RecPhyloXML: a format for reconciled gene trees

RecPhyloXML : a format for reconciled gene trees

Motivation: A reconciliation is an annotation of the nodes of a gene tree with evolutionary events-for example, speciation, gene duplication, transfer, loss, etc. -along with a mapping onto a species tree. Many algorithms and software produce or use reconciliations but often using different reconciliation formats, regarding the type of events considered or whether the species tree is dated or not. This complicates the comparison and communication between different programs. Results: Here, we gather a consortium of software developers in gene tree species tree reconciliation to propose and endorse a format that aims to promote an integrative-albeit flexible-specification of phylogenetic reconciliations. This format, named recPhyloXML, is accompanied by several tools such as a reconciled tree visualizer and conversion utilities.

Gence, Guillaume (författare)
Chifolleau, Anne-Muriel Arigon (författare)
Arvestad, LarsStockholms universitet,Matematiska institutionen,Swedish e-Science Research Centre (SeRC), Sweden(Swepub:su)arve (författare)
Bansal, Mukul S. (författare)
Berry, Vincent (författare)
Boussau, Bastien (författare)
Chevenet, Francois (författare)
Comte, Nicolas (författare)
Davin, Adrian A. (författare)
Dessimoz, Christophe (författare)
Dylus, David (författare)
Hasic, Damir (författare)
Mallo, Diego (författare)
Planel, Remi (författare)
Posada, David (författare)
Scornavacca, Celine (författare)
Szollosi, Gergely (författare)
Zhang, Louxin (författare)
Tannier, Eric (författare)
Daubin, Vincent (författare)
Stockholms universitetMatematiska institutionen (creator_code:org_t)

Ingår i:Bioinformatics: Oxford University Press (OUP)34:21, s. 3646-36521367-48031367-4811

Om ämnet

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.