Global networks of functional coupling in eukaryotes from comprehensive data integration

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:su-35178" > Global networks of ...

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Alexeyenko, AndreyStockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik (författare)

Global networks of functional coupling in eukaryotes from comprehensive data integration

Artikel/kapitelEngelska2009

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2009-02-25
Cold Spring Harbor Laboratory,2009
printrdacarrier

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:su-35178
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:su:diva-35178URI
https://doi.org/10.1101/gr.087528.108DOI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

No single experimental method can discover all connections in the interactome. A computational approach can help by integrating data from multiple, often unrelated, proteomics and genomics pipelines. Reconstructing global networks of functional coupling (FC) faces the challenges of scale and heterogeneity--how to efficiently integrate huge amounts of diverse data from multiple organisms, yet ensuring high accuracy. We developed FunCoup, an optimized Bayesian framework, to resolve these issues. Because interactomes comprise functional coupling of many types, FunCoup annotates network edges with confidence scores in support of different kinds of interactions: physical interaction, protein complex member, metabolic, or signaling link. This capability boosted overall accuracy. On the whole, the constructed framework was comprehensively tested to optimize the overall confidence and ensure seamless, automated incorporation of new data sets of heterogeneous types. Using over 50 data sets in seven organisms and extensively transferring information between orthologs, FunCoup predicted global networks in eight eukaryotes. For the Ciona intestinalis network, only orthologous information was used, and it recovered a significant number of experimental facts. FunCoup predictions were validated on independent cancer mutation data. We show how FunCoup can be used for discovering candidate members of the Parkinson and Alzheimer pathways. Cross-species pathway conservation analysis provided further support to these observations.

Ämnesord och genrebeteckningar

NATURAL SCIENCES
NATURVETENSKAP
Biophysics
biofysik
Biochemistry
biokemi

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Sonnhammer, Erik L LStockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik(Swepub:su)esonn (författare)
Stockholms universitetInstitutionen för biokemi och biofysik (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:Genome Research: Cold Spring Harbor Laboratory19:6, s. 1107-161088-90511549-5469

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Genome Research (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Alexeyenko, Andr ...; Sonnhammer, Erik ...

Artiklar i publikationen: Genome Research

Av lärosätet: Stockholms universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se