SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Bunikis Ignas)
 

Sökning: WFRF:(Bunikis Ignas) > (2015-2019) > De novo assembly of...

  • Olsen, Remi-AndreStockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),Stockholm Univ, Sci Life Lab, Dept Biochem & Biophys, S-17121 Solna, Sweden. (författare)

De novo assembly of Dekkera bruxellensis : a multi technology approach using short and long-read sequencing and optical mapping

  • Artikel/kapitelEngelska2015

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2015-11-26
  • Oxford University Press (OUP),2015
  • printrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:su-124734
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:su:diva-124734URI
  • https://doi.org/10.1186/s13742-015-0094-1DOI
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-271435URI
  • https://res.slu.se/id/publ/72288URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • Background: It remains a challenge to perform de novo assembly using next-generation sequencing (NGS). Despite the availability of multiple sequencing technologies and tools (e.g., assemblers) it is still difficult to assemble new genomes at chromosome resolution (i.e., one sequence per chromosome). Obtaining high quality draft assemblies is extremely important in the case of yeast genomes to better characterise major events in their evolutionary history. The aim of this work is two-fold: on the one hand we want to show how combining different and somewhat complementary technologies is key to improving assembly quality and correctness, and on the other hand we present a de novo assembly pipeline we believe to be beneficial to core facility bioinformaticians. To demonstrate both the effectiveness of combining technologies and the simplicity of the pipeline, here we present the results obtained using the Dekkera bruxellensis genome. Methods: In this work we used short-read Illumina data and long-read PacBio data combined with the extreme long-range information from OpGen optical maps in the task of de novo genome assembly and finishing. Moreover, we developed NouGAT, a semi-automated pipeline for read-preprocessing, de novo assembly and assembly evaluation, which was instrumental for this work. Results: We obtained a high quality draft assembly of a yeast genome, resolved on a chromosomal level. Furthermore, this assembly was corrected for mis-assembly errors as demonstrated by resolving a large collapsed repeat and by receiving higher scores by assembly evaluation tools. With the inclusion of PacBio data we were able to fill about 5 % of the optical mapped genome not covered by the Illumina data.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Bunikis, IgnasUppsala universitet,Institutionen för immunologi, genetik och patologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)ignbu776 (författare)
  • Tiukova, IevgeniiaSwedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för mikrobiologi,Department of Microbiology(Swepub:slu)49062 (författare)
  • Holmberg, KickiStockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),Stockholm Univ, Sci Life Lab, Dept Biochem & Biophys, S-17121 Solna, Sweden. (författare)
  • Lötstedt, BrittaStockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),Stockholm Univ, Sci Life Lab, Dept Biochem & Biophys, S-17121 Solna, Sweden. (författare)
  • Pettersson, Olga VinnereUppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Institutionen för immunologi, genetik och patologi,Uppsala University(Swepub:slu)49253 (författare)
  • Passoth, VolkmarSwedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för mikrobiologi,Department of Microbiology(Swepub:slu)46652 (författare)
  • Käller, MaxStockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),Stockholm Univ, Sci Life Lab, Dept Biochem & Biophys, S-17121 Solna, Sweden. (författare)
  • Vezzi, FrancescoStockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),Stockholm Univ, Sci Life Lab, Dept Biochem & Biophys, S-17121 Solna, Sweden.(Swepub:su)fvezz (författare)
  • Stockholms universitetInstitutionen för biokemi och biofysik (creator_code:org_t)
  • Sveriges lantbruksuniversitet

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:GigaScience: Oxford University Press (OUP)42047-217X

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy