Sökning: WFRF:(Hellberg Fredrik)
> (2020-2024) >
RNA-sequencing and ...
RNA-sequencing and mass-spectrometry proteomic time-series analysis of T-cell differentiation identified multiple splice variants models that predicted validated protein biomarkers in inflammatory diseases
-
- Magnusson, Rasmus (författare)
- Linköpings universitet,Bioinformatik,Tekniska fakulteten
-
- Rundquist, Olof (författare)
- Linköpings universitet,Bioinformatik,Tekniska fakulteten
-
- Kim, Min Jung (författare)
- Kyung Hee Univ, South Korea
-
visa fler...
-
- Hellberg, Sandra, 1986- (författare)
- Linköpings universitet,Medicinska fakulteten,Avdelningen för inflammation och infektion
-
- Na, Chan Hyun (författare)
- Johns Hopkins Univ, MD 21205 USA
-
- Benson, Mikael (författare)
- Linköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten,Region Östergötland, H.K.H. Kronprinsessan Victorias barn- och ungdomssjukhus,Centre for Personalised Medicine
-
- Gomez-Cabrero, David (författare)
- Univ Publ Navarra, Spain
-
- Kockum, Ingrid (författare)
- Karolinska Institutet,Karolinska Inst, Sweden
-
- Tegner, Jesper N. (författare)
- King Abdullah Univ Sci & Technol KAUST, Saudi Arabia; Karolinska Inst, Sweden; Sci Life Lab, Sweden
-
- Piehl, Fredrik (författare)
- Karolinska Inst, Sweden
-
- Jagodic, Maja (författare)
- Karolinska Institutet,Karolinska Inst, Sweden
-
- Mellergård, Johan (författare)
- Linköpings universitet,Avdelningen för neurobiologi,Medicinska fakulteten,Region Östergötland, Neurologiska kliniken i Linköping
-
- Altafini, Claudio (författare)
- Linköpings universitet,Reglerteknik,Tekniska fakulteten
-
- Ernerudh, Jan (författare)
- Linköpings universitet,Avdelningen för inflammation och infektion,Medicinska fakulteten,Region Östergötland, Klinisk immunologi och transfusionsmedicin
-
- Jenmalm, Maria (författare)
- Linköpings universitet,Avdelningen för inflammation och infektion,Medicinska fakulteten
-
- Nestor, Colm (författare)
- Linköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten
-
- Kim, Min-Sik (författare)
- Daegu Gyeongbuk Inst Sci & Technol, South Korea
-
- Gustafsson, Mika (författare)
- Linköpings universitet,Bioinformatik,Tekniska fakulteten
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2022-08-29
- 2022
- Engelska.
-
Ingår i: Frontiers in Molecular Biosciences. - : Frontiers Media SA. - 2296-889X. ; 9
- Relaterad länk:
-
https://liu.diva-por... (primary) (Raw object)
-
visa fler...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.3...
-
http://kipublication...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Profiling of mRNA expression is an important method to identify biomarkers but complicated by limited correlations between mRNA expression and protein abundance. We hypothesised that these correlations could be improved by mathematical models based on measuring splice variants and time delay in protein translation. We characterised time-series of primary human naive CD4(+) T cells during early T helper type 1 differentiation with RNA-sequencing and mass-spectrometry proteomics. We performed computational time-series analysis in this system and in two other key human and murine immune cell types. Linear mathematical mixed time delayed splice variant models were used to predict protein abundances, and the models were validated using out-of-sample predictions. Lastly, we re-analysed RNA-seq datasets to evaluate biomarker discovery in five T-cell associated diseases, further validating the findings for multiple sclerosis (MS) and asthma. The new models significantly out-performing models not including the usage of multiple splice variants and time delays, as shown in cross-validation tests. Our mathematical models provided more differentially expressed proteins between patients and controls in all five diseases. Moreover, analysis of these proteins in asthma and MS supported their relevance. One marker, sCD27, was validated in MS using two independent cohorts for evaluating response to treatment and disease prognosis. In summary, our splice variant and time delay models substantially improved the prediction of protein abundance from mRNA expression in three different immune cell types. The models provided valuable biomarker candidates, which were further validated in MS and asthma.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Bioinformatik och systembiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Bioinformatics and Systems Biology (hsv//eng)
Nyckelord
- proteomics; RNA-seq; T-cell differentiation; biomarkers; multiple sclerosis
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Magnusson, Rasmu ...
-
Rundquist, Olof
-
Kim, Min Jung
-
Hellberg, Sandra ...
-
Na, Chan Hyun
-
Benson, Mikael
-
visa fler...
-
Gomez-Cabrero, D ...
-
Kockum, Ingrid
-
Tegner, Jesper N ...
-
Piehl, Fredrik
-
Jagodic, Maja
-
Mellergård, Joha ...
-
Altafini, Claudi ...
-
Ernerudh, Jan
-
Jenmalm, Maria
-
Nestor, Colm
-
Kim, Min-Sik
-
Gustafsson, Mika
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Bioinformatik oc ...
- Artiklar i publikationen
-
Frontiers in Mol ...
- Av lärosätet
-
Linköpings universitet
-
Karolinska Institutet