SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Fugger Lars)
 

Sökning: WFRF:(Fugger Lars) > The spatial RNA int...

The spatial RNA integrity number assay for in situ evaluation of transcriptome quality

Kvastad, Linda (författare)
KTH Royal Institute of Technology,KTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Carlberg, Konstantin (författare)
KTH Royal Institute of Technology,KTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Larsson, Ludvig (författare)
KTH Royal Institute of Technology,KTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
visa fler...
Villacampa, Eva Gracia (författare)
KTH Royal Institute of Technology,KTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Stuckey, Alexander (författare)
KTH Royal Institute of Technology,KTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Stenbeck, Linnea (författare)
KTH Royal Institute of Technology,KTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Mollbrink, Annelie (författare)
KTH Royal Institute of Technology,KTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Zamboni, Margherita (författare)
Karolinska Institutet,Karolinska Institute
Magnusson, Jens Peter (författare)
Karolinska Institutet,Karolinska Institute,Stanford University
Basmaci, Elisa (författare)
Karolinska Institutet,Karolinska Institute,Karolinska University Hospital
Shamikh, Alia (författare)
Karolinska Institutet,Karolinska Institute,Karolinska University Hospital
Prochazka, Gabriela (författare)
Karolinska Institutet,Karolinska Institute,Karolinska University Hospital
Schaupp, Anna-Lena (författare)
Univ Oxford, Oxford Ctr Neuroinflammat, John Radcliffe Hosp,Weatherall Inst Mol Med, Nuffield Dept Clin Neurosci,MRC Human Immunol Uni, Oxford, England.,University of Oxford
Borg, Åke (författare)
Lund University,Lunds universitet,Familjär bröstcancer,Forskargrupper vid Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Familial Breast Cancer,Lund University Research Groups,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments
Fugger, Lars (författare)
Univ Oxford, Oxford Ctr Neuroinflammat, John Radcliffe Hosp,Weatherall Inst Mol Med, Nuffield Dept Clin Neurosci,MRC Human Immunol Uni, Oxford, England.,University of Oxford
Nister, Monica (författare)
Karolinska Institutet,Karolinska Institute,Karolinska University Hospital
Lundeberg, Joakim (författare)
KTH Royal Institute of Technology,KTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
visa färre...
 (creator_code:org_t)
2021-01-08
2021
Engelska.
Ingår i: Communications Biology. - : Springer Nature. - 2399-3642. ; 4:1
Relaterad länk:
https://doi.org/10.1...
visa fler...
https://www.nature.c...
http://dx.doi.org/10... (free)
https://urn.kb.se/re...
https://doi.org/10.1...
https://lup.lub.lu.s...
http://kipublication...
visa färre...
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • The RNA integrity number (RIN) is a frequently used quality metric to assess the completeness of rRNA, as a proxy for the corresponding mRNA in a tissue. Current methods operate at bulk resolution and provide a single average estimate for the whole sample. Spatial transcriptomics technologies have emerged and shown their value by placing gene expression into a tissue context, resulting in transcriptional information from all tissue regions. Thus, the ability to estimate RNA quality in situ has become of utmost importance to overcome the limitation with a bulk rRNA measurement. Here we show a new tool, the spatial RNA integrity number (sRIN) assay, to assess the rRNA completeness in a tissue wide manner at cellular resolution. We demonstrate the use of sRIN to identify spatial variation in tissue quality prior to more comprehensive spatial transcriptomics workflows. Kvastad et al. develop the spatial RNA Integrity Number (sRIN) assay that evaluates the RNA integrity at cellular resolution. This method improves the resolution of a similar method called the RNA Integrity Number (RIN), demonstrating spatial variation in the quality of RNA samples.

Ämnesord

NATURVETENSKAP  -- Biologi -- Biokemi och molekylärbiologi (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences -- Biochemistry and Molecular Biology (hsv//eng)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Cell- och molekylärbiologi (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Basic Medicine -- Cell and Molecular Biology (hsv//eng)

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy