Predicting sample success for large-scale ancient DNA studies on marine mammals

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: WFRF:(Gotfredsen Anne Birgitte) > Predicting sample s...

Keighley, XéniaUniversity of Groningen,University of Copenhagen (författare)

Predicting sample success for large-scale ancient DNA studies on marine mammals

Artikel/kapitelEngelska2021

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2021-02-26
Wiley,2021
electronicrdacarrier

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:su-189940
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:su:diva-189940URI
https://doi.org/10.1111/1755-0998.13331DOI
https://lup.lub.lu.se/record/0d60dbaa-b650-46df-80e0-892c0b50020eURI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

In recent years, non-human ancient DNA studies have begun to focus on larger sample sizes and whole genomes, offering the potential to reveal exciting and hitherto unknown answers to ongoing biological and archaeological questions. However, one major limitation to the feasibility of such studies is the substantial financial and time investments still required during sample screening, due to uncertainty regarding successful sample selection. This study investigates the effect of a wide range of sample properties including latitude, sample age, skeletal element, collagen preservation, and context on endogenous content and DNA damage profiles for 317 ancient and historic pinnipedsamples collected from across the North Atlantic. Using generalised linear and mixed-effectmodels, we found that a range of factors affected DNA preservation within each of the species under consideration. The most important findings were that endogenous content varied significantly according to context, the type of skeletal element, the collagen content and collection year. There also appears to be an effect of the sample’s geographic origin, with samples from the Arcticgenerally showing higher endogenous content and lower damage rates. Both latitude and sample age were found to have significant relationships with damage levels, but only for walrus samples. Sex, ontogenetic age and extraction material preparation were not found to have any significantrelationship with DNA preservation. Overall, the skeletal element and sample context were found to be the most influential factors and should therefore be considered when selecting samples for large-scale ancient genome studies.

Ämnesord och genrebeteckningar

HUMANIORA Historia och arkeologi hsv//swe
HUMANITIES History and Archaeology hsv//eng
NATURVETENSKAP Biologi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences hsv//eng
NATURVETENSKAP Biologi Genetik hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Genetics hsv//eng
Endogenous content
DNA damage
zooarchaeology
sample age
pinnipeds
aDNA
walrus
seal
Genetics
genetik
Scientific Archaeology
arkeologi med inriktning mot laborativ arkeologi
aDNA
DNA damage
endogenous content
pinnipeds
sample age
seal
walrus
zooarchaeology

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Bro-Jørgensen, Maiken HemmeStockholm University,Stockholms universitet,Arkeologiska forskningslaboratoriet,University of Copenhagen, Denmark(Swepub:su)mbro (författare)
Ahlgren, HansStockholm University,Stockholms universitet,Arkeologiska forskningslaboratoriet(Swepub:su)haah7650 (författare)
Szpak, PaulTrent University (författare)
Ciucani, Marta MariaUniversity of Copenhagen (författare)
Sánchez Barreiro, FátimaUniversity of Copenhagen (författare)
Howse, LesleyUniversity of Toronto (författare)
Gotfredsen, Anne BirgitteUniversity of Copenhagen (författare)
Glykou, AikateriniStockholm University,Stockholms universitet,Arkeologiska forskningslaboratoriet(Swepub:su)aglyk (författare)
Jordan, PeterLund University,Lunds universitet,Arkeologi,Institutionen för arkeologi och antikens historia,Institutioner,Humanistiska och teologiska fakulteterna,Archaeology,Department of Archaeology and Ancient History,Departments,Joint Faculties of Humanities and Theology(Swepub:lu)pe2732jo (författare)
Lidén, KerstinStockholm University,Stockholms universitet,Arkeologiska forskningslaboratoriet(Swepub:su)kliden (författare)
Olsen, Morten TangeUniversity of Copenhagen (författare)
University of GroningenUniversity of Copenhagen (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:Molecular Ecology Resources: Wiley21:4, s. 1149-11661755-098X1755-0998

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Molecular Ecology Resources (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Keighley, Xénia; Bro-Jørgensen, M ...; Ahlgren, Hans; Szpak, Paul; Ciucani, Marta M ...; Sánchez Barreiro ...; visa fler...; Howse, Lesley; Gotfredsen, Anne ...; Glykou, Aikateri ...; Jordan, Peter; Lidén, Kerstin; Olsen, Morten Ta ...; visa färre...

Om ämnet

HUMANIORA: HUMANIORA; och Historia och ark ...

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Genetik

Artiklar i publikationen: Molecular Ecolog ...

Av lärosätet: Stockholms universitet; Lunds universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se