onr:"swepub:oai:DiVA.org:kth-307759"
Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:kth-307759" > Genome-wide annotat...
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
- Karlsson, MaxKTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Proteinvetenskap,KTH Royal Inst Technol, Dept Prot Sci, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden. (författare)
Genome-wide annotation of protein-coding genes in pig
- Artikel/kapitelEngelska2022
Förlag, utgivningsår, omfång ...
- 2022-01-25
- Springer Nature,2022
- printrdacarrier
Nummerbeteckningar
- LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:kth-307759
- https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-307759URI
- https://doi.org/10.1186/s12915-022-01229-yDOI
- http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:148670601URI
- https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-466912URI
Kompletterande språkuppgifter
- Språk:engelska
- Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
- SwePubSwePub
Klassifikation
Anmärkningar
- QC 20220209
- Background: There is a need for functional genome-wide annotation of the protein-coding genes to get a deeper understanding of mammalian biology. Here, a new annotation strategy is introduced based on dimensionality reduction and density-based clustering of whole-body co-expression patterns. This strategy has been used to explore the gene expression landscape in pig, and we present a whole-body map of all protein-coding genes in all major pig tissues and organs. Results: An open-access pig expression map (www.rnaatlas.org ) is presented based on the expression of 350 samples across 98 well-defined pig tissues divided into 44 tissue groups. A new UMAP-based classification scheme is introduced, in which all protein-coding genes are stratified into tissue expression clusters based on body-wide expression profiles. The distribution and tissue specificity of all 22,342 protein-coding pig genes are presented. Conclusions: Here, we present a new genome-wide annotation strategy based on dimensionality reduction and density-based clustering. A genome-wide resource of the transcriptome map across all major tissues and organs in pig is presented, and the data is available as an open-access resource (www.rnaatlas.org), including a comparison to the expression of human orthologs.
Ämnesord och genrebeteckningar
- NATURVETENSKAP Biologi Biokemi och molekylärbiologi hsv//swe
- NATURAL SCIENCES Biological Sciences Biochemistry and Molecular Biology hsv//eng
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP Medicinsk bioteknologi hsv//swe
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES Medical Biotechnology hsv//eng
- NATURVETENSKAP Biologi Bioinformatik och systembiologi hsv//swe
- NATURAL SCIENCES Biological Sciences Bioinformatics and Systems Biology hsv//eng
- NATURVETENSKAP Biologi Genetik hsv//swe
- NATURAL SCIENCES Biological Sciences Genetics hsv//eng
- Annotation
- Protein coding genes
- Genome wide
- Transcriptome
- Gene expression
- Tissue expression profile
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
- Sjöstedt, EvelinaUppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Klinisk och experimentell patologi,Karolinska Inst, Dept Neurosci, Stockholm, Sweden.(Swepub:uu)evesj711 (författare)
- Oksvold, PerKTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Proteinvetenskap,KTH Royal Inst Technol, Dept Prot Sci, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.(Swepub:kth)u1qey3lv (författare)
- Sivertsson, ÅsaKTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Proteinvetenskap,KTH Royal Inst Technol, Dept Prot Sci, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.(Swepub:kth)u195d5b0 (författare)
- Huang, JinrongBGI Shenzhen, Shenzhen, Peoples R China.;BGI Qingdao, Qingdao Europe Adv Inst Life Sci, Lars Bolund Inst Regenerat Med, Qingdao, Peoples R China.;Aarhus Univ, Dept Biomed, Aarhus, Denmark. (författare)
- Alvez, Maria BuenoKTH,Proteinvetenskap,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,KTH Royal Inst Technol, Dept Prot Sci, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.(Swepub:kth)u16dq6ul (författare)
- Arif, MuhammadKTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Proteinvetenskap,KTH Royal Inst Technol, Dept Prot Sci, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.(Swepub:kth)u1vvaean (författare)
- Li, XiangyuKTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Proteinvetenskap,KTH Royal Inst Technol, Dept Prot Sci, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.(Swepub:kth)u1h6x89c (författare)
- Lin, LinAarhus Univ, Dept Biomed, Aarhus, Denmark.;Aarhus Univ Hosp, Steno Diabet Ctr Aarhus, Aarhus, Denmark.,KTH Royal Inst Technol, Dept Prot Sci, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden. (författare)
- Yu, JiayingBGI Shenzhen, Shenzhen, Peoples R China.;BGI Qingdao, Qingdao Europe Adv Inst Life Sci, Lars Bolund Inst Regenerat Med, Qingdao, Peoples R China. (författare)
- Ma, TaoBGI Shenzhen, MGI, Shenzhen, Peoples R China. (författare)
- Xu, FengpingBGI Shenzhen, Shenzhen, Peoples R China.;BGI Qingdao, Qingdao Europe Adv Inst Life Sci, Lars Bolund Inst Regenerat Med, Qingdao, Peoples R China. (författare)
- Han, PengBGI Qingdao, Qingdao Europe Adv Inst Life Sci, Lars Bolund Inst Regenerat Med, Qingdao, Peoples R China. (författare)
- Jiang, HuiBGI Shenzhen, MGI, Shenzhen, Peoples R China. (författare)
- Mardinoglu, AdilKTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Proteinvetenskap,KTH Royal Inst Technol, Dept Prot Sci, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.(Swepub:kth)u1t8kmr6 (författare)
- Zhang, ChengKTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Proteinvetenskap,KTH Royal Inst Technol, Dept Prot Sci, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.(Swepub:kth)u1ww5kvp (författare)
- von Feilitzen, KalleKTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Proteinvetenskap,KTH Royal Inst Technol, Dept Prot Sci, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.(Swepub:kth)u1dbmi38 (författare)
- Xu, XunBGI Shenzhen, Shenzhen, Peoples R China. (författare)
- Wang, JianBGI Shenzhen, Shenzhen, Peoples R China. (författare)
- Yang, HuanmingBGI Shenzhen, Shenzhen, Peoples R China. (författare)
- Bolund, LarsBGI Shenzhen, Shenzhen, Peoples R China.;BGI Qingdao, Qingdao Europe Adv Inst Life Sci, Lars Bolund Inst Regenerat Med, Qingdao, Peoples R China.;Aarhus Univ, Dept Biomed, Aarhus, Denmark. (författare)
- Zhong, WenKTH,Proteinvetenskap,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:kth)u1xwoji3 (författare)
- Fagerberg, LinnKTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Proteinvetenskap(Swepub:kth)u1dglfid (författare)
- Lindskog, CeciliaUppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Klinisk och experimentell patologi(Swepub:uu)cecli129 (författare)
- Pontén, FredrikUppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Experimentell och klinisk onkologi,Klinisk och experimentell patologi(Swepub:uu)fredpont (författare)
- Mulder, JanKarolinska Institutet,Karolinska Inst, Dept Neurosci, Stockholm, Sweden. (författare)
- Luo, YonglunBGI Shenzhen, Shenzhen, Peoples R China.;BGI Qingdao, Qingdao Europe Adv Inst Life Sci, Lars Bolund Inst Regenerat Med, Qingdao, Peoples R China.;Aarhus Univ, Dept Biomed, Aarhus, Denmark.;Aarhus Univ Hosp, Steno Diabet Ctr Aarhus, Aarhus, Denmark. (författare)
- Uhlén, MathiasKTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Systembiologi,KTH Royal Inst Technol, Dept Prot Sci, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.;Karolinska Inst, Dept Neurosci, Stockholm, Sweden.(Swepub:kth)u1dulvmw (författare)
- KTHScience for Life Laboratory, SciLifeLab (creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
- Ingår i:BMC Biology: Springer Nature20:11741-7007
Internetlänk
- https://doi.org/10.1186/s12915-022-01229-yFulltext
- https://bmcbiol.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/s12915-022-01229-y
- https://uu.diva-portal.org/smash/get/diva2:1635023/FULLTEXT01.pdffulltext:print
- https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-307759
- https://doi.org/10.1186/s12915-022-01229-y
- http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:148670601
- https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-466912
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Hitta mer i SwePub
- Av författaren/redakt...
- Karlsson, Max
- Sjöstedt, Evelin ...
- Oksvold, Per
- Sivertsson, Åsa
- Huang, Jinrong
- Alvez, Maria Bue ...
- visa fler...
- Arif, Muhammad
- Li, Xiangyu
- Lin, Lin
- Yu, Jiaying
- Ma, Tao
- Xu, Fengping
- Han, Peng
- Jiang, Hui
- Mardinoglu, Adil
- Zhang, Cheng
- von Feilitzen, K ...
- Xu, Xun
- Wang, Jian
- Yang, Huanming
- Bolund, Lars
- Zhong, Wen
- Fagerberg, Linn
- Lindskog, Cecili ...
- Pontén, Fredrik
- Mulder, Jan
- Luo, Yonglun
- Uhlén, Mathias
- visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Biologi
- och Biokemi och mole ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
- MEDICIN OCH HÄLS ...
- och Medicinsk biotek ...
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Biologi
- och Bioinformatik oc ...
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Biologi
- och Genetik
- Artiklar i publikationen
- BMC Biology
Sök utanför SwePub
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
- Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
- LIBRIS.kb.se
