Sökning: L773:0741 0395 OR L773:1098 2272
> (2020-2022) >
Integration of mult...
-
Sun, RyanUniversity of Texas MD Anderson Cancer Center
(författare)
Integration of multiomic annotation data to prioritize and characterize inflammation and immune-related risk variants in squamous cell lung cancer
- Artikel/kapitelEngelska2021
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
2020-09-14
-
John Wiley & Sons,2021
-
printrdacarrier
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:umu-175917
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:umu:diva-175917URI
-
https://doi.org/10.1002/gepi.22358DOI
-
https://lup.lub.lu.se/record/2defccce-7111-4733-ba75-1c6417f621daURI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Anmärkningar
-
Clinical trial results have recently demonstrated that inhibiting inflammation by targeting the interleukin-1 beta pathway can offer a significant reduction in lung cancer incidence and mortality, highlighting a pressing and unmet need to understand the benefits of inflammation-focused lung cancer therapies at the genetic level. While numerous genome-wide association studies (GWAS) have explored the genetic etiology of lung cancer, there remains a large gap between the type of information that may be gleaned from an association study and the depth of understanding necessary to explain and drive translational findings. Thus, in this study we jointly model and integrate extensive multiomics data sources, utilizing a total of 40 genome-wide functional annotations that augment previously published results from the International Lung Cancer Consortium (ILCCO) GWAS, to prioritize and characterize single nucleotide polymorphisms (SNPs) that increase risk of squamous cell lung cancer through the inflammatory and immune responses. Our work bridges the gap between correlative analysis and translational follow-up research, refining GWAS association measures in an interpretable and systematic manner. In particular, reanalysis of the ILCCO data highlights the impact of highly associated SNPs from nuclear factor-kappa B signaling pathway genes as well as major histocompatibility complex mediated variation in immune responses. One consequence of prioritizing likely functional SNPs is the pruning of variants that might be selected for follow-up work by over an order of magnitude, from potentially tens of thousands to hundreds. The strategies we introduce provide informative and interpretable approaches for incorporating extensive genome-wide annotation data in analysis of genetic association studies.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Xu, Miao
(författare)
-
Li, Xihao
(författare)
-
Gaynor, Sheila
(författare)
-
Zhou, Hufeng
(författare)
-
Li, Zilin
(författare)
-
Bosse, Yohan
(författare)
-
Lam, Stephen
(författare)
-
Tsao, Ming-Sound
(författare)
-
Tardon, Adonina
(författare)
-
Chen, Chu
(författare)
-
Doherty, Jennifer
(författare)
-
Goodman, Gary
(författare)
-
Bojesen, Stig E.
(författare)
-
Landi, Maria T.
(författare)
-
Johansson, Mattias
(författare)
-
Field, John K.
(författare)
-
Bickeboeller, Heike
(författare)
-
Wichmann, H-Erich
(författare)
-
Risch, Angela
(författare)
-
Rennert, Gadi
(författare)
-
Arnold, Suzanne
(författare)
-
Wu, Xifeng
(författare)
-
Melander, OlleLund University,Lunds universitet,Institutionen för kliniska vetenskaper, Malmö,Medicinska fakulteten,Department of Clinical Sciences, Malmö,Faculty of Medicine,Catalan Institute of Oncology(Swepub:lu)endo-ome
(författare)
-
Brunnström, HansLund University,Lunds universitet,Förbättrad diagnostik och prognostik vid lungcancer och metastaser till lunga,Forskargrupper vid Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Patologi, Lund,Sektion V,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Improved diagnostics and prognostics of lung cancer and metastases to the lungs,Lund University Research Groups,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Pathology, Lund,Section V,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine,Skåne University Hospital(Swepub:lu)med-hsb
(författare)
-
Le Marchand, Loic
(författare)
-
Liu, Geoffrey
(författare)
-
Andrew, Angeline
(författare)
-
Duell, Eric
(författare)
-
Kiemeney, Lambertus A.
(författare)
-
Shen, Hongbing
(författare)
-
Haugen, Aage
(författare)
-
Johansson, MikaelUmeå universitet,Onkologi(Swepub:umu)mijo0025
(författare)
-
Grankvist, KjellUmeå universitet,Klinisk kemi(Swepub:umu)kjgr0002
(författare)
-
Caporaso, Neil
(författare)
-
Woll, Penella
(författare)
-
Dawn Teare, M.
(författare)
-
Scelo, Ghislaine
(författare)
-
Hong, Yun-Chul
(författare)
-
Yuan, Jian-Min
(författare)
-
Lazarus, Philip
(författare)
-
Schabath, Matthew B.
(författare)
-
Aldrich, Melinda C.
(författare)
-
Albanes, Demetrios
(författare)
-
Mak, Raymond
(författare)
-
Barbie, David
(författare)
-
Brennan, Paul
(författare)
-
Hung, Rayjean J.
(författare)
-
Amos, Christopher I.
(författare)
-
Christiani, David C.
(författare)
-
Lin, XihongHarvard University
(författare)
-
University of Texas MD Anderson Cancer CenterInstitutionen för kliniska vetenskaper, Malmö
(creator_code:org_t)
-
et al.
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:Genetic Epidemiology: John Wiley & Sons45:1, s. 99-1140741-03951098-2272
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Sun, Ryan
-
Xu, Miao
-
Li, Xihao
-
Gaynor, Sheila
-
Zhou, Hufeng
-
Li, Zilin
-
visa fler...
-
Bosse, Yohan
-
Lam, Stephen
-
Tsao, Ming-Sound
-
Tardon, Adonina
-
Chen, Chu
-
Doherty, Jennife ...
-
Goodman, Gary
-
Bojesen, Stig E.
-
Landi, Maria T.
-
Johansson, Matti ...
-
Field, John K.
-
Bickeboeller, He ...
-
Wichmann, H-Eric ...
-
Risch, Angela
-
Rennert, Gadi
-
Arnold, Suzanne
-
Wu, Xifeng
-
Melander, Olle
-
Brunnström, Hans
-
Le Marchand, Loi ...
-
Liu, Geoffrey
-
Andrew, Angeline
-
Duell, Eric
-
Kiemeney, Lamber ...
-
Shen, Hongbing
-
Haugen, Aage
-
Johansson, Mikae ...
-
Grankvist, Kjell
-
Caporaso, Neil
-
Woll, Penella
-
Dawn Teare, M.
-
Scelo, Ghislaine
-
Hong, Yun-Chul
-
Yuan, Jian-Min
-
Lazarus, Philip
-
Schabath, Matthe ...
-
Aldrich, Melinda ...
-
Albanes, Demetri ...
-
Mak, Raymond
-
Barbie, David
-
Brennan, Paul
-
Hung, Rayjean J.
-
Amos, Christophe ...
-
Christiani, Davi ...
-
Lin, Xihong
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Klinisk medicin
-
och Cancer och onkol ...
- Artiklar i publikationen
-
Genetic Epidemio ...
- Av lärosätet
-
Umeå universitet
-
Lunds universitet