Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:kth-326141" >
Spatially resolved ...
-
Mirzazadeh, RezaKTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Genteknologi
(författare)
Spatially resolved transcriptomic profiling of degraded and challenging fresh frozen samples
- Artikel/kapitelEngelska2023
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
2023-01-31
-
Springer Nature,2023
-
printrdacarrier
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:kth-326141
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-326141URI
-
https://doi.org/10.1038/s41467-023-36071-5DOI
-
http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:153371730URI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Anmärkningar
-
QC 20230426
-
Spatially resolved transcriptomics has enabled precise genome-wide mRNA expression profiling within tissue sections. The performance of methods targeting the polyA tails of mRNA relies on the availability of specimens with high RNA quality. Moreover, the high cost of currently available spatial resolved transcriptomics assays requires a careful sample screening process to increase the chance of obtaining high-quality data. Indeed, the upfront analysis of RNA quality can show considerable variability due to sample handling, storage, and/or intrinsic factors. We present RNA-Rescue Spatial Transcriptomics (RRST), a workflow designed to improve mRNA recovery from fresh frozen specimens with moderate to low RNA quality. First, we provide a benchmark of RRST against the standard Visium spatial gene expression protocol on high RNA quality samples represented by mouse brain and prostate cancer samples. Then, we test the RRST protocol on tissue sections collected from five challenging tissue types, including human lung, colon, small intestine, pediatric brain tumor, and mouse bone/cartilage. In total, we analyze 52 tissue sections and demonstrate that RRST is a versatile, powerful, and reproducible protocol for fresh frozen specimens of different qualities and origins.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Andrusivova, ZanetaKTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Genteknologi(Swepub:kth)u147zn3v
(författare)
-
Larsson, LudvigKTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:kth)u13lw4hm
(författare)
-
Newton, Phillip TKarolinska Institutet
(författare)
-
Galicia, Leire AlonsoKTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:kth)u1bils1w
(författare)
-
Abalo, Xesús MKTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:kth)u1k6r84m
(författare)
-
Avijgan, MahtabKarolinska Institutet
(författare)
-
Kvastad, LindaKTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Genteknologi(Swepub:kth)u1fok912
(författare)
-
Denadai-Souza, AlexandreDepartment of Chronic Diseases and Metabolism, Katholieke Universiteit te Leuven, Leuven, Belgium
(författare)
-
Stakenborg, NathalieDepartment of Chronic Diseases and Metabolism, Katholieke Universiteit te Leuven, Leuven, Belgium
(författare)
-
Firsova, Alexandra BDepartment of Molecular Biosciences, Wenner-Gren Institute, Stockholm University, Science for Life Laboratory, Stockholm, Sweden
(författare)
-
Shamikh, AliaDepartment of Oncology-Pathology, Karolinska Institutet, Stockholm, Sweden
(författare)
-
Jurek, Alexandra10x Genomics, Stockholm, Sweden
(författare)
-
Schultz, NiklasKarolinska Institutet
(författare)
-
Nistér, MonicaKarolinska Institutet
(författare)
-
Samakovlis, ChristosDepartment of Molecular Biosciences, Wenner-Gren Institute, Stockholm University, Science for Life Laboratory, Stockholm, Sweden
(författare)
-
Boeckxstaens, GuyDepartment of Chronic Diseases and Metabolism, Katholieke Universiteit te Leuven, Leuven, Belgium
(författare)
-
Lundeberg, JoakimKTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Genteknologi(Swepub:kth)u1qkn9kw
(författare)
-
KTHScience for Life Laboratory, SciLifeLab
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:Nature Communications: Springer Nature14:12041-1723
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Mirzazadeh, Reza
-
Andrusivova, Zan ...
-
Larsson, Ludvig
-
Newton, Phillip ...
-
Galicia, Leire A ...
-
Abalo, Xesús M
-
visa fler...
-
Avijgan, Mahtab
-
Kvastad, Linda
-
Denadai-Souza, A ...
-
Stakenborg, Nath ...
-
Firsova, Alexand ...
-
Shamikh, Alia
-
Jurek, Alexandra
-
Schultz, Niklas
-
Nistér, Monica
-
Samakovlis, Chri ...
-
Boeckxstaens, Gu ...
-
Lundeberg, Joaki ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Biokemi och mole ...
- Artiklar i publikationen
-
Nature Communica ...
- Av lärosätet
-
Kungliga Tekniska Högskolan
-
Karolinska Institutet