A protocol for characterization of extremely preterm infant gut microbiota in double-blind clinical trials

Generó, Magalí Martí,1983-Linköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten (författare)

Funding: the Lions Forskningsfond mot folksjukdomar (Lions LiU-2019-03041), the Swedish Research Council (grant number 921.2014-7060), the Swedish Society for Medical Research, the Swedish Society of Medicine, the Research Council for South-East Sweden, ALF Grants, Region Östergötland, and BioGaia AB, Stockholm, Sweden.
16S rRNA gene sequencing enables microbial community profiling, but recovering fecal DNA from extremely premature infants is challenging. Here, we describe an optimized protocol for fecal DNA isolation, library preparation for 16S rRNA gene sequencing, taxonomy assignation, and statistical analyses. The protocol is complemented with a quantitative PCR for probiotic L. reuteri identification. This protocol describes how to characterize preterm infant gut microbiota and relate it to probiotic supplementation and clinical outcomes. It is customizable for other clinical trials. For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to Martí et al. (2021) and Spreckels et al. (2021).

Spreckels, Johanne,1992-Linköpings universitet,Medicinska fakulteten,Avdelningen för inflammation och infektion,Department of Genetics, University Medical Centre Groningen, Groningen, the Netherlands(Swepub:liu)johsp90 (författare)
Jenmalm, Maria,1971-Linköpings universitet,Avdelningen för inflammation och infektion,Medicinska fakulteten(Swepub:liu)marje18 (författare)
Abrahamsson, Thomas,1968-Linköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten,Region Östergötland, H.K.H. Kronprinsessan Victorias barn- och ungdomssjukhus(Swepub:liu)thoab97 (författare)
Linköpings universitetAvdelningen för barns och kvinnors hälsa (creator_code:org_t)

Av författaren/redakt...: Generó, Magalí M ...; Spreckels, Johan ...; Jenmalm, Maria, ...; Abrahamsson, Tho ...

Om ämnet

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Medicinska och f ...; och Mikrobiologi ino ...

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.