Hidden patterns that matter: statistical methods for analysis of DNA and RNA data

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:umu-175242" > Hidden patterns tha...

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Kellgren, Therese,1983-Umeå universitet,Institutionen för matematik och matematisk statistik (författare)

Hidden patterns that matter : statistical methods for analysis of DNA and RNA data

BokEngelska2020

Förlag, utgivningsår, omfång ...

Umeå :Umeå universitet, Institutionen för matematik och matematisk statistik,2020
26 s.
electronicrdacarrier

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:umu-175242
ISBN:9789178552405
ISBN:9789178552412
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:umu:diva-175242URI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:vet swepub-contenttype
Ämneskategori:dok swepub-publicationtype

Varianttitlar

Dolda betydelsefulla mönster :statistiska metoder för analys av DNA och RNA data

Serie

Research report in mathematical statistics,1653-0829 ;71/20

Anmärkningar

Understanding how the genetic variations can affect characteristics and function of organisms can help researchers and medical doctors to detect genetic alterations that cause disease and reveal genes that causes antibiotic resistance. The opportunities and progress associated with such data come however with challenges related to statistical analysis. It is only by using properly designed and employed tools, that we can extract the information about hidden patterns. In this thesis we present three types of such analysis. First, the genetic variant in the gene COL17A1 that causes corneal dystrophy with recurrent erosions is reveled. By studying Next-generation sequencing data, the order of the nucleotides in the DNAsequence was be obtained, which enabled us to detect interesting variants in the genome. Further, we present results of an experimental design study with the aim to make the best selection from a family that is affected by an inherited disease. In second part of the work, we analyzed a novel antibiotic resistance Staphylococcus epidermidis clone that is only found in northern Europe. By investigating its genetic data, we revealed similarities to a world known antibiotic resistance clone. As a result, the antibiotic resistance profile is established from the DNA sequences. Finally, we also focus on the challenges related to the abundance of genetic data from different sources. The increasing number of public gene expression datasets gives us opportunity to increase our understanding by using information from multiple sources simultaneously. Naturally, this requires merging independent datasets together. However, when doing so, the technical and biological variation in the joined data increases. We present a pre-processing method to construct gene co-expression networks from a large diverse gene-expression dataset.

Ämnesord och genrebeteckningar

NATURVETENSKAP Matematik Sannolikhetsteori och statistik hsv//swe
NATURAL SCIENCES Mathematics Probability Theory and Statistics hsv//eng
NATURVETENSKAP Biologi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences hsv//eng
Genome
Next-generation sequence
statistics
microarrays
bacteria
antibiotic resistance
inherited diseases
Co-expression networks
centralization within subgroups

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Rydén, Patrik,LektorUmeå universitet,Institutionen för matematik och matematisk statistik(Swepub:umu)pary0001 (preses)
Sjöstedt de Luna, Sara,Professor,1964-Umeå universitet,Institutionen för matematik och matematisk statistik(Swepub:umu)sade0001 (preses)
Jörnsten, Rebecka,ProfessorInstitutionen för Matematiska Vetenskaper, Chalmers tekniska högskola och Göteborgs universitet, Göteborg, Sverige (opponent)
Umeå universitetInstitutionen för matematik och matematisk statistik (creator_code:org_t)

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Hidden patterns that matter statistical methods for analysis of DNA and RNA data... (Sök publikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Kellgren, Theres ...; Rydén, Patrik, L ...; Sjöstedt de Luna ...; Jörnsten, Rebeck ...

Om ämnet

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Matematik; och Sannolikhetsteor ...

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi

Delar i serien: Research report ...

Av lärosätet: Umeå universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se