SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

(swepub) pers:(Larsson Anders) lar1:(kth)
 

Sökning: (swepub) pers:(Larsson Anders) lar1:(kth) > Predicting target p...

  • Ahmed, LaeeqKTH,Beräkningsvetenskap och beräkningsteknik (CST),Royal Inst Technol KTH, Dept Elect Engn & Computat Sci, Lindstedtsvagen 5, S-10044 Stockholm, Sweden. (författare)

Predicting target profiles with confidence as a service using docking scores

  • Artikel/kapitelEngelska2020

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2020-10-15
  • Springer Nature,2020
  • printrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:kth-285717
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-285717URI
  • https://doi.org/10.1186/s13321-020-00464-1DOI
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-424040URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • QC 20201126
  • Background: Identifying and assessing ligand-target binding is a core component in early drug discovery as one or more unwanted interactions may be associated with safety issues. Contributions: We present an open-source, extendable web service for predicting target profiles with confidence using machine learning for a panel of 7 targets, where models are trained on molecular docking scores from a large virtual library. The method uses conformal prediction to produce valid measures of prediction efficiency for a particular confidence level. The service also offers the possibility to dock chemical structures to the panel of targets with QuickVina on individual compound basis. Results: The docking procedure and resulting models were validated by docking well-known inhibitors for each of the 7 targets using QuickVina. The model predictions showed comparable performance to molecular docking scores against an external validation set. The implementation as publicly available microservices on Kubernetes ensures resilience, scalability, and extensibility.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Alogheli, HibaUppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap(Swepub:uu)hibhu475 (författare)
  • Arvidsson Mc Shane, StaffanUppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap(Swepub:uu)staar541 (författare)
  • Alvarsson, Jonathan,1981-Uppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap(Swepub:uu)jonal195 (författare)
  • Berg, ArvidUppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap(Swepub:uu)arvbe873 (författare)
  • Larsson, AndersUppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap,Institutionen för cell- och molekylärbiologi,nbis - national bioinformatics infrastructure sweden(Swepub:uu)andla958 (författare)
  • Schaal, Wesley,PhDUppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap(Swepub:uu)weslscha (författare)
  • Laure, ErwinKTH,Beräkningsvetenskap och beräkningsteknik (CST),Royal Inst Technol KTH, Dept Elect Engn & Computat Sci, Lindstedtsvagen 5, S-10044 Stockholm, Sweden.(Swepub:kth)u1n9d88r (författare)
  • Spjuth, Ola,Docent,1977-Uppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap(Swepub:uu)olspj499 (författare)
  • KTHBeräkningsvetenskap och beräkningsteknik (CST) (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Journal of Cheminformatics: Springer Nature12:11758-2946

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy