Simulation of the Amide I Absorption of Stacked β-Sheets

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:su-52568" > Simulation of the A...

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Karjalainen, Eeva-LiisaStockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik (författare)

Simulation of the Amide I Absorption of Stacked β-Sheets

Artikel/kapitelEngelska2011

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2010-12-17
American Chemical Society (ACS),2011
printrdacarrier

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:su-52568
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:su:diva-52568URI
https://doi.org/10.1021/jp109918cDOI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

Aggregated β-sheet structures are associated with amyloid and prion diseases. Techniques capable of revealing detailed structural and dynamical information on β-sheet structure are thus of great biomedical and biophysical interest. In this work, the infrared (IR) amide I spectral characteristics of stacked β-sheets were modeled using the transition dipole coupling model. For a test set of β-sheet stacks, the simulated amide I spectrum was analyzed with respect to the following parameters; intersheet distance, relative rotation of the sheets with respect to each other and the effect of number of sheets stacked. The amide I maximum shifts about 5 cm(-1) to higher wavenumbers when the intersheet distance between two identical β-sheets decreases from 20 to 5 Å. Rotation around the normal of one of the sheets relative to the other results in maximum intersheet coupling near 0° and 180°. Upon of rotation from 0° to 90° at an intersheet distance of 9 Å, the amide I maximum shifts about 3 cm(-1). Tilting of one of the sheets by 30° from the normal results in a shift of the amide I maximum by less than 1 cm(-1). When stacking several β-sheets along the normal, the amide I maximum shifts to higher wavenumbers with increasing stack size. The amide I maximum shifts about 6 cm(-1) when stacking four sheets with an intersheet distance of 9 Å. The study provides an aid in the interpretation of the IR amide I region for experiments involving β-sheets and creates awareness of the many effects that determine the spectrum of β-sheet structures.

Ämnesord och genrebeteckningar

IR amide I
β-sheets
β-sheet structures
Biophysics
biofysik

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Ravi, Harish KumarStockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik (författare)
Barth, AndreasStockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik(Swepub:su)abart (författare)
Stockholms universitetInstitutionen för biokemi och biofysik (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:Journal of Physical Chemistry B: American Chemical Society (ACS)115:4, s. 749-7571520-61061520-5207

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Journal of Physical Chemistry B (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Karjalainen, Eev ...; Ravi, Harish Kum ...; Barth, Andreas

Artiklar i publikationen: Journal of Physi ...

Av lärosätet: Stockholms universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se