Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:liu-149867" >
A reassessment of D...
-
Lentini, AntonioLinköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten
(författare)
A reassessment of DNA-immunoprecipitation-based genomic profiling
- Artikel/kapitelEngelska2018
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
2018-06-25
-
NATURE PUBLISHING GROUP,2018
-
printrdacarrier
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:liu-149867
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:liu:diva-149867URI
-
https://doi.org/10.1038/s41592-018-0038-7DOI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Anmärkningar
-
Funding Agencies|Swedish Research Council [2015-03495, 2015-02575]; LiU-Cancer [2016-007]; Swedish Cancer Society [CAN 2017/625, CAN 2016/602]; Medical Research Council, UK [MC_PC_U127574433]
-
DNA immunoprecipitation followed by sequencing (DIP-seq) is a common enrichment method for profiling DNA modifications in mammalian genomes. However, the results of independent DIP-seq studies often show considerable variation between profiles of the same genome and between profiles obtained by alternative methods. Here we show that these differences are primarily due to the intrinsic affinity of IgG for short unmodified DNA repeats. This pervasive experimental error accounts for 50-99% of regions identified as enriched for DNA modifications in DIP-seq data. Correction of this error profoundly altered DNA-modification profiles for numerous cell types, including mouse embryonic stem cells, and subsequently revealed novel associations among DNA modifications, chromatin modifications and biological processes. We conclude that both matched input and IgG controls are essential in order for the results of DIP-based assays to be interpreted correctly, and that complementary, non-antibody-based techniques should be used to validate DIP-based findings to avoid further misinterpretation of genome-wide profiling data.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Lagerwall, CathrineLinköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten(Swepub:liu)catha65
(författare)
-
Vikingsson, SvanteLinköpings universitet,Avdelningen för läkemedelsforskning,Medicinska fakulteten,Natl Board Forens Med, Dept Forens Genet and Forens Toxicol, Linkoping, Sweden(Swepub:liu)svavi08
(författare)
-
Mjoseng, Heidi K.Univ Edinburgh, Scotland
(författare)
-
Douvlataniotis, Dimitrios KarolosLinköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten(Swepub:liu)dimdo11
(författare)
-
Vogt, HartmutLinköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten,Region Östergötland, H.K.H. Kronprinsessan Victorias barn- och ungdomssjukhus(Swepub:liu)harki85
(författare)
-
Green, HenrikLinköpings universitet,Avdelningen för läkemedelsforskning,Medicinska fakulteten,Natl Board Forens Med, Dept Forens Genet and Forens Toxicol, Linkoping, Sweden(Swepub:liu)hengr89
(författare)
-
Meehan, Richard R.Univ Edinburgh, Scotland
(författare)
-
Benson, MikaelLinköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten,Region Östergötland, Allergicentrum US(Swepub:liu)mikbe05
(författare)
-
Nestor, ColmLinköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten(Swepub:liu)colne37
(författare)
-
Linköpings universitetAvdelningen för barns och kvinnors hälsa
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:Nature Methods: NATURE PUBLISHING GROUP15:7, s. 499-+1548-70911548-7105
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Lentini, Antonio
-
Lagerwall, Cathr ...
-
Vikingsson, Svan ...
-
Mjoseng, Heidi K ...
-
Douvlataniotis, ...
-
Vogt, Hartmut
-
visa fler...
-
Green, Henrik
-
Meehan, Richard ...
-
Benson, Mikael
-
Nestor, Colm
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Bioinformatik oc ...
- Artiklar i publikationen
-
Nature Methods
- Av lärosätet
-
Linköpings universitet