The guanosine tetraphosphate (ppGpp) alarmone, DksA and promoter affinity for RNA polymerase in regulation of σ54-dependent transcription

Bernardo, Lisandro M DUmeå universitet,Institutionen för molekylärbiologi (Teknisk-naturvetenskaplig fakultet),Shingler (författare)

The RNA polymerase-binding protein DksA is a cofactor required for guanosine tetraphosphate (ppGpp)-responsive control of transcription from sigma70 promoters. Here we present evidence: (i) that both DksA and ppGpp are required for in vivo sigma54 transcription even though they do not have any major direct effects on sigma54 transcription in reconstituted in vitro transcription and sigma-factor competition assays, (ii) that previously defined mutations rendering the housekeeping sigma70 less effective at competing with sigma54 for limiting amounts of core RNA polymerase similarly suppress the requirement for DksA and ppGpp in vivo and (iii) that the extent to which ppGpp and DksA affect transcription from sigma54 promoters in vivo reflects the innate affinity of the promoters for sigma54-RNA polymerase holoenzyme in vitro. Based on these findings, we propose a passive model for ppGpp/DksA regulation of sigma54-dependent transcription that depends on the potent negative effects of these regulatory molecules on transcription from powerful stringently regulated sigma70 promoters.

Johansson, Linda U MUmeå universitet,Institutionen för molekylärbiologi (Teknisk-naturvetenskaplig fakultet),Shingler (författare)
Solera, DafneUmeå universitet,Institutionen för molekylärbiologi (Teknisk-naturvetenskaplig fakultet),Shingler (författare)
Skärfstad, EleonoreUmeå universitet,Institutionen för molekylärbiologi (Teknisk-naturvetenskaplig fakultet),Shingler(Swepub:umu)elsk0001 (författare)
Shingler, VictoriaUmeå universitet,Institutionen för molekylärbiologi (Teknisk-naturvetenskaplig fakultet),Shingler(Swepub:umu)vish0001 (författare)
Umeå universitetInstitutionen för molekylärbiologi (Teknisk-naturvetenskaplig fakultet) (creator_code:org_t)

Av författaren/redakt...: Bernardo, Lisand ...; Johansson, Linda ...; Solera, Dafne; Skärfstad, Eleon ...; Shingler, Victor ...

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.