id:"swepub:oai:DiVA.org:umu-178930"
Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:umu-178930" > ProkSeq for complet...
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
- Mahmud, A. K. M. FirojUmeå universitet,Institutionen för molekylärbiologi (Medicinska fakulteten),Molekylär Infektionsmedicin, Sverige (MIMS),Umeå Centre for Microbial Research (UCMR),Maria Fallman (författare)
ProkSeq for complete analysis of RNA-Seq data from prokaryotes
- Artikel/kapitelEngelska2021
Förlag, utgivningsår, omfång ...
- 2020-12-26
- UK :Oxford University Press,2021
- electronicrdacarrier
Nummerbeteckningar
- LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:umu-178930
- https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:umu:diva-178930URI
- https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa1063DOI
- https://res.slu.se/id/publ/112515URI
Kompletterande språkuppgifter
- Språk:engelska
- Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
- SwePubSwePub
Klassifikation
Anmärkningar
- Summary: Since its introduction, RNA-Seq technology has been used extensively in studies of pathogenic bacteria to identify and quantify differences in gene expression across multiple samples from bacteria exposed to different conditions. With some exceptions, tools for studying gene expression, determination of differential gene expression, downstream pathway analysis and normalization of data collected in extreme biological conditions is still lacking. Here, we describe ProkSeq, a user-friendly, fully automated RNA-Seq data analysis pipeline designed for prokaryotes. ProkSeq provides a wide variety of options for analysing differential expression, normalizing expression data and visualizing data and results.Availability and implementation: ProkSeq is implemented in Python and is published under the MIT source license. The pipeline is available as a Docker container https://hub.docker.com/repository/docker/snandids/prokseq-v2.0, or can be used through Anaconda: https://anaconda.org/snandiDS/prokseq. The code is available on Github: https://github.com/snandiDS/prokseq and a detailed user documentation, including a manual and tutorial can be found at https://prokseqV20.readthedocs.io.
Ämnesord och genrebeteckningar
- NATURVETENSKAP Biologi Mikrobiologi hsv//swe
- NATURAL SCIENCES Biological Sciences Microbiology hsv//eng
- NATURVETENSKAP Biologi Bioinformatik och systembiologi hsv//swe
- NATURAL SCIENCES Biological Sciences Bioinformatics and Systems Biology hsv//eng
- biology
- biologi
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
- Delhomme, NicolasSwedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi,Department of Forest Genetics and Plant Physiology(Swepub:slu)93629 (författare)
- Nandi, Soumyadeep (författare)
- Fällman, Maria,1960-Umeå universitet,Umeå Centre for Microbial Research (UCMR),Molekylär Infektionsmedicin, Sverige (MIMS),Institutionen för molekylärbiologi (Medicinska fakulteten)(Swepub:umu)mafa0002 (författare)
- Umeå universitetInstitutionen för molekylärbiologi (Medicinska fakulteten) (creator_code:org_t)
- Sveriges lantbruksuniversitet
Sammanhörande titlar
- Ingår i:BioinformaticsUK : Oxford University Press37:1, s. 126-1281367-48031367-48111460-2059
Internetlänk
- https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa1063Fulltext
- https://umu.diva-portal.org/smash/get/diva2:1520695/FULLTEXT02.pdffulltext:print
- https://academic.oup.com/bioinformatics/article-pdf/37/1/126/37006031/btaa1063.pdf
- https://pub.epsilon.slu.se/id/eprint/24757/contentsFULLTEXT
- https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:umu:diva-178930
- https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa1063
- https://res.slu.se/id/publ/112515
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Hitta mer i SwePub
- Av författaren/redakt...
- Mahmud, A. K. M. ...
- Delhomme, Nicola ...
- Nandi, Soumyadee ...
- Fällman, Maria, ...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Biologi
- och Mikrobiologi
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Biologi
- och Bioinformatik oc ...
- Artiklar i publikationen
- Bioinformatics
- Av lärosätet
- Umeå universitet
- Sveriges Lantbruksuniversitet
Sök utanför SwePub
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
- Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
- LIBRIS.kb.se
