swepub:kth)u1qkn9kw (författare)
  • Nystedt, Björn,1978-Uppsala universitet,Molekylär evolution,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)bjsal623 (författare)
  • Boekhout, T.CBS Fungal Biodivers Ctr, Utrecht, Netherlands.;Univ Amsterdam, IBED, NL-1012 WL Amsterdam, Netherlands. (författare)
  • Dawson, T.L., Jr.Karolinska Institutet,ASTAR, Inst Med Biol, Singapore 138648, Singapore. (författare)
  • Heitman, J.Duke Univ, Med Ctr, Dept Mol Genet & Microbiol, Durham, NC 27710 USA. (författare)
  • Scheynius, A.Karolinska Inst, Sci Life Lab, Dept Clin Sci & Educ, SE-11883 Stockholm, Sweden.;Sachs Children & Youth Hosp, SE-11883 Stockholm, Sweden. (författare)
  • Lehtiö, J.Karolinska Inst, Sci Life Lab, Dept Oncol Pathol, S-17121 Solna, Sweden. (författare)
  • Karolinska Inst, Sci Life Lab, Dept Oncol Pathol, S-17121 Solna, Sweden.Institutionen för biokemi och biofysik (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Nucleic Acids Research: Oxford University Press45:5, s. 2629-26430305-10481362-4962

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy