SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Nyström Stina)
 

Sökning: WFRF:(Nyström Stina) > ProViz :

  • Svensson, LennartUppsala universitet,Bildanalys och människa-datorinteraktion,Avdelningen för visuell information och interaktion (författare)

ProViz : a tool for explorative 3-D visualization and template matching in electron tomograms

  • Artikel/kapitelEngelska2017

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2016-05-13
  • Taylor & Francis,2017
  • printrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:umu-134331
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:umu:diva-134331URI
  • https://doi.org/10.1080/21681163.2016.1154483DOI
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-359635URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • Special Issue: Special issue on biomechanical and parametric modelling of human anatomy (PMHA-2014)
  • Visual understanding is a key aspect when studying electron tomography data-sets, aside quantitative assessments such as registration of high-resolution structures. We here present the free software tool ProViz (Protein Visualization) for visualisation and template matching in electron tomograms of biological samples. The ProViz software contains methods and tools which we have developed, adapted and computationally optimised for easy and intuitive visualisation and analysis of electron tomograms with low signal-to-noise ratio. ProViz complements existing software in the application field and serves as an easy and convenient tool for a first assessment and screening of the tomograms. It provides enhancements in three areas: (1) improved visualisation that makes connections as well as intensity differences between and within objects or structures easier to see and interpret, (2) interactive transfer function editing with direct visual result feedback using both piecewise linear functions and Gaussian function elements, (3) computationally optimised template matching and tools to visually assess and interactively explore the correlation results. The visualisation capabilities and features of ProViz are demonstrated on various biological volume data-sets: bacterial filament structures in vitro, a desmosome and the transmembrane cadherin connections therein in situ, and liposomes filled with doxorubicin in solution. The explorative template matching is demonstrated on a synthetic IgG data-set.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Svensson, StinaRaySearch Labs, Stockholm, Sweden (författare)
  • Nyström, Ingela,1967-Uppsala universitet,Bildanalys och människa-datorinteraktion,Avdelningen för visuell information och interaktion(Swepub:uu)ingenyst (författare)
  • Nysjö, Fredrik,1985-Uppsala universitet,Avdelningen för visuell information och interaktion,Bildanalys och människa-datorinteraktion(Swepub:uu)freny907 (författare)
  • Laloeuf, AurelieKarolinska Inst, Dept Cell & Mol Biol, Stockholm, Sweden (författare)
  • den Hollander, LianneKarolinska Inst, Dept Cell & Mol Biol, Stockholm, Sweden (författare)
  • Brun, Anders,1976-Uppsala universitet,Bildanalys och människa-datorinteraktion,Avdelningen för visuell information och interaktion(Swepub:uu)andbr544 (författare)
  • Masich, SergejKarolinska Inst, Dept Cell & Mol Biol, Stockholm, Sweden (författare)
  • Sandblad, LindaUmeå universitet,Institutionen för molekylärbiologi (Medicinska fakulteten),Umea Univ, Dept Mol Biol, Umea, Sweden(Swepub:umu)lisa0088 (författare)
  • Sani, MusaVironova AB, Stockholm, Sweden (författare)
  • Sintorn, Ida-MariaUppsala universitet,Bildanalys och människa-datorinteraktion,Avdelningen för visuell information och interaktion,Vironova AB, Stockholm, Sweden(Swepub:uu)idsin102 (författare)
  • Nysjö, Johan,1985-Uppsala universitet,Bildanalys och människa-datorinteraktion,Avdelningen för visuell information och interaktion(Swepub:uu)johny714 (författare)
  • Uppsala universitetBildanalys och människa-datorinteraktion (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Computer Methods in Biomechanics and Biomedical Engineering: Imaging & Visualization: Taylor & Francis5:6, s. 446-4542168-11632168-1171

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy