High spatial resolution profiling in tree species

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: WFRF:(Street Nathaniel R. 1979 ) > High spatial resolu...

Giacomello, StefaniaKTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Genteknologi (författare)

High spatial resolution profiling in tree species

Artikel/kapitelEngelska2019

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2019-02-20
Wiley,2019
printrdacarrier

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:kth-301523
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-301523URI
https://doi.org/10.1002/9781119312994.apr0688DOI
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:umu:diva-187372URI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

Export Date: 8 September 2021; Article; Funding details: FR-2017/0009; Funding details: VINNOVA; Funding details: Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse; Funding text 1: S.G. is supported by Formas Research Council grant FR-2017/0009. N.R.S. is supported by the Trees and Crop for the Future (TC4F) project. T.N. is supported by the Bio4Energy project. H.T., N.R.S., T.N. and N.D. acknowledge funding support from Vinnova (the Swedish Governmental Agency for Innovation Systems) and KAW (The Knut and Alice Wallenberg Foundation). We thank Juan Inda (Chalmers) and Dr Saeed Omidi (Sophia Genetics) for insightful discussion regarding single-cell computational challenges.; Funding text 2: S.G. is supported by Formas Research Council grant FR-2017/0009. N.R.S. is supported by the Trees and Crop for the Future (TC4F) project. T.N. is supported by the Bio4Energy project. H.T., N.R.S., T.N. and N.D. acknowledge funding support from Vinnova (the Swedish Governmental Agency for Innovation Systems) and KAW(The Knut and AliceWallenberg Foundation). We thank Juan Inda (Chalmers) and Dr Saeed Omidi (Sophia Genetics) for insightful discussion regarding single-cell computational challenges. QC 20210915
Until recently, the majority of genomics assays have been performed on bulk tissue samples containing multiple cell types. Tissues such as the wood formation zone in trees contain a complex mix of cell types organised in three-dimensional space. Moreover, cells within the wood formation zone represent a continual developmental progression from meristematic cambial initials through to cell death. This spatiotemporal developmental gradient and cell type information are not assayed by bulk samples. New and improved sampling methods coupled to next-generation sequencing assays are enabling the generation of high spatial resolution and single-cell transcriptomics data, offering unprecedented insight into the biology of unique cell types and cell developmental programs.We overview the application of these approaches to the study of wood development, in particular, and highlight challenges associated with the analysis of such data.

Ämnesord och genrebeteckningar

NATURVETENSKAP Biologi Bioinformatik och systembiologi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Bioinformatics and Systems Biology hsv//eng
NATURVETENSKAP Biologi Botanik hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Botany hsv//eng
LANTBRUKSVETENSKAPER Lantbruksvetenskap, skogsbruk och fiske Skogsvetenskap hsv//swe
AGRICULTURAL SCIENCES Agriculture, Forestry and Fisheries Forest Science hsv//eng
Cell type
RNA sequencing
Single cell
Spatial resolution
Transcriptome
Wood formation
Xylem

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Delhomme, N. (författare)
Niittylä, T. (författare)
Tuominen, Hannele,1964-Umeå universitet,Umeå Plant Science Centre (UPSC),Institutionen för fysiologisk botanik(Swepub:umu)hatu0002 (författare)
Street, Nathaniel R.,1979-Umeå universitet,Institutionen för fysiologisk botanik,Umeå Plant Science Centre (UPSC)(Swepub:umu)rona0006 (författare)
KTHScience for Life Laboratory, SciLifeLab (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:Annual Plant Reviews Online: Wiley2:1, s. 329-3592639-3832

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Annual Plant Reviews Online (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Giacomello, Stef ...; Delhomme, N.; Niittylä, T.; Tuominen, Hannel ...; Street, Nathanie ...

Om ämnet

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Bioinformatik oc ...

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Botanik

LANTBRUKSVETENSKAPER: LANTBRUKSVETENSK ...; och Lantbruksvetensk ...; och Skogsvetenskap

Artiklar i publikationen: Annual Plant Rev ...

Av lärosätet: Kungliga Tekniska Högskolan; Umeå universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se