SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Hulme J)
 

Sökning: WFRF:(Hulme J) > (2020-2023) > The swan genome and...

  • Karawita, Anjana C.Univ Queensland, Sch Chem & Mol Biosci, St Lucia 4072, Qld, Australia.;Commonwealth Sci & Ind Res Org, Australian Ctr Dis Preparedness, 5 Portarlington Rd, Geelong 3220, Vic, Australia (författare)

The swan genome and transcriptome, it is not all black and white

  • Artikel/kapitelEngelska2023

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2023-01-23
  • BioMed Central (BMC),2023
  • printrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:lnu-119771
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:lnu:diva-119771URI
  • https://doi.org/10.1186/s13059-022-02838-0DOI
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-498984URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • BackgroundThe Australian black swan (Cygnus atratus) is an iconic species with contrasting plumage to that of the closely related northern hemisphere white swans. The relative geographic isolation of the black swan may have resulted in a limited immune repertoire and increased susceptibility to infectious diseases, notably infectious diseases from which Australia has been largely shielded. Unlike mallard ducks and the mute swan (Cygnus olor), the black swan is extremely sensitive to highly pathogenic avian influenza. Understanding this susceptibility has been impaired by the absence of any available swan genome and transcriptome information.ResultsHere, we generate the first chromosome-length black and mute swan genomes annotated with transcriptome data, all using long-read based pipelines generated for vertebrate species. We use these genomes and transcriptomes to show that unlike other wild waterfowl, black swans lack an expanded immune gene repertoire, lack a key viral pattern-recognition receptor in endothelial cells and mount a poorly controlled inflammatory response to highly pathogenic avian influenza. We also implicate genetic differences in SLC45A2 gene in the iconic plumage of the black swan.ConclusionTogether, these data suggest that the immune system of the black swan is such that should any avian viral infection become established in its native habitat, the black swan would be in a significant peril.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Cheng, YuanyuanUniv Sydney, Sch Life & Environm Sci, Sydney 2006, NSW, Australia (författare)
  • Chew, Keng YihUniv Queensland, Sch Chem & Mol Biosci, St Lucia 4072, Qld, Australia (författare)
  • Challagulla, ArjunCommonwealth Sci & Ind Res Org, Australian Ctr Dis Preparedness, 5 Portarlington Rd, Geelong 3220, Vic, Australia (författare)
  • Kraus, RobertMax Planck Inst Anim Behav, Dept Migrat, ,, D-78315 Radolfzell am Bodensee, Germany.;Univ Konstanz, Dept Biol, D-78457 Constance, Germany (författare)
  • Mueller, Ralf C.Max Planck Inst Anim Behav, Dept Migrat, ,, D-78315 Radolfzell am Bodensee, Germany.;Univ Konstanz, Dept Biol, D-78457 Constance, Germany (författare)
  • Tong, Marcus Z. W.Univ Queensland, Sch Chem & Mol Biosci, St Lucia 4072, Qld, Australia (författare)
  • Hulme, Katina D.Univ Queensland, Sch Chem & Mol Biosci, St Lucia 4072, Qld, Australia (författare)
  • Bielefeldt-Ohmann, HelleUniv Queensland, Sch Chem & Mol Biosci, St Lucia 4072, Qld, Australia (författare)
  • Steele, Lauren E.Univ Queensland, Sch Chem & Mol Biosci, St Lucia 4072, Qld, Australia (författare)
  • Wu, MelanieUniv Queensland, Sch Chem & Mol Biosci, St Lucia 4072, Qld, Australia (författare)
  • Sng, JulianUniv Queensland, Sch Chem & Mol Biosci, St Lucia 4072, Qld, Australia (författare)
  • Noye, EllesandraUniv Queensland, Sch Chem & Mol Biosci, St Lucia 4072, Qld, Australia (författare)
  • Bruxner, Timothy J.Univ Queensland, Inst Mol Biosci, St Lucia 4072, Qld, Australia (författare)
  • Au, Gough G.Commonwealth Sci & Ind Res Org, Australian Ctr Dis Preparedness, 5 Portarlington Rd, Geelong 3220, Vic, Australia (författare)
  • Lowther, SuzanneCommonwealth Sci & Ind Res Org, Australian Ctr Dis Preparedness, 5 Portarlington Rd, Geelong 3220, Vic, Australia (författare)
  • Blommaert, JulieUppsala universitet,Systematisk biologi,New Zealand Inst Plant & Food Res Ltd, Nelson 7010, New Zealand(Swepub:uu)julbl818 (författare)
