Considerations for three-dimensional image reconstruction from experimental data in coherent diffractive imaging

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Tyck till om SwePub Sök här!

Sökning: WFRF:(Reddy V) > Considerations for ...

Considerations for three-dimensional image reconstruction from experimental data in coherent diffractive imaging

Lundholm, Ida V. (författare): Uppsala universitet,Molekylär biofysik

Sellberg, Jonas A. (författare): KTH,Biomedicinsk fysik och röntgenfysik

Ekeberg, Tomas (författare): Uppsala universitet,Molekylär biofysik

visa fler...

Hantke, Max F. (författare): University Of Oxford,Univ Oxford, Oxford, England.

Okamoto, Kenta (författare): Uppsala universitet,Molekylär biofysik

van der Schot, Gijs (författare): Uppsala universitet,Molekylär biofysik

Andreasson, Jakob, 1975 (författare): Uppsala universitet,Molekylär biofysik

Barty, Anton (författare): Deutsches Elektronen-Synchrotron (DESY),DESY, Ctr Free Electron Laser Sci, Notkestr 85, D-22607 Hamburg, Germany.

Bielecki, Johan (författare): Uppsala universitet,Molekylär biofysik

Bruza, Petr (författare): Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology,Chalmers Univ Technol, Dept Phys, Condensed Matter Phys, Gothenburg, Sweden.

Bucher, Max (författare): Argonne National Laboratory,Technische Universität Berlin,Stanford University,SLAC Natl Accelerator Lab, Linac Coherent Light Source, Stanford, CA 94309 USA.;Tech Univ Berlin, Inst Opt & Atomare Phys, Hardenbergstr 36, D-10623 Berlin, Germany.;Argonne Natl Lab, Chem Sci & Engn Div, 9700 South Cass Ave, Lemont, IL 60439 USA.

Carron, Sebastian (författare): Stanford University,SLAC Natl Accelerator Lab, Linac Coherent Light Source, Stanford, CA 94309 USA.

Daurer, Benedikt J. (författare): Uppsala universitet,Molekylär biofysik

Ferguson, Ken (författare): Stanford University,SLAC Natl Accelerator Lab, Linac Coherent Light Source, Stanford, CA 94309 USA.;PULSE Inst, 2575 Sand Hill Rd, Menlo Pk, CA 94025 USA.;SLAC Natl Accelerator Lab, 2575 Sand Hill Rd, Menlo Pk, CA 94025 USA.

Hasse, Dirk (författare): Uppsala universitet,Molekylär biofysik

Krzywinski, Jacek (författare): Stanford University,SLAC Natl Accelerator Lab, Linac Coherent Light Source, Stanford, CA 94309 USA.

Larsson, Daniel S. D. (författare): Uppsala universitet,Molekylär biofysik

Morgan, Andrew (författare): Deutsches Elektronen-Synchrotron (DESY),DESY, Ctr Free Electron Laser Sci, Notkestr 85, D-22607 Hamburg, Germany.

Mühlig, Kerstin (författare): Uppsala universitet,Molekylär biofysik

Mueller, Maria (författare): Technische Universität Berlin,Tech Univ Berlin, Inst Opt & Atomare Phys, Hardenbergstr 36, D-10623 Berlin, Germany.

Nettelblad, Carl (författare): Uppsala universitet,Molekylär biofysik,Science for Life Laboratory, SciLifeLab

Pietrini, Alberto (författare): Uppsala universitet,Molekylär biofysik

Reddy, Hemanth K. N. (författare): Uppsala universitet,Molekylär biofysik

Rupp, Daniela (författare): Technische Universität Berlin,Tech Univ Berlin, Inst Opt & Atomare Phys, Hardenbergstr 36, D-10623 Berlin, Germany.

Sauppe, Mario (författare): Technische Universität Berlin,Tech Univ Berlin, Inst Opt & Atomare Phys, Hardenbergstr 36, D-10623 Berlin, Germany.

Seibert, Marvin (författare): Uppsala universitet,Molekylär biofysik

Svenda, Martin (författare): Uppsala universitet,Molekylär biofysik

Swiggers, Michelle (författare): Stanford University,SLAC Natl Accelerator Lab, Linac Coherent Light Source, Stanford, CA 94309 USA.

Timneanu, Nicusor (författare): Uppsala universitet,Molekylär biofysik,Molekyl- och kondenserade materiens fysik

Ulmer, Anatoli (författare): Technische Universität Berlin,Tech Univ Berlin, Inst Opt & Atomare Phys, Hardenbergstr 36, D-10623 Berlin, Germany.

Westphal, Daniel (författare): Uppsala universitet,Molekylär biofysik

Williams, Garth (författare): Brookhaven National Laboratory,Stanford University,SLAC Natl Accelerator Lab, Linac Coherent Light Source, Stanford, CA 94309 USA.;Brookhaven Natl Lab, NSLS 2, POB 5000, Upton, NY 11973 USA.

