Impact of AlphaFold on structure prediction of protein complexes: The CASP15-CAPRI experiment

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: WFRF:(Zhang Yuanyuan) > Impact of AlphaFold...

Lensink, Marc F.Univ Lille, France (författare)

Impact of AlphaFold on structure prediction of protein complexes: The CASP15-CAPRI experiment

Artikel/kapitelEngelska2023

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2023
WILEY,2023
printrdacarrier

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:liu-200076
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:liu:diva-200076URI
https://doi.org/10.1002/prot.26609DOI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

Funding Agencies|Francis Crick Institute; Cancer Research UK [FC0001003]; UK Medical Research Council [FC001003]; Wellcome Trust [FC001003]; European Union Horizon 2020 [823830]; Netherlands e-Science Center [027.020.G13]; US National Institutes of Health [R01GM146340, R01GM093123]; Spanish Ministry of Science [501100011033, AEI/10.13039, PID2019-110167RB-I00]; National Institute of Health [R35 GM144083, RM1135136, R35GM118078, R01GM140098, R01GM123055, R01GM133840, R35-GM141881]; Advanced Research Computing at Hopkins (ARCH) core facility; National Natural Science Foundation of China [32161133002, 62072199]; European Molecular Biology Organization (EMBO) [ALTF 145-2021]; Government of Catalonia's Agency for Business Competitiveness (ACCIO); National Science Foundation [DMS 2054251, DBI2003635, IIS2211598, DBI2146026, MCB1925643, CMMI1825941, IIS1763246, DBI1759934, CCF-1943008, OAC1920103]; National Institute of General Medical Sciences [T32 GM132024]; NIH/NIGMS [R35GM136409, R35GM124952]; National Science Center of Poland (Narodowe Centrum Nauki) (NCN) [UMO2017/27/B/ST4/00926, UMO-2017/26/M/ ST4/00044, UMO2017/25/B/ST4/01026]; Research Council of Lithuania [: S-MIP-21-25]; Wallenberg AI, Autonomous System and Software Program (WASP); Knut and Alice Wallenberg Foundation (KAW); Swedish Research Council; Science Foundation of the National Key Laboratory of Science and Technology; Fundamental Research Funds for the Central Universities of China; [801342]
We present the results for CAPRI Round 54, the 5th joint CASP-CAPRI protein assembly prediction challenge. The Round offered 37 targets, including 14 homodimers, 3 homo-trimers, 13 heterodimers including 3 antibody-antigen complexes, and 7 large assemblies. On average similar to 70 CASP and CAPRI predictor groups, including more than 20 automatics servers, submitted models for each target. A total of 21 941 models submitted by these groups and by 15 CAPRI scorer groups were evaluated using the CAPRI model quality measures and the DockQ score consolidating these measures. The prediction performance was quantified by a weighted score based on the number of models of acceptable quality or higher submitted by each group among their five best models. Results show substantial progress achieved across a significant fraction of the 60+ participating groups. High-quality models were produced for about 40% of the targets compared to 8% two years earlier. This remarkable improvement is due to the wide use of the AlphaFold2 and AlphaFold2-Multimer software and the confidence metrics they provide. Notably, expanded sampling of candidate solutions by manipulating these deep learning inference engines, enriching multiple sequence alignments, or integration of advanced modeling tools, enabled top performing groups to exceed the performance of a standard AlphaFold2-Multimer version used as a yard stick. This notwithstanding, performance remained poor for complexes with antibodies and nanobodies, where evolutionary relationships between the binding partners are lacking, and for complexes featuring conformational flexibility, clearly indicating that the prediction of protein complexes remains a challenging problem.

Ämnesord och genrebeteckningar

NATURVETENSKAP Data- och informationsvetenskap Bioinformatik hsv//swe
NATURAL SCIENCES Computer and Information Sciences Bioinformatics hsv//eng
AlphaFold; blind prediction; CAPRI; CASP; deep learning; protein assemblies; protein complexes; protein-protein interaction

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Brysbaert, GuillaumeUniv Lille, France (författare)
Raouraoua, NessimUniv Lille, France (författare)
Bates, Paul A.Francis Crick Inst, England (författare)
Giulini, MarcoUniv Utrecht, Netherlands (författare)
Honorato, Rodrigo V.Univ Utrecht, Netherlands (författare)
van Noort, CharlotteUniv Utrecht, Netherlands (författare)
Teixeira, Joao M. C.Univ Utrecht, Netherlands (författare)
Bonvin, Alexandre M. J. J.Univ Utrecht, Netherlands (författare)
Kong, RenJiangsu Univ Technol, Peoples R China (författare)
Shi, HangJiangsu Univ Technol, Peoples R China (författare)
Lu, XufengJiangsu Univ Technol, Peoples R China (författare)
Chang, ShanJiangsu Univ Technol, Peoples R China (författare)
Liu, JianUniv Missouri, MO USA (författare)
Guo, ZhiyeUniv Missouri, MO USA (författare)
Chen, XiaoUniv Missouri, MO USA (författare)
Morehead, AlexUniv Missouri, MO USA (författare)
Roy, Raj S.Univ Missouri, MO USA (författare)
Wu, TianqiUniv Missouri, MO USA (författare)
Giri, NabinUniv Missouri, MO USA (författare)
Quadir, FarhanUniv Missouri, MO USA (författare)
Chen, ChenUniv Missouri, MO USA (författare)
Cheng, JianlinUniv Missouri, MO USA (författare)
Del Carpio, Carlos A.Fukushimuta Hosp, Japan (författare)
Ichiishi, EichiroInt Univ Hlth & Welf IUHV Hosp, Japan (författare)
Rodriguez-Lumbreras, Luis A.CSIC Univ Rioja Gobierno La Rioja, Spain; Barcelona Supercomp Ctr BSC, Spain (författare)
Fernandez-Recio, JuanCSIC Univ Rioja Gobierno La Rioja, Spain; Barcelona Supercomp Ctr BSC, Spain (författare)
Harmalkar, AmeyaJohns Hopkins Univ, MD USA (författare)
Chu, Lee-ShinJohns Hopkins Univ, MD USA (författare)
Canner, SamJohns Hopkins Univ, MD USA (författare)
Smanta, RituparnaJohns Hopkins Univ, MD USA (författare)
Gray, Jeffrey J.Johns Hopkins Univ, MD USA; Johns Hopkins Univ, MD USA (författare)
Li, HaoHuazhong Univ Sci & Technol, Peoples R China (författare)
Lin, PeicongHuazhong Univ Sci & Technol, Peoples R China (författare)
He, JiahuaHuazhong Univ Sci & Technol, Peoples R China (författare)
Tao, HuanyuHuazhong Univ Sci & Technol, Peoples R China (författare)
Huang, Sheng-YouHuazhong Univ Sci & Technol, Peoples R China (författare)
Roel-Touris, JorgeMol Biol Inst Barcelona IBMB CSIC, Spain (författare)
Jimenez-Garcia, BrianZymvol Biomodeling, Spain (författare)
Christoffer, Charles W.Purdue Univ, IN USA (författare)
Jain, Anika J.Purdue Univ, IN USA (författare)
Kagaya, YukiPurdue Univ, IN USA (författare)
Kannan, HariniPurdue Univ, IN USA; Indian Inst Technol Madras, India (författare)
Nakamura, TsukasaPurdue Univ, IN USA (författare)
Terashi, GenkiPurdue Univ, IN USA (författare)
Verburgt, Jacob C.Purdue Univ, IN USA (författare)
Zhang, YuanyuanPurdue Univ, IN USA (författare)
Zhang, ZicongPurdue Univ, IN USA (författare)
Fujuta, HayatoIndian Inst Technol Madras, India (författare)
Sekijima, MasakazuTokyo Inst Technol, Japan (författare)
Kihara, DaisukePurdue Univ, IN USA (författare)
Khan, OmeirBoston Univ, MA USA (författare)
Kotelnikov, SergeiSUNY Stony Brook, NY USA (författare)
Ghani, UsmanBoston Univ, MA USA (författare)
Padhorny, DzmitrySUNY Stony Brook, NY USA (författare)
Beglov, DmitriBoston Univ, MA USA (författare)
Vajda, SandorBoston Univ, MA USA (författare)
Kozakov, DimaSUNY Stony Brook, NY USA (författare)
Negi, Surendra S.Univ Texas Med Branch, TX USA (författare)
Ricciardelli, TizianaKing Abdullah Univ Sci & Technol KAUST, Saudi Arabia (författare)
Barradas-Bautista, DidierKing Abdullah Univ Sci & Technol KAUST, Saudi Arabia (författare)
Cao, ZhenKing Abdullah Univ Sci & Technol KAUST, Saudi Arabia (författare)
Chawla, MohitKing Abdullah Univ Sci & Technol KAUST, Saudi Arabia (författare)
Cavallo, LuigiKing Abdullah Univ Sci & Technol KAUST, Saudi Arabia; Univ Salerno, Italy (författare)
Oliva, RominaUniv Naples Parthenope, Italy (författare)
Yin, RuiUniv Maryland, MD USA (författare)
Cheung, MelyssaUniv Maryland, MD USA; Univ Maryland, MD USA (författare)
Guest, Johnathan D.Univ Maryland, MD USA; Univ Maryland, MD USA (författare)
Lee, JessicaUniv Maryland, MD USA; Univ Maryland, MD USA (författare)
Pierce, Brian G.Univ Maryland, MD USA (författare)
Shor, BenHebrew Univ Jerusalem, Israel (författare)
Cohen, TomerHebrew Univ Jerusalem, Israel (författare)
Halfon, MatanHebrew Univ Jerusalem, Israel (författare)
Schneidman-Duhovny, DinaHebrew Univ Jerusalem, Israel (författare)
Zhu, ShaowenHebrew Univ Jerusalem, Israel; Texas M Univ, TX USA (författare)
Yin, RujieTexas M Univ, TX USA (författare)
Sun, YuanfeiTexas M Univ, TX USA (författare)
Shen, YangTexas M Univ, TX USA; Texas A&M Univ, TX USA; Texas A&M Univ, TX USA; Texas A&M Univ, TX USA (författare)
Maszota-Zieleniak, MartynaUniv Gdansk, Poland (författare)
Bojarski, Krzysztof K.Univ Gdansk, Poland; Techn Univ Gdansk, Poland (författare)
Lubecka, Emilia A.Techn Univ Gdansk, Poland (författare)
Marcisz, MateuszUniv Gdansk, Poland (författare)
Danielsson, AnnemarieUniv Gdansk, Poland (författare)
Dziadek, LukaszUniv Gdansk, Poland (författare)
Gaardlos, MargretheUniv Gdansk, Poland (författare)
Gieldon, ArturUniv Gdansk, Poland (författare)
Liwo, AdamUniv Gdansk, Poland (författare)
Samsonov, Sergey A.Univ Gdansk, Poland (författare)
Slusarz, RafalUniv Gdansk, Poland (författare)
Zieba, KarolinaUniv Gdansk, Poland (författare)
Sieradzan, Adam K.Univ Gdansk, Poland (författare)
Czaplewski, CezaryUniv Gdansk, Poland (författare)
Kobayashi, ShinpeiKitasato Univ, Japan (författare)
Miyakawa, YutaKitasato Univ, Japan (författare)
Kiyota, YasuomiKitasato Univ, Japan (författare)
Takeda-Shitaka, MayukoKitasato Univ, Japan (författare)
Olechnovic, KlimentVilnius Univ, Lithuania (författare)
Valancauskas, LukasVilnius Univ, Lithuania (författare)
Dapkunas, JustasVilnius Univ, Lithuania (författare)
Venclovas, CeslovasVilnius Univ, Lithuania (författare)
Wallner, Björn,1975-Linköpings universitet,Bioinformatik,Tekniska fakulteten(Swepub:liu)bjowa51 (författare)
Yang, LinHarbin Inst Technol, Peoples R China; Univ Sydney, Australia (författare)
Hou, ChengyuHarbin Inst Technol, Peoples R China (författare)
He, XiaodongHarbin Inst Technol, Peoples R China; Shenzhen STRONG Adv Mat Res Inst Col Ltd, Peoples R China (författare)
Guo, ShuaiHarbin Inst Technol, Peoples R China (författare)
Jiang, ShendaHarbin Inst Technol, Peoples R China (författare)
Ma, XiaoliangHarbin Inst Technol, Peoples R China (författare)
Duan, RuiUniv Missouri, MO USA (författare)
Qui, LimingUniv Missouri, MO USA (författare)
Xu, XianjinUniv Missouri, MO USA (författare)
Zou, XiaoqinUniv Missouri, MO USA; Univ Missouri, MO USA; Univ Missouri, MO USA; Univ Missouri, MO USA (författare)
Velankar, SameerEuropean Bioinformat Inst EMBL EBI, England (författare)
Wodak, Shoshana J.VUB Ctr Struct Biol VIB, Belgium (författare)
Univ Lille, FranceFrancis Crick Inst, England (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:Proteins: WILEY0887-35851097-0134

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Proteins (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Lensink, Marc F.; Brysbaert, Guill ...; Raouraoua, Nessi ...; Bates, Paul A.; Giulini, Marco; Honorato, Rodrig ...; visa fler...; van Noort, Charl ...; Teixeira, Joao M ...; Bonvin, Alexandr ...; Kong, Ren; Shi, Hang; Lu, Xufeng; Chang, Shan; Liu, Jian; Guo, Zhiye; Chen, Xiao; Morehead, Alex; Roy, Raj S.; Wu, Tianqi; Giri, Nabin; Quadir, Farhan; Chen, Chen; Cheng, Jianlin; Del Carpio, Carl ...; Ichiishi, Eichir ...; Rodriguez-Lumbre ...; Fernandez-Recio, ...; Harmalkar, Ameya; Chu, Lee-Shin; Canner, Sam; Smanta, Rituparn ...; Gray, Jeffrey J.; Li, Hao; Lin, Peicong; He, Jiahua; Tao, Huanyu; Huang, Sheng-You; Roel-Touris, Jor ...; Jimenez-Garcia, ...; Christoffer, Cha ...; Jain, Anika J.; Kagaya, Yuki; Kannan, Harini; Nakamura, Tsukas ...; Terashi, Genki; Verburgt, Jacob ...; Zhang, Yuanyuan; Zhang, Zicong; Fujuta, Hayato; Sekijima, Masaka ...; Kihara, Daisuke; Khan, Omeir; Kotelnikov, Serg ...; Ghani, Usman; Padhorny, Dzmitr ...; Beglov, Dmitri; Vajda, Sandor; Kozakov, Dima; Negi, Surendra S ...; Ricciardelli, Ti ...; Barradas-Bautist ...; Cao, Zhen; Chawla, Mohit; Cavallo, Luigi; Oliva, Romina; Yin, Rui; Cheung, Melyssa; Guest, Johnathan ...; Lee, Jessica; Pierce, Brian G.; Shor, Ben; Cohen, Tomer; Halfon, Matan; Schneidman-Duhov ...; Zhu, Shaowen; Yin, Rujie; Sun, Yuanfei; Shen, Yang; Maszota-Zielenia ...; Bojarski, Krzysz ...; Lubecka, Emilia ...; Marcisz, Mateusz; Danielsson, Anne ...; Dziadek, Lukasz; Gaardlos, Margre ...; Gieldon, Artur; Liwo, Adam; Samsonov, Sergey ...; Slusarz, Rafal; Zieba, Karolina; Sieradzan, Adam ...; Czaplewski, Ceza ...; Kobayashi, Shinp ...; Miyakawa, Yuta; Kiyota, Yasuomi; Takeda-Shitaka, ...; Olechnovic, Klim ...; Valancauskas, Lu ...; Dapkunas, Justas; Venclovas, Ceslo ...; Wallner, Björn, ...; Yang, Lin; Hou, Chengyu; He, Xiaodong; Guo, Shuai; Jiang, Shenda; Ma, Xiaoliang; Duan, Rui; Qui, Liming; Xu, Xianjin; Zou, Xiaoqin; Velankar, Sameer; Wodak, Shoshana ...; visa färre...

Om ämnet

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Data och informa ...; och Bioinformatik

Artiklar i publikationen: Proteins

Av lärosätet: Linköpings universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se