Genetic interaction analysis among oncogenesis-related genes revealed novel genes and networks in lung cancer development

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: WFRF:(Zienolddiny S) > (2019) > Genetic interaction...

Li, YafangBaylor College of Medicine (författare)

Genetic interaction analysis among oncogenesis-related genes revealed novel genes and networks in lung cancer development

Artikel/kapitelEngelska2019

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2019-03-05
Impact Journals, LLC,2019
electronicrdacarrier

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:umu-170950
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:umu:diva-170950URI
https://doi.org/10.18632/oncotarget.26678DOI
https://lup.lub.lu.se/record/05595499-b514-4827-a203-33df74691d7cURI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

The development of cancer is driven by the accumulation of many oncogenesis-related genetic alterations and tumorigenesis is triggered by complex networks of involved genes rather than independent actions. To explore the epistasis existing among oncogenesis-related genes in lung cancer development, we conducted pairwise genetic interaction analyses among 35,031 SNPs from 2027 oncogenesis-related genes. The genotypes from three independent genome-wide association studies including a total of 24,037 lung cancer patients and 20,401 healthy controls with Caucasian ancestry were analyzed in the study. Using a two-stage study design including discovery and replication studies, and stringent Bonferroni correction for multiple statistical analysis, we identified significant genetic interactions between SNPs in RGL1:RAD51B (OR=0.44, p value=3.27x10-11 in overall lung cancer and OR=0.41, p value=9.71x10-11 in non-small cell lung cancer), SYNE1:RNF43 (OR=0.73, p value=1.01x10-12 in adenocarcinoma) and FHIT:TSPAN8 (OR=1.82, p value=7.62x10-11 in squamous cell carcinoma) in our analysis. None of these genes have been identified from previous main effect association studies in lung cancer. Further eQTL gene expression analysis in lung tissues provided information supporting the functional role of the identified epistasis in lung tumorigenesis. Gene set enrichment analysis revealed potential pathways and gene networks underlying molecular mechanisms in overall lung cancer as well as histology subtypes development. Our results provide evidence that genetic interactions between oncogenesis-related genes play an important role in lung tumorigenesis and epistasis analysis, combined with functional annotation, provides a valuable tool for uncovering functional novel susceptibility genes that contribute to lung cancer development by interacting with other modifier genes.

Ämnesord och genrebeteckningar

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper Medicinsk genetik hsv//swe
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES Basic Medicine Medical Genetics hsv//eng
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP Klinisk medicin Cancer och onkologi hsv//swe
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES Clinical Medicine Cancer and Oncology hsv//eng
epistasis
functional annotation
lung cancer
oncogenesis
Epistasis
Functional annotation
Lung cancer
Oncogenesis

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Xiao, Xiangjun (författare)
Bossé, Yohan (författare)
Gorlova, Olga (författare)
Gorlov, Ivan (författare)
Han, Younghun (författare)
Byun, Jinyoung (författare)
Leighl, Natasha (författare)
Johansen, Jakob S. (författare)
Barnett, Matt (författare)
Chen, Chu (författare)
Goodman, Gary (författare)
Cox, Angela (författare)
Taylor, Fiona (författare)
Woll, Penella (författare)
Wichmann, H. Erich (författare)
Manz, Judith (författare)
Muley, Thomas (författare)
Risch, Angela (författare)
Rosenberger, Albert (författare)
Han, Jiali (författare)
Siminovitch, Katherine (författare)
Arnold, Susanne M. (författare)
Haura, Eric B. (författare)
Bolca, Ciprian (författare)
Holcatova, Ivana (författare)
Janout, Vladimir (författare)
Kontic, Milica (författare)
Lissowska, Jolanta (författare)
Mukeria, Anush (författare)
Ognjanovic, Simona (författare)
Orlowski, Tadeusz M. (författare)
Scelo, Ghislaine (författare)
Swiatkowska, Beata (författare)
Zaridze, David (författare)
Bakke, Per (författare)
Skaug, Vidar (författare)
Zienolddiny, Shanbeh (författare)
Duell, Eric J. (författare)
Butler, Lesley M. (författare)
Houlston, Richard (författare)
Artigas, María Soler (författare)
Grankvist, KjellUmeå universitet,Klinisk kemi(Swepub:umu)kjgr0002 (författare)
Johansson, MikaelUmeå universitet,Onkologi(Swepub:umu)mijo0025 (författare)
Shepherd, Frances A. (författare)
Marcus, Michael W. (författare)
Brunnström, HansLund University,Lunds universitet,Tumörmikromiljö,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Förbättrad diagnostik och prognostik vid lungcancer och metastaser till lunga,Forskargrupper vid Lunds universitet,Tumor microenvironment,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine,Improved diagnostics and prognostics of lung cancer and metastases to the lungs,Lund University Research Groups(Swepub:lu)med-hsb (författare)
Manjer, JonasLund University,Lunds universitet,Kirurgi,Forskargrupper vid Lunds universitet,Surgery,Lund University Research Groups(Swepub:lu)smi-jma (författare)
Melander, OlleLund University,Lunds universitet,Kardiovaskulär forskning - hypertoni,Forskargrupper vid Lunds universitet,Cardiovascular Research - Hypertension,Lund University Research Groups(Swepub:lu)endo-ome (författare)
Muller, David C. (författare)
Overvad, Kim (författare)
Trichopoulou, Antonia (författare)
Tumino, Rosario (författare)
Liu, Geoffrey (författare)
Bojesen, Stig E. (författare)
Wu, Xifeng (författare)
Le Marchand, Loic (författare)
Albanes, Demetrios (författare)
Bickeböller, Heike (författare)
Aldrich, Melinda C. (författare)
Bush, William S. (författare)
Tardon, Adonina (författare)
Rennert, Gad (författare)
Teare, M. Dawn (författare)
Field, John K. (författare)
Kiemeney, Lambertus A. (författare)
Lazarus, Philip (författare)
Haugen, Aage (författare)
Lam, Stephen (författare)
Schabath, Matthew B. (författare)
Andrew, Angeline S. (författare)
Bertazzi, Pier Alberto (författare)
Pesatori, Angela C. (författare)
Christiani, David C. (författare)
Caporaso, Neil (författare)
Johansson, Mattias (författare)
McKay, James D. (författare)
Brennan, Paul (författare)
Hung, Rayjean J. (författare)
Amos, Christopher I.Dartmouth College (författare)
Baylor College of MedicineKlinisk kemi (creator_code:org_t)
et al.

Sammanhörande titlar

Ingår i:Oncotarget: Impact Journals, LLC10:19, s. 1760-17741949-2553

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Oncotarget (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Li, Yafang; Xiao, Xiangjun; Bossé, Yohan; Gorlova, Olga; Gorlov, Ivan; Han, Younghun; visa fler...; Byun, Jinyoung; Leighl, Natasha; Johansen, Jakob ...; Barnett, Matt; Chen, Chu; Goodman, Gary; Cox, Angela; Taylor, Fiona; Woll, Penella; Wichmann, H. Eri ...; Manz, Judith; Muley, Thomas; Risch, Angela; Rosenberger, Alb ...; Han, Jiali; Siminovitch, Kat ...; Arnold, Susanne ...; Haura, Eric B.; Bolca, Ciprian; Holcatova, Ivana; Janout, Vladimir; Kontic, Milica; Lissowska, Jolan ...; Mukeria, Anush; Ognjanovic, Simo ...; Orlowski, Tadeus ...; Scelo, Ghislaine; Swiatkowska, Bea ...; Zaridze, David; Bakke, Per; Skaug, Vidar; Zienolddiny, Sha ...; Duell, Eric J.; Butler, Lesley M ...; Houlston, Richar ...; Artigas, María S ...; Grankvist, Kjell; Johansson, Mikae ...; Shepherd, France ...; Marcus, Michael ...; Brunnström, Hans; Manjer, Jonas; Melander, Olle; Muller, David C.; Overvad, Kim; Trichopoulou, An ...; Tumino, Rosario; Liu, Geoffrey; Bojesen, Stig E.; Wu, Xifeng; Le Marchand, Loi ...; Albanes, Demetri ...; Bickeböller, Hei ...; Aldrich, Melinda ...; Bush, William S.; Tardon, Adonina; Rennert, Gad; Teare, M. Dawn; Field, John K.; Kiemeney, Lamber ...; Lazarus, Philip; Haugen, Aage; Lam, Stephen; Schabath, Matthe ...; Andrew, Angeline ...; Bertazzi, Pier A ...; Pesatori, Angela ...; Christiani, Davi ...; Caporaso, Neil; Johansson, Matti ...; McKay, James D.; Brennan, Paul; Hung, Rayjean J.; Amos, Christophe ...; visa färre...

Om ämnet

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Medicinska och f ...; och Medicinsk geneti ...

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Klinisk medicin; och Cancer och onkol ...

Artiklar i publikationen: Oncotarget

Av lärosätet: Umeå universitet; Lunds universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se