Quantification of run order effect on chromatography: mass spectrometry profiling data

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: WFRF:(Normark Johan) > (2015-2019) > Quantification of r...

Surowiec, IzabellaUmeå universitet,Kemiska institutionen (författare)

Quantification of run order effect on chromatography : mass spectrometry profiling data

Artikel/kapitelEngelska2018

Förlag, utgivningsår, omfång ...

Elsevier BV,2018
printrdacarrier

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:umu-150428
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:umu:diva-150428URI
https://doi.org/10.1016/j.chroma.2018.07.019DOI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

Chromatographic systems coupled with mass spectrometry detection are widely used in biological studies investigating how levels of biomolecules respond to different internal and external stimuli. Such changes are normally expected to be of low magnitude and therefore all experimental factors that can influence the analysis need to be understood and minimized. Run order effect is commonly observed and constitutes a major challenge in chromatography-mass spectrometry based profiling studies that needs to be addressed before the biological evaluation of measured data is made. So far there is no established consensus, metric or method that quickly estimates the size of this effect. In this paper we demonstrate how orthogonal projections to latent structures (OPLS®) can be used for objective quantification of the run order effect in profiling studies. The quantification metric is expressed as the amount of variation in the experimental data that is correlated to the run order. One of the primary advantages with this approach is that it provides a fast way of quantifying run-order effect for all detected features, not only internal standards. Results obtained from quantification of run order effect as provided by the OPLS can be used in the evaluation of data normalization, support the optimization of analytical protocols and identification of compounds highly influenced by instrumental drift. The application of OPLS for quantification of run order is demonstrated on experimental data from plasma profiling performed on three analytical platforms: GCMS metabolomics, LCMS metabolomics and LCMS lipidomics.

Ämnesord och genrebeteckningar

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP Klinisk medicin Reumatologi och inflammation hsv//swe
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES Clinical Medicine Rheumatology and Autoimmunity hsv//eng
Run order effect quantification
Mass spectrometry profiling
OPLS
Instrumental drift

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Johansson, Erik (författare)
Stenlund, HansSwedish Metabolomics Centre, Umeå, Sweden(Swepub:umu)hasstd97 (författare)
Rantapää-Dahlqvist, SolbrittUmeå universitet,Reumatologi(Swepub:umu)sora0001 (författare)
Bergström, Sven,1973-Umeå universitet,Institutionen för molekylärbiologi (Medicinska fakulteten),Institutionen för klinisk mikrobiologi(Swepub:umu)svbe0001 (författare)
Normark, JohanUmeå universitet,Institutionen för molekylärbiologi (Medicinska fakulteten),Institutionen för klinisk mikrobiologi,Johan Normark(Swepub:umu)jono0053 (författare)
Trygg, JohanUmeå universitet,Kemiska institutionen,Sartorius Stedim Data Analytics, Umeå, Sweden(Swepub:umu)jotr0001 (författare)
Umeå universitetKemiska institutionen (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:Journal of Chromatography A: Elsevier BV1568, s. 229-2340021-96731873-3778

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Journal of Chromatography A (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Surowiec, Izabel ...; Johansson, Erik; Stenlund, Hans; Rantapää-Dahlqvi ...; Bergström, Sven, ...; Normark, Johan; visa fler...; Trygg, Johan; visa färre...

Om ämnet

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Klinisk medicin; och Reumatologi och ...

Artiklar i publikationen: Journal of Chrom ...

Av lärosätet: Umeå universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se