Analysis of small RNA in fission yeast; centromeric siRNAs are potentially generated through a structured RNA

Djupedal, IngelaSödertörns högskola,Institutionen för livsvetenskaper,Karolinska Institutet (författare)

Som manuskript i avhandling. As manuscript in dissertation.
The formation of heterochromatin at the centromeres in fission yeast depends on transcription of the outer repeats. These transcripts are processed into siRNAs that target homologous loci for heterochromatin formation. Here, high throughput sequencing of small RNA provides a comprehensive analysis of centromere-derived small RNAs. We found that the centromeric small RNAs are Dcr1 dependent, carry 50-monophosphates and are associated with Ago1. The majority of centromeric small RNAs originate from two remarkably well-conserved sequences that are present in all centromeres. The high degree of similarity suggests that this non-coding sequence in itself may be of importance. Consistent with this, secondary structure-probing experiments indicate that this centromeric RNA is partially double-stranded and is processed by Dicer in vitro. We further demonstrate the existence of small centromeric RNA in rdp1D cells. Our data suggest a pathway for siRNA generation that is distinct from the well-documented model involving RITS/RDRC. We propose that primary transcripts fold into hairpin-like structures that may be processed by Dcr1 into siRNAs, and that these siRNAs may initiate heterochromatin formation independent of RDRC activity. The EMBO Journal (2009) 28, 3832-3844. doi: 10.1038/emboj.2009.351; Published online 26 November 2009

Kos-Braun, Isabelle C.University of Edinburgh, Edinburgh, UK / Universität Heidelberg, Heidelberg, Germany (författare)
Mosher, Rebecca A.University of Cambridge, Cambridge, UK (författare)
Söderholm, NiklasKarolinska Institutet (författare)
Simmer, FemkeUniversity of Edinburgh, Edinburgh, UK (författare)
Hardcastle, Thomas J.University of Cambridge, Cambridge, UK (författare)
Fender, AurelieUppsala universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi (författare)
Heidrich, NadjaUppsala universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi(Swepub:uu)nadhe184 (författare)
Kagansky, AlexanderUniversity of Edinburgh, Edinburgh, UK (författare)
Bayne, ElizabethUniversity of Edinburgh, Edinburgh, UK (författare)
Wagner, Gerhart E. H.Uppsala universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi(Swepub:uu)gerhartw (författare)
Baulcombe, David C.University of Cambridge, Cambridge, UK (författare)
Allshire, Robin C.University of Edinburgh, Edinburgh, UK (författare)
Ekwall, KarlSödertörns högskola,Molekylärbiologi,Karolinska Institutet(Swepub:sh)SHKLEL (författare)
Södertörns högskolaInstitutionen för livsvetenskaper (creator_code:org_t)

Av författaren/redakt...: Djupedal, Ingela; Kos-Braun, Isabe ...; Mosher, Rebecca ...; Söderholm, Nikla ...; Simmer, Femke; Hardcastle, Thom ...; visa fler...; Fender, Aurelie; Heidrich, Nadja; Kagansky, Alexan ...; Bayne, Elizabeth; Wagner, Gerhart ...; Baulcombe, David ...; Allshire, Robin ...; Ekwall, Karl; visa färre...

Om ämnet

Av lärosätet: Södertörns högskola; Karolinska Institutet; Uppsala universitet

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.