SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Parniewski Pawel)
 

Sökning: WFRF:(Parniewski Pawel) > Predicting pathogen...

  • Bartoszek, KrzysztofLinköpings universitet,Statistik och maskininlärning,Filosofiska fakulteten,Uppsala Univ, Sweden (författare)

Predicting pathogenicity behavior in Escherichia coli population through a state dependent model and TRS profiling

  • Artikel/kapitelEngelska2018

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2018-01-31
  • PUBLIC LIBRARY SCIENCE,2018
  • electronicrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:liu-145810
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:liu:diva-145810URI
  • https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005931DOI
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-341023URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • Funding Agencies|IMB PAS as part of the statutory research; Knut and Alice Wallenberg Foundation
  • The Binary State Speciation and Extinction (BiSSE) model is a branching process based model that allows the diversification rates to be controlled by a binary trait. We develop a general approach, based on the BiSSE model, for predicting pathogenicity in bacterial populations from microsatellites profiling data. A comprehensive approach for predicting pathogenicity in E. coli populations is proposed using the state-dependent branching process model combined with microsatellites TRS-PCR profiling. Additionally, we have evaluated the possibility of using the BiSSE model for estimating parameters from genetic data. We analyzed a real dataset (from 251 E. coli strains) and confirmed previous biological observations demonstrating a prevalence of some virulence traits in specific bacterial sub-groups. The method may be used to predict pathogenicity of other bacterial taxa.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Majchrzak, MartaPolish Acad Sci, Poland (författare)
  • Sakowski, SebastianUniv Lodz, Poland (författare)
  • Kubiak-Szeligowska, Anna B.Polish Acad Sci, Poland (författare)
  • Kaj, Ingemar,1957-Uppsala universitet,Analys och sannolikhetsteori,Analysis and Probability,Uppsala Univ, Sweden(Swepub:uu)ingekaj (författare)
  • Parniewski, PawelPolish Acad Sci, Poland (författare)
  • Linköpings universitetStatistik och maskininlärning (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:PloS Computational Biology: PUBLIC LIBRARY SCIENCE14:11553-734X1553-7358

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy