id:"swepub:oai:DiVA.org:su-131992"
Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:su-131992" > Inclusion of dyad-r...
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
- Hayat, Sikander (författare)
Inclusion of dyad-repeat pattern improves topology prediction of transmembrane beta-barrel proteins
- Artikel/kapitelEngelska2016
Förlag, utgivningsår, omfång ...
- 2016-01-21
- Oxford University Press (OUP),2016
- printrdacarrier
Nummerbeteckningar
- LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:su-131992
- https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:su:diva-131992URI
- https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btw025DOI
Kompletterande språkuppgifter
- Språk:engelska
- Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
- SwePubSwePub
Klassifikation
Anmärkningar
- Accurate topology prediction of transmembrane beta-barrels is still an open question. Here, we present BOCTOPUS2, an improved topology prediction method for transmembrane beta-barrels that can also identify the barrel domain, predict the topology and identify the orientation of residues in transmembrane beta-strands. The major novelty of BOCTOPUS2 is the use of the dyad-repeat pattern of lipid and pore facing residues observed in transmembrane beta-barrels. In a cross-validation test on a benchmark set of 42 proteins, BOCTOPUS2 predicts the correct topology in 69% of the proteins, an improvement of more than 10% over the best earlier method (BOCTOPUS) and in addition, it produces significantly fewer erroneous predictions on non-transmembrane beta-barrel proteins.
Ämnesord och genrebeteckningar
- NATURVETENSKAP Biologi Biokemi och molekylärbiologi hsv//swe
- NATURAL SCIENCES Biological Sciences Biochemistry and Molecular Biology hsv//eng
- NATURVETENSKAP Data- och informationsvetenskap Bioinformatik hsv//swe
- NATURAL SCIENCES Computer and Information Sciences Bioinformatics hsv//eng
- Biochemistry towards Bioinformatics
- biokemi med inriktning mot bioinformatik
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
- Peters, ChristophStockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab)(Swepub:su)chpe0921 (författare)
- Shu, NanjiangStockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab)(Swepub:su)nash2920 (författare)
- Tsirigos, Konstantinos D.Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab)(Swepub:su)kots7499 (författare)
- Elofsson, ArneStockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab)(Swepub:su)aelof (författare)
- Stockholms universitetInstitutionen för biokemi och biofysik (creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
- Ingår i:Bioinformatics: Oxford University Press (OUP)32:10, s. 1571-15731367-48031367-4811
Internetlänk
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Hitta mer i SwePub
- Av författaren/redakt...
- Hayat, Sikander
- Peters, Christop ...
- Shu, Nanjiang
- Tsirigos, Konsta ...
- Elofsson, Arne
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Biologi
- och Biokemi och mole ...
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Data och informa ...
- och Bioinformatik
- Artiklar i publikationen
- Bioinformatics
- Av lärosätet
- Stockholms universitet
Sök utanför SwePub
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
- Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
- LIBRIS.kb.se