Zani, Alessandro (författare): Uppsala universitet,Molekylär biofysik

Faigel, Gyula (författare): Magyar Tudomanyos Akademia,Hungarian Academy of Sciences,Res Inst Solid State Phys & Opt, H-1525 Budapest, Hungary.

Chapman, Henry N. (författare): Deutsches Elektronen-Synchrotron (DESY),DESY, Ctr Free Electron Laser Sci, Notkestr 85, D-22607 Hamburg, Germany.

Moeller, Thomas (författare): Technische Universität Berlin,Tech Univ Berlin, Inst Opt & Atomare Phys, Hardenbergstr 36, D-10623 Berlin, Germany.

Bostedt, Christoph (författare): Northwestern University,Stanford University,Argonne National Laboratory,SLAC Natl Accelerator Lab, Linac Coherent Light Source, Stanford, CA 94309 USA.;Argonne Natl Lab, Chem Sci & Engn Div, 9700 South Cass Ave, Lemont, IL 60439 USA.;PULSE Inst, 2575 Sand Hill Rd, Menlo Pk, CA 94025 USA.;SLAC Natl Accelerator Lab, 2575 Sand Hill Rd, Menlo Pk, CA 94025 USA.;Northwestern Univ, Dept Phys, 2145 Sheridan Rd, Evanston, IL 60208 USA.

Hajdu, Janos (författare): Uppsala universitet,Molekylär biofysik

Gorkhover, Tais (författare): Stanford University,Technische Universität Berlin,Tech Univ Berlin, Inst Opt & Atomare Phys, Hardenbergstr 36, D-10623 Berlin, Germany.;PULSE Inst, 2575 Sand Hill Rd, Menlo Pk, CA 94025 USA.;SLAC Natl Accelerator Lab, 2575 Sand Hill Rd, Menlo Pk, CA 94025 USA.

Maia, Filipe R. N. C. (författare): Lawrence Berkeley National Laboratory,Uppsala universitet,Uppsala University

visa färre...

(creator_code:org_t)

International Union of Crystallography, 2018
2018
Engelska.
Ingår i: IUCrJ. - : International Union of Crystallography. - 2052-2525. ; 5, s. 531-541

Relaterad länk:: https://research.cha... (primary) (free); visa fler...; https://doi.org/10.1...; https://research.cha...; https://doi.org/10.1...; https://urn.kb.se/re...; https://urn.kb.se/re...; visa färre...

Tidskriftsartikel (refereegranskat)

Abstract Ämnesord

Stäng

Diffraction before destruction using X-ray free-electron lasers (XFELs) has the potential to determine radiation-damage-free structures without the need for crystallization. This article presents the three-dimensional reconstruction of the Melbournevirus from single-particle X-ray diffraction patterns collected at the LINAC Coherent Light Source (LCLS) as well as reconstructions from simulated data exploring the consequences of different kinds of experimental sources of noise. The reconstruction from experimental data suffers from a strong artifact in the center of the particle. This could be reproduced with simulated data by adding experimental background to the diffraction patterns. In those simulations, the relative density of the artifact increases linearly with background strength. This suggests that the artifact originates from the Fourier transform of the relatively flat background, concentrating all power in a central feature of limited extent. We support these findings by significantly reducing the artifact through background removal before the phase-retrieval step. Large amounts of blurring in the diffraction patterns were also found to introduce diffuse artifacts, which could easily be mistaken as biologically relevant features. Other sources of noise such as sample heterogeneity and variation of pulse energy did not significantly degrade the quality of the reconstructions. Larger data volumes, made possible by the recent inauguration of high repetition-rate XFELs, allow for increased signal-to-background ratio and provide a way to minimize these artifacts. The anticipated development of three-dimensional Fourier-volume-assembly algorithms which are background aware is an alternative and complementary solution, which maximizes the use of data.

Ämnesord

NATURVETENSKAP -- Fysik -- Acceleratorfysik och instrumentering (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES -- Physical Sciences -- Accelerator Physics and Instrumentation (hsv//eng)
NATURVETENSKAP -- Fysik -- Atom- och molekylfysik och optik (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES -- Physical Sciences -- Atom and Molecular Physics and Optics (hsv//eng)
NATURVETENSKAP -- Fysik -- Annan fysik (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES -- Physical Sciences -- Other Physics Topics (hsv//eng)
NATURVETENSKAP -- Fysik (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES -- Physical Sciences (hsv//eng)
NATURVETENSKAP -- Biologi -- Biofysik (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Biophysics (hsv//eng)

Nyckelord

Melbournevirus
image reconstruction
coherent diffractive imaging
LCLS
XFELs

Publikations- och innehållstyp

art (ämneskategori)
ref (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

IUCrJ (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Om ämnet

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Fysik; och Acceleratorfysik ...

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Fysik; och Atom och molekyl ...

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Fysik; och Annan fysik

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Fysik

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Biofysik

Artiklar i publikationen: IUCrJ

Av lärosätet: Chalmers tekniska högskola; Kungliga Tekniska Högskolan; Uppsala universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se