SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

id:"swepub:oai:DiVA.org:kth-326141"
 

Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:kth-326141" > Spatially resolved ...

  • Mirzazadeh, RezaKTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Genteknologi (författare)

Spatially resolved transcriptomic profiling of degraded and challenging fresh frozen samples

  • Artikel/kapitelEngelska2023

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2023-01-31
  • Springer Nature,2023
  • printrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:kth-326141
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-326141URI
  • https://doi.org/10.1038/s41467-023-36071-5DOI
  • http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:153371730URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • QC 20230426
  • Spatially resolved transcriptomics has enabled precise genome-wide mRNA expression profiling within tissue sections. The performance of methods targeting the polyA tails of mRNA relies on the availability of specimens with high RNA quality. Moreover, the high cost of currently available spatial resolved transcriptomics assays requires a careful sample screening process to increase the chance of obtaining high-quality data. Indeed, the upfront analysis of RNA quality can show considerable variability due to sample handling, storage, and/or intrinsic factors. We present RNA-Rescue Spatial Transcriptomics (RRST), a workflow designed to improve mRNA recovery from fresh frozen specimens with moderate to low RNA quality. First, we provide a benchmark of RRST against the standard Visium spatial gene expression protocol on high RNA quality samples represented by mouse brain and prostate cancer samples. Then, we test the RRST protocol on tissue sections collected from five challenging tissue types, including human lung, colon, small intestine, pediatric brain tumor, and mouse bone/cartilage. In total, we analyze 52 tissue sections and demonstrate that RRST is a versatile, powerful, and reproducible protocol for fresh frozen specimens of different qualities and origins. 

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Andrusivova, ZanetaKTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Genteknologi(Swepub:kth)u147zn3v (författare)
  • Larsson, LudvigKTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:kth)u13lw4hm (författare)
  • Newton, Phillip TKarolinska Institutet (författare)
  • Galicia, Leire AlonsoKTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:kth)u1bils1w (författare)
  • Abalo, Xesús MKTH,Genteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:kth)u1k6r84m (författare)
  • Avijgan, MahtabKarolinska Institutet (författare)
  • Kvastad, LindaKTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Genteknologi(Swepub:kth)u1fok912 (författare)
  • Denadai-Souza, AlexandreDepartment of Chronic Diseases and Metabolism, Katholieke Universiteit te Leuven, Leuven, Belgium (författare)
  • Stakenborg, NathalieDepartment of Chronic Diseases and Metabolism, Katholieke Universiteit te Leuven, Leuven, Belgium (författare)
  • Firsova, Alexandra BDepartment of Molecular Biosciences, Wenner-Gren Institute, Stockholm University, Science for Life Laboratory, Stockholm, Sweden (författare)
  • Shamikh, AliaDepartment of Oncology-Pathology, Karolinska Institutet, Stockholm, Sweden (författare)
  • Jurek, Alexandra10x Genomics, Stockholm, Sweden (författare)
  • Schultz, NiklasKarolinska Institutet (författare)
  • Nistér, MonicaKarolinska Institutet (författare)
  • Samakovlis, ChristosDepartment of Molecular Biosciences, Wenner-Gren Institute, Stockholm University, Science for Life Laboratory, Stockholm, Sweden (författare)
  • Boeckxstaens, GuyDepartment of Chronic Diseases and Metabolism, Katholieke Universiteit te Leuven, Leuven, Belgium (författare)
  • Lundeberg, JoakimKTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Genteknologi(Swepub:kth)u1qkn9kw (författare)
  • KTHScience for Life Laboratory, SciLifeLab (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Nature Communications: Springer Nature14:12041-1723

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy