Sökning: WFRF:(Lun David) >
Manipulation of top...
-
Behle, AnnaInstitut f. Synthetische Mikrobiologie, Heinrich-Heine Universität Düsseldorf, Universitätsstrasse 1, 40225 Düsseldorf, Germany, Universitätsstrasse 1; Photanol B.V, Science Park 406, 1098 XH Amsterdam, The Netherlands, Science Park 406
(författare)
Manipulation of topoisomerase expression inhibits cell division but not growth and reveals a distinctive promoter structure in Synechocystis
- Artikel/kapitelEngelska2022
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
2022-12-19
-
Oxford University Press (OUP),2022
-
printrdacarrier
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:kth-330085
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-330085URI
-
https://doi.org/10.1093/nar/gkac1132DOI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Anmärkningar
-
QC 20230626
-
In cyanobacteria DNA supercoiling varies over the diurnal cycle and is integrated with temporal programs of transcription and replication. We manipulated DNA supercoiling in Synechocystis sp. PCC 6803 by CRISPRi-based knockdown of gyrase subunits and overexpression of topoisomerase I (TopoI). Cell division was blocked but cell growth continued in all strains. The small endogenous plasmids were only transiently relaxed, then became strongly supercoiled in the TopoI overexpression strain. Transcript abundances showed a pronounced 5'/3' gradient along transcription units, incl. the rRNA genes, in the gyrase knockdown strains. These observations are consistent with the basic tenets of the homeostasis and twin-domain models of supercoiling in bacteria. TopoI induction initially led to downregulation of G+C-rich and upregulation of A+T-rich genes. The transcriptional response quickly bifurcated into six groups which overlap with diurnally co-expressed gene groups. Each group shows distinct deviations from a common core promoter structure, where helically phased A-tracts are in phase with the transcription start site. Together, our data show that major co-expression groups (regulons) in Synechocystis all respond differentially to DNA supercoiling, and suggest to re-evaluate the long-standing question of the role of A-tracts in bacterial promoters.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Dietsch, MaximilianInstitut f. Synthetische Mikrobiologie, Heinrich-Heine Universität Düsseldorf, Universitätsstrasse 1, 40225 Düsseldorf, Germany, Universitätsstrasse 1
(författare)
-
Goldschmidt, LouisInstitut f. Quantitative u. Theoretische Biologie, Heinrich-Heine Universität Düsseldorf, Universitätsstrasse 1, 40225 Düsseldorf, Germany, Universitätsstrasse 1
(författare)
-
Murugathas, WandanaInstitut f. Synthetische Mikrobiologie, Heinrich-Heine Universität Düsseldorf, Universitätsstrasse 1, 40225 Düsseldorf, Germany, Universitätsstrasse 1
(författare)
-
Berwanger, Lutz C.Institut f. Synthetische Mikrobiologie, Heinrich-Heine Universität Düsseldorf, Universitätsstrasse 1, 40225 Düsseldorf, Germany, Universitätsstrasse 1
(författare)
-
Burmester, JonasInstitut f. Synthetische Mikrobiologie, Heinrich-Heine Universität Düsseldorf, Universitätsstrasse 1, 40225 Düsseldorf, Germany, Universitätsstrasse 1
(författare)
-
Yao, LunKTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Proteinvetenskap(Swepub:kth)u1nych9u
(författare)
-
Brandt, DavidCentrum für Biotechnologie (CeBiTec), Universität Bielefeld, Universitätsstrasse 27, 33615 Bielefeld, Germany, Universitätsstrasse 27
(författare)
-
Busche, TobiasCentrum für Biotechnologie (CeBiTec), Universität Bielefeld, Universitätsstrasse 27, 33615 Bielefeld, Germany, Universitätsstrasse 27
(författare)
-
Kalinowski, JörnCentrum für Biotechnologie (CeBiTec), Universität Bielefeld, Universitätsstrasse 27, 33615 Bielefeld, Germany, Universitätsstrasse 27
(författare)
-
Hudson, Elton P.KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Systembiologi(Swepub:kth)u1ja6ik3
(författare)
-
Ebenhöh, OliverInstitut f. Quantitative u. Theoretische Biologie, Heinrich-Heine Universität Düsseldorf, Universitätsstrasse 1, 40225 Düsseldorf, Germany, Universitätsstrasse 1; Cluster of Excellence on Plant Sciences (CEPLAS), Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf, Universitätsstraße 1, 40225 Düsseldorf, Germany, Universitätsstraße 1
(författare)
-
Axmann, Ilka M.Institut f. Synthetische Mikrobiologie, Heinrich-Heine Universität Düsseldorf, Universitätsstrasse 1, 40225 Düsseldorf, Germany, Universitätsstrasse 1
(författare)
-
Machne, RainerInstitut f. Synthetische Mikrobiologie, Heinrich-Heine Universität Düsseldorf, Universitätsstrasse 1, 40225 Düsseldorf, Germany, Universitätsstrasse 1; Institut f. Quantitative u. Theoretische Biologie, Heinrich-Heine Universität Düsseldorf, Universitätsstrasse 1, 40225 Düsseldorf, Germany, Universitätsstrasse 1
(författare)
-
Institut f. Synthetische Mikrobiologie, Heinrich-Heine Universität Düsseldorf, Universitätsstrasse 1, 40225 Düsseldorf, Germany, Universitätsstrasse 1; Photanol B.V, Science Park 406, 1098 XH Amsterdam, The Netherlands, Science Park 406Institut f. Synthetische Mikrobiologie, Heinrich-Heine Universität Düsseldorf, Universitätsstrasse 1, 40225 Düsseldorf, Germany, Universitätsstrasse 1
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:Nucleic Acids Research: Oxford University Press (OUP)50:22, s. 12790-128080305-10481362-4962
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Behle, Anna
-
Dietsch, Maximil ...
-
Goldschmidt, Lou ...
-
Murugathas, Wand ...
-
Berwanger, Lutz ...
-
Burmester, Jonas
-
visa fler...
-
Yao, Lun
-
Brandt, David
-
Busche, Tobias
-
Kalinowski, Jörn
-
Hudson, Elton P.
-
Ebenhöh, Oliver
-
Axmann, Ilka M.
-
Machne, Rainer
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Biokemi och mole ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Mikrobiologi
- Artiklar i publikationen
-
Nucleic Acids Re ...
- Av lärosätet
-
Kungliga Tekniska Högskolan