  • Suh, AlexanderUppsala universitet,Evolutionsbiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Systematisk biologi,Univ East Anglia, Sch Biol Sci, Norwich Res Pk, Norwich NR4 7TU, Norfolk, England(Swepub:uu)alesu519 (författare)
  • McCauley, Alexander J.Commonwealth Sci & Ind Res Org, Australian Ctr Dis Preparedness, 5 Portarlington Rd, Geelong 3220, Vic, Australia (författare)
  • Kaur, ParwinderUniv Western Australia, Sch Agr & Environm, Perth, WA 6009, Australia (författare)
  • Dudchenko, OlgaBaylor Coll Med, Ctr Genome Architecture, Dept Mol & Human Genet, Houston, TX 77030 USA.;Rice Univ, Ctr Theoret Biol Phys, Dept Comp Sci, Houston, TX 77030 USA (författare)
  • Aiden, ErezUniv Western Australia, Australia;Baylor Coll Med, USA;Rice Univ, USA;Broad Institute of MIT and Harvard, USA;ShanghaiTech, China,Univ Western Australia, Sch Agr & Environm, Perth, WA 6009, Australia.;Baylor Coll Med, Ctr Genome Architecture, Dept Mol & Human Genet, Houston, TX 77030 USA.;Rice Univ, Ctr Theoret Biol Phys, Dept Comp Sci, Houston, TX 77030 USA.;Broad Inst & Harvard, Cambridge, MA 02139 USA.;ShanghaiTech, Shanghai Inst Adv Immunochem Studies, ,, Pudong 201210, Peoples R China (författare)
  • Fedrigo, OlivierRockefeller Univ, Vertebrate Genome Lab, New York, NY 10065 USA (författare)
  • Formenti, GiulioRockefeller Univ, Vertebrate Genome Lab, New York, NY 10065 USA (författare)
  • Mountcastle, JacquelynRockefeller Univ, Vertebrate Genome Lab, New York, NY 10065 USA (författare)
  • Chow, WilliamWelcome Sanger Inst, UK,Welcome Sanger Inst, Tree Life, Cambridge CB10 1SA, England (författare)
  • Martin, Fergal J.European Bioinformat Inst, UK,European Bioinformat Inst, European Mol Biol Lab, Wellcome Genome Campus, Cambridge CB10 1SD, England (författare)
  • Ogeh, Denye N.European Bioinformat Inst, UK,European Bioinformat Inst, European Mol Biol Lab, Wellcome Genome Campus, Cambridge CB10 1SD, England (författare)
  • Thiaud-Nissen, FrancoiseNIH, Natl Ctr Biotechnol Informat, Natl Lib Med, Bethesda, MD USA (författare)
  • Howe, KerstinWelcome Sanger Inst, UK,Welcome Sanger Inst, Tree Life, Cambridge CB10 1SA, England (författare)
  • Tracey, AlanWelcome Sanger Inst, UK,Welcome Sanger Inst, Tree Life, Cambridge CB10 1SA, England (författare)
  • Smith, JacquelineUniv Edinburgh, UK,Univ Edinburgh, Roslin Inst, Royal Dick Sch Vet Studies, Easter Bush Campus, Roslin EH25 9RG, Midlothian, Scotland (författare)
  • Kuo, Richard I.Univ Edinburgh, UK,Univ Edinburgh, Roslin Inst, Royal Dick Sch Vet Studies, Easter Bush Campus, Roslin EH25 9RG, Midlothian, Scotland (författare)
  • Renfree, Marilyn B.Univ Melbourne, Sch Biosci, Melbourne, Vic 3052, Australia (författare)
  • Kimura, TakashiHokkaido Univ, Fac Vet Med, Sapporo, Hokkaido 0600818, Japan (författare)
  • Sakoda, YoshihiroHokkaido Univ, Fac Vet Med, Sapporo, Hokkaido 0600818, Japan (författare)
  • McDougall, MathewNew Zealand Fish & Game Eastern Reg, Rotorua 3046, New Zealand (författare)
  • Spencer, Hamish G.Univ Otago, Dept Zool, Dunedin 9054, New Zealand (författare)
  • Pyne, MichaelCurrumbin Wildlife Sanctuary, Currumbin, Qld 4223, Australia (författare)
  • Tolf, ConnyLinnéuniversitetet,Institutionen för biologi och miljö (BOM),Linnaeus Univ, Ctr Ecol & Evolut Microbial Model Syst EEMiS, SE-39182 Kalmar, Sweden(Swepub:lnu)ntoco (författare)
  • Waldenström, Jonas,1975-Linnéuniversitetet,Institutionen för biologi och miljö (BOM),Linnaeus Univ, Ctr Ecol & Evolut Microbial Model Syst EEMiS, SE-39182 Kalmar, Sweden(Swepub:lnu)ewajo (författare)
  • Jarvis, Erich D.Rockefeller Univ, Vertebrate Genome Lab, New York, NY 10065 USA (författare)
  • Baker, Michelle L.Commonwealth Sci & Ind Res Org, Australian Ctr Dis Preparedness, 5 Portarlington Rd, Geelong 3220, Vic, Australia (författare)
  • Burt, David W.Univ Queensland, Sch Chem & Mol Biosci, St Lucia 4072, Qld, Australia (författare)
  • Short, Kirsty R.Univ Queensland, Sch Chem & Mol Biosci, St Lucia 4072, Qld, Australia (författare)
  • Univ Queensland, Sch Chem & Mol Biosci, St Lucia 4072, Qld, Australia.;Commonwealth Sci & Ind Res Org, Australian Ctr Dis Preparedness, 5 Portarlington Rd, Geelong 3220, Vic, AustraliaUniv Sydney, Sch Life & Environm Sci, Sydney 2006, NSW, Australia (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Genome Biology: BioMed Central (BMC)24:11465-69061474-760X

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy