SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

L773:1465 6906 OR L773:1474 760X OR L773:1474 7596
 

Sökning: L773:1465 6906 OR L773:1474 760X OR L773:1474 7596 > (2020-2024) > aMeta :

aMeta : an accurate and memory-efficient ancient metagenomic profiling workflow

Pochon, Zoé (författare)
Stockholm University,Stockholms universitet,Institutionen för arkeologi och antikens kultur,Centre for Palaeogenetics, Sweden,Ctr Palaeogenet, Stockholm, Sweden.;Stockholm Univ, Dept Archaeol & Class Studies, Stockholm, Sweden.
Bergfeldt, Nora (författare)
Stockholm University,Swedish Museum of Natural History,Stockholms universitet,Zoologiska institutionen,Centre for Palaeogenetics, Sweden; Swedish Museum of Natural History, Sweden,Ctr Palaeogenet, Stockholm, Sweden.;Stockholm Univ, Dept Zool, Stockholm, Sweden.;Swedish Museum Nat Hist, Dept Bioinformat & Genet, Stockholm, Sweden.
Kirdök, Emrah (författare)
Mersin Univ, Fac Sci, Dept Biotechnol, Mersin, Turkey.,Mersin University
visa fler...
Vicente, Mário (författare)
Stockholm University,Stockholms universitet,Institutionen för arkeologi och antikens kultur,Centre for Palaeogenetics, Sweden,Ctr Palaeogenet, Stockholm, Sweden.;Stockholm Univ, Dept Archaeol & Class Studies, Stockholm, Sweden.
Naidoo, Thijessen (författare)
Stockholm University,Uppsala universitet,Stockholms universitet,Institutionen för arkeologi och antikens kultur,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),Centre for Palaeogenetics, Sweden,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Ctr Palaeogenet, Stockholm, Sweden.;Stockholm Univ, Dept Archaeol & Class Studies, Stockholm, Sweden.;Sci Life Lab, Ancient DNA Unit, Stockholm, Sweden.
van der Valk, Tom (författare)
Naturhistoriska riksmuseet,Swedish Museum of Natural History,Enheten för bioinformatik och genetik
Altınışık, N. Ezgi (författare)
Hacettepe Univ, Dept Anthropol, Human G Lab, TR-06800 Beytepe, Ankara, Turkey.,Hacettepe University
Krzewińska, Maja, 1978- (författare)
Stockholm University,Stockholms universitet,Institutionen för arkeologi och antikens kultur,Centre for Palaeogenetics, Sweden,Ctr Palaeogenet, Stockholm, Sweden.;Stockholm Univ, Dept Archaeol & Class Studies, Stockholm, Sweden.
Dalén, Love, 1980- (författare)
Stockholm University,Stockholms universitet,Zoologiska institutionen,Centre for Palaeogenetics, Sweden,Ctr Palaeogenet, Stockholm, Sweden.;Stockholm Univ, Dept Zool, Stockholm, Sweden.
Götherström, Anders, 1969- (författare)
Stockholm University,Stockholms universitet,Institutionen för arkeologi och antikens kultur,Centre for Palaeogenetics, Sweden,Ctr Palaeogenet, Sweden; Stockholm Univ, Sweden
Mirabello, Claudio (författare)
Linköping University,Linköpings universitet,Bioinformatik,Tekniska fakulteten
Unneberg, Per (författare)
Uppsala University,Uppsala universitet,Molekylär evolution,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,National Bioinformatics Infrastructure Sweden,Uppsala Univ, Sweden
Oskolkov, Nikolay (författare)
Lund University,Lunds universitet,Molekylär cellbiologi,Biologiska institutionen,Naturvetenskapliga fakulteten,Bioinformatik,Forskargrupper vid Lunds universitet,LTH profilområde: Teknik för hälsa,LTH profilområden,Lunds Tekniska Högskola,Molecular Cell Biology,Department of Biology,Faculty of Science,Bioinformatics,Lund University Research Groups,LTH Profile Area: Engineering Health,LTH Profile areas,Faculty of Engineering, LTH
visa färre...
 (creator_code:org_t)
BioMed Central (BMC), 2023
2023
Engelska.
Ingår i: Genome Biology. - : BioMed Central (BMC). - 1465-6906 .- 1474-760X. ; 24
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • Analysis of microbial data from archaeological samples is a growing field with great potential for understanding ancient environments, lifestyles, and diseases. However, high error rates have been a challenge in ancient metagenomics, and the availability of computational frameworks that meet the demands of the field is limited. Here, we propose aMeta, an accurate metagenomic profiling workflow for ancient DNA designed to minimize the amount of false discoveries and computer memory requirements. Using simulated data, we benchmark aMeta against a current state-of-the-art workflow and demonstrate its superiority in microbial detection and authentication, as well as substantially lower usage of computer memory.

Ämnesord

NATURVETENSKAP  -- Biologi -- Mikrobiologi (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences -- Microbiology (hsv//eng)
NATURVETENSKAP  -- Data- och informationsvetenskap -- Bioinformatik (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Computer and Information Sciences -- Bioinformatics (hsv//eng)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Farmakologi och toxikologi (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Basic Medicine -- Pharmacology and Toxicology (hsv//eng)
NATURVETENSKAP  -- Biologi -- Bioinformatik och systembiologi (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences -- Bioinformatics and Systems Biology (hsv//eng)

Nyckelord

Ancient metagenomics
Pathogen detection
Microbiome profiling
Ancient DNA
Ancient DNA
Ancient metagenomics
Microbiome profiling
Pathogen detection

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy