SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Lun David)
 

Sökning: WFRF:(Lun David) > Manipulation of top...

  • Behle, AnnaInstitut f. Synthetische Mikrobiologie, Heinrich-Heine Universität Düsseldorf, Universitätsstrasse 1, 40225 Düsseldorf, Germany, Universitätsstrasse 1; Photanol B.V, Science Park 406, 1098 XH Amsterdam, The Netherlands, Science Park 406 (författare)

Manipulation of topoisomerase expression inhibits cell division but not growth and reveals a distinctive promoter structure in Synechocystis

  • Artikel/kapitelEngelska2022

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2022-12-19
  • Oxford University Press (OUP),2022
  • printrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:kth-330085
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-330085URI
  • https://doi.org/10.1093/nar/gkac1132DOI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • QC 20230626
  • In cyanobacteria DNA supercoiling varies over the diurnal cycle and is integrated with temporal programs of transcription and replication. We manipulated DNA supercoiling in Synechocystis sp. PCC 6803 by CRISPRi-based knockdown of gyrase subunits and overexpression of topoisomerase I (TopoI). Cell division was blocked but cell growth continued in all strains. The small endogenous plasmids were only transiently relaxed, then became strongly supercoiled in the TopoI overexpression strain. Transcript abundances showed a pronounced 5'/3' gradient along transcription units, incl. the rRNA genes, in the gyrase knockdown strains. These observations are consistent with the basic tenets of the homeostasis and twin-domain models of supercoiling in bacteria. TopoI induction initially led to downregulation of G+C-rich and upregulation of A+T-rich genes. The transcriptional response quickly bifurcated into six groups which overlap with diurnally co-expressed gene groups. Each group shows distinct deviations from a common core promoter structure, where helically phased A-tracts are in phase with the transcription start site. Together, our data show that major co-expression groups (regulons) in Synechocystis all respond differentially to DNA supercoiling, and suggest to re-evaluate the long-standing question of the role of A-tracts in bacterial promoters.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Dietsch, MaximilianInstitut f. Synthetische Mikrobiologie, Heinrich-Heine Universität Düsseldorf, Universitätsstrasse 1, 40225 Düsseldorf, Germany, Universitätsstrasse 1 (författare)
  • Goldschmidt, LouisInstitut f. Quantitative u. Theoretische Biologie, Heinrich-Heine Universität Düsseldorf, Universitätsstrasse 1, 40225 Düsseldorf, Germany, Universitätsstrasse 1 (författare)
  • Murugathas, WandanaInstitut f. Synthetische Mikrobiologie, Heinrich-Heine Universität Düsseldorf, Universitätsstrasse 1, 40225 Düsseldorf, Germany, Universitätsstrasse 1 (författare)
  • Berwanger, Lutz C.Institut f. Synthetische Mikrobiologie, Heinrich-Heine Universität Düsseldorf, Universitätsstrasse 1, 40225 Düsseldorf, Germany, Universitätsstrasse 1 (författare)
  • Burmester, JonasInstitut f. Synthetische Mikrobiologie, Heinrich-Heine Universität Düsseldorf, Universitätsstrasse 1, 40225 Düsseldorf, Germany, Universitätsstrasse 1 (författare)
  • Yao, LunKTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Proteinvetenskap(Swepub:kth)u1nych9u (författare)
  • Brandt, DavidCentrum für Biotechnologie (CeBiTec), Universität Bielefeld, Universitätsstrasse 27, 33615 Bielefeld, Germany, Universitätsstrasse 27 (författare)
  • Busche, TobiasCentrum für Biotechnologie (CeBiTec), Universität Bielefeld, Universitätsstrasse 27, 33615 Bielefeld, Germany, Universitätsstrasse 27 (författare)
  • Kalinowski, JörnCentrum für Biotechnologie (CeBiTec), Universität Bielefeld, Universitätsstrasse 27, 33615 Bielefeld, Germany, Universitätsstrasse 27 (författare)
  • Hudson, Elton P.KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Systembiologi(Swepub:kth)u1ja6ik3 (författare)
  • Ebenhöh, OliverInstitut f. Quantitative u. Theoretische Biologie, Heinrich-Heine Universität Düsseldorf, Universitätsstrasse 1, 40225 Düsseldorf, Germany, Universitätsstrasse 1; Cluster of Excellence on Plant Sciences (CEPLAS), Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf, Universitätsstraße 1, 40225 Düsseldorf, Germany, Universitätsstraße 1 (författare)
  • Axmann, Ilka M.Institut f. Synthetische Mikrobiologie, Heinrich-Heine Universität Düsseldorf, Universitätsstrasse 1, 40225 Düsseldorf, Germany, Universitätsstrasse 1 (författare)
  • Machne, RainerInstitut f. Synthetische Mikrobiologie, Heinrich-Heine Universität Düsseldorf, Universitätsstrasse 1, 40225 Düsseldorf, Germany, Universitätsstrasse 1; Institut f. Quantitative u. Theoretische Biologie, Heinrich-Heine Universität Düsseldorf, Universitätsstrasse 1, 40225 Düsseldorf, Germany, Universitätsstrasse 1 (författare)
  • Institut f. Synthetische Mikrobiologie, Heinrich-Heine Universität Düsseldorf, Universitätsstrasse 1, 40225 Düsseldorf, Germany, Universitätsstrasse 1; Photanol B.V, Science Park 406, 1098 XH Amsterdam, The Netherlands, Science Park 406Institut f. Synthetische Mikrobiologie, Heinrich-Heine Universität Düsseldorf, Universitätsstrasse 1, 40225 Düsseldorf, Germany, Universitätsstrasse 1 (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Nucleic Acids Research: Oxford University Press (OUP)50:22, s. 12790-128080305-10481362-4962

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy