Multiscale design of coarse-grained elastic network-based potentials for the mu opioid receptor

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:su-134388" > Multiscale design o...

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Fossépré, MathieuStockholms universitet,Institutionen för material- och miljökemi (MMK),University of Namur (UNamur), Belgium (författare)

Multiscale design of coarse-grained elastic network-based potentials for the mu opioid receptor

Artikel/kapitelEngelska2016

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2016-08-26
Springer Science and Business Media LLC,2016
printrdacarrier

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:su-134388
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:su:diva-134388URI
https://doi.org/10.1007/s00894-016-3092-zDOI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

Despite progress in computer modeling, most biological processes are still out of reach when using all-atom (AA) models. Coarse-grained (CG) models allow classical molecular dynamics (MD) simulations to be accelerated. Although simplification of spatial resolution at different levels is often investigated, simplification of the CG potential in itself has been less common. CG potentials are often similar to AA potentials. In this work, we consider the design and reliability of purely mechanical CG models of the mu opioid receptor (mu OR), a G protein-coupled receptor (GPCR). In this sense, CG force fields (FF) consist of a set of holonomic constraints guided by an elastic network model (ENM). Even though ENMs are used widely to perform normal mode analysis (NMA), they are not often implemented as a single FF in the context of MD simulations. In this work, various ENM-like potentials were investigated by varying their force constant schemes and connectivity patterns. A method was established to systematically parameterize ENM-like potentials at different spatial resolutions by using AA data. To do so, new descriptors were introduced. The choice of conformation descriptors that also include flexibility information is important for a reliable parameterization of ENMs with different degrees of sensitivity. Hence, ENM-like potentials, with specific parameters, can be sufficient to accurately reproduce AA MD simulations of mu OR at highly coarse-grained resolutions. Therefore, the essence of the flexibility properties of mu OR can be captured with simple models at different CG spatial resolutions, opening the way to mechanical approaches to understanding GPCR functions.

Ämnesord och genrebeteckningar

NATURVETENSKAP Biologi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences hsv//eng
NATURVETENSKAP Kemi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Chemical Sciences hsv//eng
NATURVETENSKAP Data- och informationsvetenskap hsv//swe
NATURAL SCIENCES Computer and Information Sciences hsv//eng
GPCR
Molecular dynamics
Coarse-graining
Multiscale modeling
Elastic network models
Graph theory

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Leherte, Laurence (författare)
Laaksonen, AattoStockholms universitet,Institutionen för material- och miljökemi (MMK)(Swepub:su)aatto (författare)
Vercauteren, Daniel P. (författare)
Stockholms universitetInstitutionen för material- och miljökemi (MMK) (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:Journal of Molecular Modeling: Springer Science and Business Media LLC22:91610-29400948-5023

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Journal of Molecular Modeling (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Fossépré, Mathie ...; Leherte, Laurenc ...; Laaksonen, Aatto; Vercauteren, Dan ...

Om ämnet

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Kemi

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Data och informa ...

Artiklar i publikationen: Journal of Molec ...

Av lärosätet: Stockholms universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se