Systematic analysis of noncoding somatic mutations and gene expression alterations across 14 tumor types

Fredriksson, Nils Johan,1979-Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för medicinsk kemi och cellbiologi,Institute of Biomedicine, Department of Medical Biochemistry and Cell Biology (författare)

Funding Agencies:Swedish Medical Research Council (SMRC)Ake Wiberg foundation Lars Hierta Memorial Foundation Region Västra Götaland Sahlgrenska Academy
Somatic mutations in noncoding sequences are poorly explored in cancer, a rare exception being the recent identification of activating mutations in TERT regulatory DNA. Although this finding is suggestive of a general mechanism for oncogene activation, this hypothesis remains untested. Here we map somatic mutations in 505 tumor genomes across 14 cancer types and systematically screen for associations between mutations in regulatory regions and RNA-level changes. We identify recurrent promoter mutations in several genes but find that TERT mutations are exceptional in showing a strong and genome-wide significant association with increased expression. Detailed analysis of TERT across cancers shows that the strength of this association is highly variable and is strongest in copy number stable cancers such as thyroid carcinoma. We additionally propose that TERT promoter mutations control expression of the nearby gene CLPTM1L. Our analysis provides a detailed pan-cancer view of TERT transcriptional activation but finds no clear evidence for frequent oncogenic promoter mutations beyond TERT.

Ny, Lars,1967Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kliniska vetenskaper, Avdelningen för onkologi,Institute of Clinical Sciences, Department of Oncology(Swepub:gu)xnylai (författare)
Nilsson, Jonas A,1971Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kliniska vetenskaper, Avdelningen för kirurgi,Institute of Clinical Sciences, Department of Surgery(Swepub:gu)xnijon (författare)
Larsson, Erik,1975Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för medicinsk kemi och cellbiologi,Institute of Biomedicine, Department of Medical Biochemistry and Cell Biology(Swepub:gu)xlarer (författare)
Göteborgs universitetInstitutionen för biomedicin, avdelningen för medicinsk kemi och cellbiologi (creator_code:org_t)

Ingår i:Nature Genetics: Nature Publishing Group46:12, s. 1258-12631061-40361546-1718

Av författaren/redakt...: Fredriksson, Nil ...; Ny, Lars, 1967; Nilsson, Jonas A ...; Larsson, Erik, 1 ...

Om ämnet

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Klinisk medicin; och Cancer och onkol ...

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.