Further Confirmation of Germline Glioma Risk Variant rs78378222 in TP53 and Its Implication in Tumor Tissues via Integrative Analysis of TCGA Data

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Tyck till om SwePub Sök här!

Sökning: WFRF:(Carreón Tania) > Further Confirmatio...

Wang, Zhaoming (författare)

Further Confirmation of Germline Glioma Risk Variant rs78378222 in TP53 and Its Implication in Tumor Tissues via Integrative Analysis of TCGA Data

Artikel/kapitelEngelska2015

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2015-05-18
Hindawi Limited,2015
printrdacarrier

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:umu-106312
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:umu:diva-106312URI
https://doi.org/10.1002/humu.22799DOI
http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:131475162URI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

We confirmed strong association of rs78378222:A>C (per allele odds ratio [OR] = 3.14; P = 6.48 x 10(-11)), a germline rare single-nucleotide polymorphism (SNP) in TP53, via imputation of a genome-wide association study of glioma (1,856 cases and 4,955 controls). We subsequently performed integrative analyses on the Cancer Genome Atlas (TCGA) data for GBM (glioblastoma multiforme) and LUAD (lung adenocarcinoma). Based on SNP data, we imputed genotypes for rs78378222 and selected individuals carrying rare risk allele (C). Using RNA sequencing data, we observed aberrant transcripts with approximate to 3 kb longer than normal for those individuals. Using exome sequencing data, we further showed that loss of haplotype carrying common protective allele (A) occurred somatically in GBM but not in LUAD. Our bioinformatic analysis suggests rare risk allele (C) disrupts mRNA termination, and an allelic loss of a genomic region harboring common protective allele (A) occurs during tumor initiation or progression for glioma.

Ämnesord och genrebeteckningar

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP Klinisk medicin Cancer och onkologi hsv//swe
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES Clinical Medicine Cancer and Oncology hsv//eng
glioma
TP53
rare SNP
TCGA

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Rajaraman, Preetha (författare)
Melin, Beatrice S.Umeå universitet,Onkologi(Swepub:umu)bema0010 (författare)
Chung, Charles C. (författare)
Zhang, Weijia (författare)
McKean-Cowdin, Roberta (författare)
Michaud, Dominique (författare)
Yeager, Meredith (författare)
Ahlbom, AndersKarolinska Institutet (författare)
Albanes, Demetrius (författare)
Andersson, UlrikaUmeå universitet,Onkologi(Swepub:umu)ulan0002 (författare)
Freeman, Laura E. Beane (författare)
Buring, Julie E. (författare)
Butler, Mary Ann (författare)
Carreon, Tania (författare)
Feychting, MariaKarolinska Institutet (författare)
Gapstur, Susan M. (författare)
Gaziano, J. Michael (författare)
Giles, Graham G. (författare)
Hallmans, GöranUmeå universitet,Enheten för biobanksforskning,Näringsforskning(Swepub:umu)goha0001 (författare)
Henriksson, RogerUmeå universitet,Onkologi(Swepub:umu)rohe0003 (författare)
Hoffman-Bolton, Judith (författare)
Inskip, Peter D. (författare)
Kitahara, Cari M. (författare)
Marchand, Loic Le (författare)
Linet, Martha S. (författare)
Li, Shengchao (författare)
Peters, Ulrike (författare)
Purdue, Mark P. (författare)
Rothman, Nathaniel (författare)
Ruder, Avima M. (författare)
Sesso, Howard D. (författare)
Severi, Gianluca (författare)
Stampfer, Meir (författare)
Stevens, Victoria L. (författare)
Visvanathan, Kala (författare)
Wang, Sophia S. (författare)
White, Emily (författare)
Zeleniuch-Jacquotte, Anne (författare)
Hoover, Robert (författare)
Fraumeni, Joseph F. (författare)
Chatterjee, Nilanjan (författare)
Hartge, Patricia (författare)
Chanock, Stephen J. (författare)
Umeå universitetOnkologi (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:Human Mutation: Hindawi Limited36:7, s. 684-6881059-77941098-1004

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Human Mutation (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Wang, Zhaoming; Rajaraman, Preet ...; Melin, Beatrice ...; Chung, Charles C ...; Zhang, Weijia; McKean-Cowdin, R ...; visa fler...; Michaud, Dominiq ...; Yeager, Meredith; Ahlbom, Anders; Albanes, Demetri ...; Andersson, Ulrik ...; Freeman, Laura E ...; Buring, Julie E.; Butler, Mary Ann; Carreon, Tania; Feychting, Maria; Gapstur, Susan M ...; Gaziano, J. Mich ...; Giles, Graham G.; Hallmans, Göran; Henriksson, Roge ...; Hoffman-Bolton, ...; Inskip, Peter D.; Kitahara, Cari M ...; Marchand, Loic L ...; Linet, Martha S.; Li, Shengchao; Peters, Ulrike; Purdue, Mark P.; Rothman, Nathani ...; Ruder, Avima M.; Sesso, Howard D.; Severi, Gianluca; Stampfer, Meir; Stevens, Victori ...; Visvanathan, Kal ...; Wang, Sophia S.; White, Emily; Zeleniuch-Jacquo ...; Hoover, Robert; Fraumeni, Joseph ...; Chatterjee, Nila ...; Hartge, Patricia; Chanock, Stephen ...; visa färre...

Om ämnet

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Klinisk medicin; och Cancer och onkol ...

Artiklar i publikationen: Human Mutation

Av lärosätet: Umeå universitet; Karolinska Institutet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se