The microcircuits of striatum in silico

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: WFRF:(Dorst Johannes) > The microcircuits o...

Hjorth, J. J. JohannesKTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Skolan för elektroteknik och datavetenskap (EECS) (författare)

The microcircuits of striatum in silico

Artikel/kapitelEngelska2020

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2020-04-22
Proceedings of the National Academy of Sciences,2020
printrdacarrier

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:kth-273500
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-273500URI
https://doi.org/10.1073/pnas.2000671117DOI
http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:143570626URI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

QC 20200525
The basal ganglia play an important role in decision making and selection of action primarily based on input from cortex, thalamus, and the dopamine system. Their main input structure, striatum, is central to this process. It consists of two types of projection neurons, together representing 95% of the neurons, and 5% of interneurons, among which are the cholinergic, fast-spiking, and low threshold-spiking subtypes. The membrane properties, somadendritic shape, and intrastriatal and extrastriatal synaptic interactions of these neurons are quite well described in the mouse, and therefore they can be simulated in sufficient detail to capture their intrinsic properties, as well as the connectivity. We focus on simulation at the striatal cellular/microcircuit level, in which the molecular/subcellular and systems levels meet. We present a nearly full-scale model of the mouse striatum using available data on synaptic connectivity, cellular morphology, and electrophysiological properties to create a microcircuit mimicking the real network. A striatal volume is populated with reconstructed neuronal morphologies with appropriate cell densities, and then we connect neurons together based on appositions between neurites as possible synapses and constrain them further with available connectivity data. Moreover, we simulate a subset of the striatum involving 10,000 neurons, with input from cortex, thalamus, and the dopamine system, as a proof of principle. Simulation at this biological scale should serve as an invaluable tool to understand the mode of operation of this complex structure. This platform will be updated with new data and expanded to simulate the entire striatum.

Ämnesord och genrebeteckningar

NATURVETENSKAP Data- och informationsvetenskap hsv//swe
NATURAL SCIENCES Computer and Information Sciences hsv//eng
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper Neurovetenskaper hsv//swe
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES Basic Medicine Neurosciences hsv//eng
NATURVETENSKAP Data- och informationsvetenskap Bioinformatik hsv//swe
NATURAL SCIENCES Computer and Information Sciences Bioinformatics hsv//eng
modeling
basal ganglia
network
compartmental models
computational analysis

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Kozlov, AlexanderKarolinska Institutet,KTH,Skolan för elektroteknik och datavetenskap (EECS),Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Karolinska Inst, Dept Neurosci, SE-17165 Stockholm, Sweden.(Swepub:kth)u19djneu (författare)
Carannante, IlariaKTH,Beräkningsvetenskap och beräkningsteknik (CST),Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:kth)u1daeh36 (författare)
Nylen, Johanna FrostKarolinska Inst, Dept Neurosci, SE-17165 Stockholm, Sweden. (författare)
Lindroos, RobertKarolinska Institutet (författare)
Johansson, YvonneKarolinska Institutet (författare)
Tokarska, AnnaKarolinska Institutet (författare)
Dorst, Matthijs C.Karolinska Institutet (författare)
Suryanarayana, Shreyas M.Karolinska Institutet (författare)
Silberberg, GiladKarolinska Institutet (författare)
Hellgren Kotaleski, JeanetteKTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Skolan för elektroteknik och datavetenskap (EECS),Karolinska Inst, Dept Neurosci, SE-17165 Stockholm, Sweden.(Swepub:kth)u13pnwqn (författare)
Grillner, StenKarolinska Institutet (författare)
KTHScience for Life Laboratory, SciLifeLab (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America: Proceedings of the National Academy of Sciences117:17, s. 9554-95650027-84241091-6490

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Hjorth, J. J. Jo ...; Kozlov, Alexande ...; Carannante, Ilar ...; Nylen, Johanna F ...; Lindroos, Robert; Johansson, Yvonn ...; visa fler...; Tokarska, Anna; Dorst, Matthijs ...; Suryanarayana, S ...; Silberberg, Gila ...; Hellgren Kotales ...; Grillner, Sten; visa färre...

Om ämnet

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Data och informa ...

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Medicinska och f ...; och Neurovetenskaper

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Data och informa ...; och Bioinformatik

Artiklar i publikationen: Proceedings of t ...

Av lärosätet: Kungliga Tekniska Högskolan; Karolinska Institutet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se