SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Chen Gary K.)
 

Sökning: WFRF:(Chen Gary K.) > (2020-2024) > Comprehensive funct...

  • Qin, NaNanjing Medical University (författare)

Comprehensive functional annotation of susceptibility variants identifies genetic heterogeneity between lung adenocarcinoma and squamous cell carcinoma

  • Artikel/kapitelEngelska2021

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2020-09-05
  • Springer-Verlag New York,2021
  • printrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:umu-175463
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:umu:diva-175463URI
  • https://doi.org/10.1007/s11684-020-0779-4DOI
  • https://lup.lub.lu.se/record/c7d705a1-e2d8-4451-b44c-038d6c0ddb5bURI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • Although genome-wide association studies have identified more than eighty genetic variants associated with non-small cell lung cancer (NSCLC) risk, biological mechanisms of these variants remain largely unknown. By integrating a large-scale genotype data of 15 581 lung adenocarcinoma (AD) cases, 8350 squamous cell carcinoma (SqCC) cases, and 27 355 controls, as well as multiple transcriptome and epigenomic databases, we conducted histology-specific meta-analyses and functional annotations of both reported and novel susceptibility variants. We identified 3064 credible risk variants for NSCLC, which were overrepresented in enhancer-like and promoter-like histone modification peaks as well as DNase I hypersensitive sites. Transcription factor enrichment analysis revealed that USF1 was AD-specific while CREB1 was SqCC-specific. Functional annotation and gene-based analysis implicated 894 target genes, including 274 specifics for AD and 123 for SqCC, which were overrepresented in somatic driver genes (ER = 1.95,P= 0.005). Pathway enrichment analysis and Gene-Set Enrichment Analysis revealed that AD genes were primarily involved in immune-related pathways, while SqCC genes were homologous recombination deficiency related. Our results illustrate the molecular basis of both well-studied and new susceptibility loci of NSCLC, providing not only novel insights into the genetic heterogeneity between AD and SqCC but also a set of plausible gene targets for post-GWAS functional experiments.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Li, YuanchengNanjing Medical University (författare)
  • Wang, ChengNanjing Medical University (författare)
  • Zhu, MengNanjing Medical University (författare)
  • Dai, JunchengNanjing Medical University (författare)
  • Hong, TongtongNanjing Medical University (författare)
  • Albanes, DemetriusNational Cancer Institute, USA (författare)
  • Lam, StephenBritish Columbia Cancer Agency (författare)
  • Tardon, AdoninaUniversity of Oviedo (författare)
  • Chen, ChuFred Hutchinson Cancer Research Center,Vanderbilt University,Harvard University,Nanjing Medical University (författare)
  • Goodman, GarySwedish Medical Center (författare)
  • Bojesen, Stig E.Copenhagen University Hospital (författare)
  • Landi, Maria TeresaNational Cancer Institute, USA (författare)
  • Johansson, MattiasInternational Agency for Research on Cancer, World Health Organization (författare)
  • Risch, AngelaUniversity of Salzburg (författare)
  • Wichmann, H-ErichWorld Orthopaedic Concern (författare)
  • Bickeboller, HeikeUniversity Medical Center Göttingen (författare)
  • Rennert, GadiTechnion - Israel Institute of Technology (författare)
  • Arnold, SusanneUniversity of Kentucky Medical Center (författare)
  • Brennan, PaulInternational Agency for Research on Cancer, World Health Organization (författare)
  • Field, John K.University of Liverpool (författare)
  • Shete, SanjayUniversity of Texas MD Anderson Cancer Center (författare)
  • Le Marchand, LoicUniversity of Hawaii at Manoa (författare)
  • Melander, OlleLund University,Lunds universitet,Institutionen för kliniska vetenskaper, Malmö,Medicinska fakulteten,Kardiovaskulär forskning - hypertoni,Forskargrupper vid Lunds universitet,Department of Clinical Sciences, Malmö,Faculty of Medicine,Cardiovascular Research - Hypertension,Lund University Research Groups(Swepub:lu)endo-ome (författare)
  • Brunnstrom, HansLund University,Lunds universitet,Förbättrad diagnostik och prognostik vid lungcancer och metastaser till lunga,Forskargrupper vid Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Patologi, Lund,Sektion V,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Improved diagnostics and prognostics of lung cancer and metastases to the lungs,Lund University Research Groups,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Pathology, Lund,Section V,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine(Swepub:lu)med-hsb (författare)
  • Liu, GeoffreyPrincess Margaret Hospital University of Toronto (författare)
  • Hung, Rayjean J.Sinai Health System (författare)
  • Andrew, AngelineDartmouth-Hitchcock Medical Center,Radboud University Nijmegen (författare)
  • Kiemeney, Lambertus A. (författare)
  • Zienolddiny, ShanNational Institute of Occupational Health, Norway (författare)
  • Grankvist, KjellUmeå University,Umeå universitet,Klinisk kemi(Swepub:umu)kjgr0002 (författare)
  • Johansson, MikaelUmeå University,Umeå universitet,Onkologi(Swepub:umu)mijo0025 (författare)
  • Caporaso, NeilNational Cancer Institute, USA (författare)
  • Woll, PenellaUniversity of Sheffield (författare)
  • Lazarus, PhilipWashington State University (författare)
  • Schabath, Matthew B.H. Lee Moffitt Cancer Center & Research Institute (författare)
  • Aldrich, Melinda C. (författare)
  • Stevens, Victoria L.American Cancer Society (författare)
  • Jin, GuangfuNanjing Medical University (författare)
  • Christiani, David C. (författare)
  • Hu, ZhibinNanjing Medical University (författare)
  • Amos, Christopher I.Baylor College of Medicine (författare)
  • Ma, HongxiaNanjing Medical University (författare)
  • Shen, HongbingNanjing Medical University (författare)
  • Nanjing Medical UniversityNational Cancer Institute, USA (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Frontiers of Medicine: Springer-Verlag New York15:2, s. 275-2912095-02172095-0225

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy