SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

(WFRF:(Lysholm Fredrik))
 

Sökning: (WFRF:(Lysholm Fredrik)) > Discovering viral g...

  • Barrientos-Somarribas, MauricioKarolinska Institutet,Karolinska Inst, Sweden (författare)

Discovering viral genomes in human metagenomic data by predicting unknown protein families

  • Artikel/kapitelEngelska2018

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2018-01-08
  • Springer Science and Business Media LLC,2018
  • printrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:su-152546
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:su:diva-152546URI
  • https://doi.org/10.1038/s41598-017-18341-7DOI
  • http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:137489766URI
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:liu:diva-144887URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • Funding Agencies|Swedish Research Council; Knut and Alice Wallenberg Foundation
  • Massive amounts of metagenomics data are currently being produced, and in all such projects a sizeable fraction of the resulting data shows no or little homology to known sequences. It is likely that this fraction contains novel viruses, but identification is challenging since they frequently lack homology to known viruses. To overcome this problem, we developed a strategy to detect ORFan protein families in shotgun metagenomics data, using similarity-based clustering and a set of filters to extract bona fide protein families. We applied this method to 17 virus-enriched libraries originating from human nasopharyngeal aspirates, serum, feces, and cerebrospinal fluid samples. This resulted in 32 predicted putative novel gene families. Some families showed detectable homology to sequences in metagenomics datasets and protein databases after reannotation. Notably, one predicted family matches an ORF from the highly variable Torque Teno virus (TTV). Furthermore, follow-up from a predicted ORFan resulted in the complete reconstruction of a novel circular genome. Its organisation suggests that it most likely corresponds to a novel bacteriophage in the microviridae family, hence it was named bacteriophage HFM.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Messina, David N.Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),Stockholm Univ, Sweden (författare)
  • Pou, ChristianKarolinska Institutet,Karolinska Inst, Sweden (författare)
  • Lysholm, FredrikLinköpings universitet,Bioinformatik,Tekniska fakulteten(Swepub:liu)frely17 (författare)
  • Bjerkner, AnnelieKarolinska Institutet,Karolinska Univ Hosp, Sweden (författare)
  • Allander, TobiasKarolinska Institutet,Karolinska Univ Hosp, Sweden (författare)
  • Andersson, BjornKarolinska Institutet,Karolinska Inst, Sweden (författare)
  • Sonnhammer, Erik L. L.Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),Stockholm Univ, Sweden(Swepub:su)esonn (författare)
  • Karolinska InstitutetKarolinska Inst, Sweden (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Scientific Reports: Springer Science and Business Media LLC82045-2322

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy