SwePub
Tyck till om SwePub Sök här!
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Lee Jeffrey K.)
 

Sökning: WFRF:(Lee Jeffrey K.) > Impact of AlphaFold...

Impact of AlphaFold on structure prediction of protein complexes: The CASP15-CAPRI experiment

Lensink, Marc F. (författare)
Univ Lille, France
Brysbaert, Guillaume (författare)
Univ Lille, France
Raouraoua, Nessim (författare)
Univ Lille, France
visa fler...
Bates, Paul A. (författare)
Francis Crick Inst, England
Giulini, Marco (författare)
Univ Utrecht, Netherlands
Honorato, Rodrigo V. (författare)
Univ Utrecht, Netherlands
van Noort, Charlotte (författare)
Univ Utrecht, Netherlands
Teixeira, Joao M. C. (författare)
Univ Utrecht, Netherlands
Bonvin, Alexandre M. J. J. (författare)
Univ Utrecht, Netherlands
Kong, Ren (författare)
Jiangsu Univ Technol, Peoples R China
Shi, Hang (författare)
Jiangsu Univ Technol, Peoples R China
Lu, Xufeng (författare)
Jiangsu Univ Technol, Peoples R China
Chang, Shan (författare)
Jiangsu Univ Technol, Peoples R China
Liu, Jian (författare)
Univ Missouri, MO USA
Guo, Zhiye (författare)
Univ Missouri, MO USA
Chen, Xiao (författare)
Univ Missouri, MO USA
Morehead, Alex (författare)
Univ Missouri, MO USA
Roy, Raj S. (författare)
Univ Missouri, MO USA
Wu, Tianqi (författare)
Univ Missouri, MO USA
Giri, Nabin (författare)
Univ Missouri, MO USA
Quadir, Farhan (författare)
Univ Missouri, MO USA
Chen, Chen (författare)
Univ Missouri, MO USA
Cheng, Jianlin (författare)
Univ Missouri, MO USA
Del Carpio, Carlos A. (författare)
Fukushimuta Hosp, Japan
Ichiishi, Eichiro (författare)
Int Univ Hlth & Welf IUHV Hosp, Japan
Rodriguez-Lumbreras, Luis A. (författare)
CSIC Univ Rioja Gobierno La Rioja, Spain; Barcelona Supercomp Ctr BSC, Spain
Fernandez-Recio, Juan (författare)
CSIC Univ Rioja Gobierno La Rioja, Spain; Barcelona Supercomp Ctr BSC, Spain
Harmalkar, Ameya (författare)
Johns Hopkins Univ, MD USA
Chu, Lee-Shin (författare)
Johns Hopkins Univ, MD USA
Canner, Sam (författare)
Johns Hopkins Univ, MD USA
Smanta, Rituparna (författare)
Johns Hopkins Univ, MD USA
Gray, Jeffrey J. (författare)
Johns Hopkins Univ, MD USA; Johns Hopkins Univ, MD USA
Li, Hao (författare)
Huazhong Univ Sci & Technol, Peoples R China
Lin, Peicong (författare)
Huazhong Univ Sci & Technol, Peoples R China
He, Jiahua (författare)
Huazhong Univ Sci & Technol, Peoples R China
Tao, Huanyu (författare)
Huazhong Univ Sci & Technol, Peoples R China
Huang, Sheng-You (författare)
Huazhong Univ Sci & Technol, Peoples R China
Roel-Touris, Jorge (författare)
Mol Biol Inst Barcelona IBMB CSIC, Spain
Jimenez-Garcia, Brian (författare)
Zymvol Biomodeling, Spain
Christoffer, Charles W. (författare)
Purdue Univ, IN USA
Jain, Anika J. (författare)
Purdue Univ, IN USA
Kagaya, Yuki (författare)
Purdue Univ, IN USA
Kannan, Harini (författare)
Purdue Univ, IN USA; Indian Inst Technol Madras, India
Nakamura, Tsukasa (författare)
Purdue Univ, IN USA
Terashi, Genki (författare)
Purdue Univ, IN USA
Verburgt, Jacob C. (författare)
Purdue Univ, IN USA
Zhang, Yuanyuan (författare)
Purdue Univ, IN USA
Zhang, Zicong (författare)
Purdue Univ, IN USA
Fujuta, Hayato (författare)
Indian Inst Technol Madras, India
Sekijima, Masakazu (författare)
Tokyo Inst Technol, Japan
Kihara, Daisuke (författare)
Purdue Univ, IN USA
Khan, Omeir (författare)
Boston Univ, MA USA
Kotelnikov, Sergei (författare)
SUNY Stony Brook, NY USA
Ghani, Usman (författare)
Boston Univ, MA USA
Padhorny, Dzmitry (författare)
SUNY Stony Brook, NY USA
Beglov, Dmitri (författare)
Boston Univ, MA USA
Vajda, Sandor (författare)
Boston Univ, MA USA
Kozakov, Dima (författare)
SUNY Stony Brook, NY USA
Negi, Surendra S. (författare)
Univ Texas Med Branch, TX USA
Ricciardelli, Tiziana (författare)
King Abdullah Univ Sci & Technol KAUST, Saudi Arabia
Barradas-Bautista, Didier (författare)
King Abdullah Univ Sci & Technol KAUST, Saudi Arabia
Cao, Zhen (författare)
King Abdullah Univ Sci & Technol KAUST, Saudi Arabia
Chawla, Mohit (författare)
King Abdullah Univ Sci & Technol KAUST, Saudi Arabia
Cavallo, Luigi (författare)
King Abdullah Univ Sci & Technol KAUST, Saudi Arabia; Univ Salerno, Italy
Oliva, Romina (författare)
Univ Naples Parthenope, Italy
Yin, Rui (författare)
Univ Maryland, MD USA
Cheung, Melyssa (författare)
Univ Maryland, MD USA; Univ Maryland, MD USA
Guest, Johnathan D. (författare)
Univ Maryland, MD USA; Univ Maryland, MD USA
Lee, Jessica (författare)
Univ Maryland, MD USA; Univ Maryland, MD USA
Pierce, Brian G. (författare)
Univ Maryland, MD USA
Shor, Ben (författare)
Hebrew Univ Jerusalem, Israel
Cohen, Tomer (författare)
Hebrew Univ Jerusalem, Israel
Halfon, Matan (författare)
Hebrew Univ Jerusalem, Israel
Schneidman-Duhovny, Dina (författare)
Hebrew Univ Jerusalem, Israel
Zhu, Shaowen (författare)
Hebrew Univ Jerusalem, Israel; Texas M Univ, TX USA
Yin, Rujie (författare)
Texas M Univ, TX USA
Sun, Yuanfei (författare)
Texas M Univ, TX USA
Shen, Yang (författare)
Texas M Univ, TX USA; Texas A&M Univ, TX USA; Texas A&M Univ, TX USA; Texas A&M Univ, TX USA
Maszota-Zieleniak, Martyna (författare)
Univ Gdansk, Poland
Bojarski, Krzysztof K. (författare)
Univ Gdansk, Poland; Techn Univ Gdansk, Poland
Lubecka, Emilia A. (författare)
Techn Univ Gdansk, Poland
Marcisz, Mateusz (författare)
Univ Gdansk, Poland
Danielsson, Annemarie (författare)
Univ Gdansk, Poland
Dziadek, Lukasz (författare)
Univ Gdansk, Poland
Gaardlos, Margrethe (författare)
Univ Gdansk, Poland
Gieldon, Artur (författare)
Univ Gdansk, Poland
Liwo, Adam (författare)
Univ Gdansk, Poland
Samsonov, Sergey A. (författare)
Univ Gdansk, Poland
Slusarz, Rafal (författare)
Univ Gdansk, Poland
Zieba, Karolina (författare)
Univ Gdansk, Poland
Sieradzan, Adam K. (författare)
Univ Gdansk, Poland
Czaplewski, Cezary (författare)
Univ Gdansk, Poland
Kobayashi, Shinpei (författare)
Kitasato Univ, Japan
Miyakawa, Yuta (författare)
Kitasato Univ, Japan
Kiyota, Yasuomi (författare)
Kitasato Univ, Japan
Takeda-Shitaka, Mayuko (författare)
Kitasato Univ, Japan
Olechnovic, Kliment (författare)
Vilnius Univ, Lithuania
Valancauskas, Lukas (författare)
Vilnius Univ, Lithuania
Dapkunas, Justas (författare)
Vilnius Univ, Lithuania
Venclovas, Ceslovas (författare)
Vilnius Univ, Lithuania
Wallner, Björn, 1975- (författare)
Linköpings universitet,Bioinformatik,Tekniska fakulteten
Yang, Lin (författare)
Harbin Inst Technol, Peoples R China; Univ Sydney, Australia
Hou, Chengyu (författare)
Harbin Inst Technol, Peoples R China
He, Xiaodong (författare)
Harbin Inst Technol, Peoples R China; Shenzhen STRONG Adv Mat Res Inst Col Ltd, Peoples R China
Guo, Shuai (författare)
Harbin Inst Technol, Peoples R China
Jiang, Shenda (författare)
Harbin Inst Technol, Peoples R China
Ma, Xiaoliang (författare)
Harbin Inst Technol, Peoples R China
Duan, Rui (författare)
Univ Missouri, MO USA
Qui, Liming (författare)
Univ Missouri, MO USA
Xu, Xianjin (författare)
Univ Missouri, MO USA
Zou, Xiaoqin (författare)
Univ Missouri, MO USA; Univ Missouri, MO USA; Univ Missouri, MO USA; Univ Missouri, MO USA
Velankar, Sameer (författare)
European Bioinformat Inst EMBL EBI, England
Wodak, Shoshana J. (författare)
VUB Ctr Struct Biol VIB, Belgium
visa färre...
 (creator_code:org_t)
2023
2023
Engelska.
Ingår i: Proteins. - : WILEY. - 0887-3585 .- 1097-0134.
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • We present the results for CAPRI Round 54, the 5th joint CASP-CAPRI protein assembly prediction challenge. The Round offered 37 targets, including 14 homodimers, 3 homo-trimers, 13 heterodimers including 3 antibody-antigen complexes, and 7 large assemblies. On average similar to 70 CASP and CAPRI predictor groups, including more than 20 automatics servers, submitted models for each target. A total of 21 941 models submitted by these groups and by 15 CAPRI scorer groups were evaluated using the CAPRI model quality measures and the DockQ score consolidating these measures. The prediction performance was quantified by a weighted score based on the number of models of acceptable quality or higher submitted by each group among their five best models. Results show substantial progress achieved across a significant fraction of the 60+ participating groups. High-quality models were produced for about 40% of the targets compared to 8% two years earlier. This remarkable improvement is due to the wide use of the AlphaFold2 and AlphaFold2-Multimer software and the confidence metrics they provide. Notably, expanded sampling of candidate solutions by manipulating these deep learning inference engines, enriching multiple sequence alignments, or integration of advanced modeling tools, enabled top performing groups to exceed the performance of a standard AlphaFold2-Multimer version used as a yard stick. This notwithstanding, performance remained poor for complexes with antibodies and nanobodies, where evolutionary relationships between the binding partners are lacking, and for complexes featuring conformational flexibility, clearly indicating that the prediction of protein complexes remains a challenging problem.

Ämnesord

NATURVETENSKAP  -- Data- och informationsvetenskap -- Bioinformatik (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Computer and Information Sciences -- Bioinformatics (hsv//eng)

Nyckelord

AlphaFold; blind prediction; CAPRI; CASP; deep learning; protein assemblies; protein complexes; protein-protein interaction

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

  • Proteins (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...
Lensink, Marc F.
Brysbaert, Guill ...
Raouraoua, Nessi ...
Bates, Paul A.
Giulini, Marco
Honorato, Rodrig ...
visa fler...
van Noort, Charl ...
Teixeira, Joao M ...
Bonvin, Alexandr ...
Kong, Ren
Shi, Hang
Lu, Xufeng
Chang, Shan
Liu, Jian
Guo, Zhiye
Chen, Xiao
Morehead, Alex
Roy, Raj S.
Wu, Tianqi
Giri, Nabin
Quadir, Farhan
Chen, Chen
Cheng, Jianlin
Del Carpio, Carl ...
Ichiishi, Eichir ...
Rodriguez-Lumbre ...
Fernandez-Recio, ...
Harmalkar, Ameya
Chu, Lee-Shin
Canner, Sam
Smanta, Rituparn ...
Gray, Jeffrey J.
Li, Hao
Lin, Peicong
He, Jiahua
Tao, Huanyu
Huang, Sheng-You
Roel-Touris, Jor ...
Jimenez-Garcia, ...
Christoffer, Cha ...
Jain, Anika J.
Kagaya, Yuki
Kannan, Harini
Nakamura, Tsukas ...
Terashi, Genki
Verburgt, Jacob ...
Zhang, Yuanyuan
Zhang, Zicong
Fujuta, Hayato
Sekijima, Masaka ...
Kihara, Daisuke
Khan, Omeir
Kotelnikov, Serg ...
Ghani, Usman
Padhorny, Dzmitr ...
Beglov, Dmitri
Vajda, Sandor
Kozakov, Dima
Negi, Surendra S ...
Ricciardelli, Ti ...
Barradas-Bautist ...
Cao, Zhen
Chawla, Mohit
Cavallo, Luigi
Oliva, Romina
Yin, Rui
Cheung, Melyssa
Guest, Johnathan ...
Lee, Jessica
Pierce, Brian G.
Shor, Ben
Cohen, Tomer
Halfon, Matan
Schneidman-Duhov ...
Zhu, Shaowen
Yin, Rujie
Sun, Yuanfei
Shen, Yang
Maszota-Zielenia ...
Bojarski, Krzysz ...
Lubecka, Emilia ...
Marcisz, Mateusz
Danielsson, Anne ...
Dziadek, Lukasz
Gaardlos, Margre ...
Gieldon, Artur
Liwo, Adam
Samsonov, Sergey ...
Slusarz, Rafal
Zieba, Karolina
Sieradzan, Adam ...
Czaplewski, Ceza ...
Kobayashi, Shinp ...
Miyakawa, Yuta
Kiyota, Yasuomi
Takeda-Shitaka, ...
Olechnovic, Klim ...
Valancauskas, Lu ...
Dapkunas, Justas
Venclovas, Ceslo ...
Wallner, Björn, ...
Yang, Lin
Hou, Chengyu
He, Xiaodong
Guo, Shuai
Jiang, Shenda
Ma, Xiaoliang
Duan, Rui
Qui, Liming
Xu, Xianjin
Zou, Xiaoqin
Velankar, Sameer
Wodak, Shoshana ...
visa färre...
Om ämnet
NATURVETENSKAP
NATURVETENSKAP
och Data och informa ...
och Bioinformatik
Artiklar i publikationen
Proteins
Av lärosätet
Linköpings universitet

Sök utanför SwePub

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy