SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Kim Minjae)
 

Sökning: WFRF:(Kim Minjae) > A consensus protoco...

  • Capo, EricSwedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för vatten och miljö,Department of Aquatic Sciences and Assessment,Institut de Ciències del Mar (ICM-CSIC) (författare)

A consensus protocol for the recovery of mercury methylation genes from metagenomes

  • Artikel/kapitelEngelska2023

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2022-08-04
  • John Wiley & Sons,2023
  • electronicrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:lnu-116300
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:lnu:diva-116300URI
  • https://doi.org/10.1111/1755-0998.13687DOI
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:umu:diva-198622URI
  • https://res.slu.se/id/publ/118707URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • Mercury (Hg) methylation genes (hgcAB) mediate the formation of the toxic methylmercury and have been identified from diverse environments, including freshwater and marine ecosystems, Arctic permafrost, forest and paddy soils, coal-ash amended sediments, chlor-alkali plants discharges and geothermal springs. Here we present the first attempt at a standardized protocol for the detection, identification and quantification of hgc genes from metagenomes. Our Hg-cycling microorganisms in aquatic and terrestrial ecosystems (Hg-MATE) database, a catalogue of hgc genes, provides the most accurate information to date on the taxonomic identity and functional/metabolic attributes of microorganisms responsible for Hg methylation in the environment. Furthermore, we introduce "marky-coco", a ready-to-use bioinformatic pipeline based on de novo single-metagenome assembly, for easy and accurate characterization of hgc genes from environmental samples. We compared the recovery of hgc genes from environmental metagenomes using the marky-coco pipeline with an approach based on coassembly of multiple metagenomes. Our data show similar efficiency in both approaches for most environments except those with high diversity (i.e., paddy soils) for which a coassembly approach was preferred. Finally, we discuss the definition of true hgc genes and methods to normalize hgc gene counts from metagenomes.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Peterson, Benjamin D.Univ Wisconsin, USA,Department of Bacteriology, University of Wisconsin at Madison, WI, Madison, United States (författare)
  • Kim, MinjaeColorado State Univ, USA,Natural Resource Ecology Laboratory, Colorado State University, CO, Fort Collins, United States (författare)
  • Jones, Daniel S.New Mexico Inst Min & Technol, USA;Natl Cave & Karst Res Inst, USA,Department of Earth and Environmental Science, New Mexico Institute of Mining and Technology, NM, Socorro, United States; National Cave and Karst Research Institute, NM, Carlsbad, United States (författare)
  • Acinas, Silvia G.Department of Marine Biology and Oceanography, Institute of Marine Sciences, CSIC, Barcelona, Spain (författare)
  • Amyot, MarcUniv Montreal, Canada,Department of Biological Sciences, University of Montréal, QC, Montréal, Canada (författare)
  • Bertilsson, StefanSwedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för vatten och miljö,Department of Aquatic Sciences and Assessment (författare)
  • Björn, ErikUmeå universitet,Kemiska institutionen,Umeå University, Sweden(Swepub:umu)erkbjn97 (författare)
  • Buck, MoritzSwedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för vatten och miljö,Department of Aquatic Sciences and Assessment (författare)
  • Cosio, ClaudiaUniv Reims, France,University of Reims Champagne-Ardenne, UMR-I 02 SEBIO, Reims, France (författare)
  • Elias, Dwayne A.Elias Consulting LLC, USA,Elias Consulting, LLC, TN, Knoxville, United States (författare)
  • Gilmour, CynthiaSmithsonian Environm Res Ctr, USA,Smithsonian Environmental Research Center, MD, Edgewater, United States (författare)
  • Goni-Urriza, MarisolUniv Pau & Pays Adour, France,University of Pau et des Pays de l'Adour, E2S UPPA, CNRS, IPREM, Pau, France (författare)
  • Gu, BaohuaOak Ridge Natl Lab, USA,Oak Ridge National Laboratory, TN, Oak Ridge, United States (författare)
  • Lin, HeyuUniv Melbourne, Australia,School of Geography, Earth and Atmospheric Sciences, The University of Melbourne, VIC, Parkville, Australia (författare)
  • Liu, Yu-RongHuazhong Agr Univ, China,College of Resources and Environment, Huazhong Agricultural University, Wuhan, China (författare)
  • McMahon, KatherineUniv Wisconsin, USA,Department of Bacteriology, University of Wisconsin at Madison, WI, Madison, United States (författare)
  • Moreau, John W.Univ Glasgow, UK,School of Geographical and Earth Sciences, University of Glasgow, Glasgow, United Kingdom (författare)
  • Pinhassi, JaroneLinnéuniversitetet,Institutionen för biologi och miljö (BOM),Vatten,Ctr Ecol & Evolut Microbial Model Syst EEMiS,Centre for Ecology and Evolution in Microbial Model Systems – EEMiS, Linnaeus University, Kalmar, Sweden(Swepub:lnu)ypija (författare)
  • Podar, MirceaOak Ridge Natl Lab, USA,Oak Ridge National Laboratory, TN, Oak Ridge, United States (författare)
  • Puente-Sanchez, FernandoSwedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för vatten och miljö,Department of Aquatic Sciences and Assessment (författare)
  • Sanchez, PabloDepartment of Marine Biology and Oceanography, Institute of Marine Sciences, CSIC, Barcelona, Spain (författare)
  • Storck, VeronikaUniv Montreal, Canada,Department of Biological Sciences, University of Montréal, QC, Montréal, Canada (författare)
  • Tada, YuyaNatl Inst Minamata Dis, Japan,Department of Environment and Public Health, National Institute for Minamata Disease, Kumamoto, Japan (författare)
  • Vigneron, AdrienUniv Pau & Pays Adour, France,University of Pau et des Pays de l'Adour, E2S UPPA, CNRS, IPREM, Pau, France (författare)
  • Walsh, David A.Concordia Univ, Canada,Department of Biology, Concordia University, QC, Montreal, Canada (författare)
  • Vandewalle-Capo, MarineSwedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för vatten och miljö,Department of Aquatic Sciences and Assessment (författare)
  • Bravo, Andrea G.Department of Marine Biology and Oceanography, Institute of Marine Sciences, CSIC, Barcelona, Spain (författare)
  • Gionfriddo, Caitlin M.Smithsonian Environm Res Ctr, USA,Smithsonian Environmental Research Center, MD, Edgewater, United States (författare)
  • Sveriges lantbruksuniversitetInstitutionen för vatten och miljö (creator_code:org_t)
  • Sveriges lantbruksuniversitet

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Molecular Ecology Resources: John Wiley & Sons23:1, s. 190-2041755-098X1755-0998

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy