SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Hoffmann Per)
 

Sökning: WFRF:(Hoffmann Per) > (2010-2014) > Systematic Pathway ...

  • Woltmann, Andrea (författare)

Systematic Pathway Enrichment Analysis of a Genome-Wide Association Study on Breast Cancer Survival Reveals an Influence of Genes Involved in Cell Adhesion and Calcium Signaling on the Patients' Clinical Outcome

  • Artikel/kapitelEngelska2014

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2014-06-02
  • Public Library of Science (PLoS),2014
  • electronicrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:umu-91141
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:umu:diva-91141URI
  • https://doi.org/10.1371/journal.pone.0098229DOI
  • https://lup.lub.lu.se/record/4529438URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • Genome-wide association studies (GWASs) may help to understand the effects of genetic polymorphisms on breast cancer (BC) progression and survival. However, they give only a focused view, which cannot capture the tremendous complexity of this disease. Therefore, we investigated data from a previously conducted GWAS on BC survival for enriched pathways by different enrichment analysis tools using the two main annotation databases Gene Ontology (GO) and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG). The goal was to identify the functional categories (GO terms and KEGG pathways) that are consistently overrepresented in a statistically significant way in the list of genes generated from the single nucleotide polymorphism (SNP) data. The SNPs with allelic p-value cut-offs 0.005 and 0.01 were annotated to the genes by excluding or including a 20 kb up-and down-stream sequence of the genes and analyzed by six different tools. We identified eleven consistently enriched categories, the most significant ones relating to cell adhesion and calcium ion binding. Moreover, we investigated the similarity between our GWAS and the enrichment analyses of twelve published gene expression signatures for breast cancer prognosis. Five of them were commonly used and commercially available, five were based on different aspects of metastasis formation and two were developed from meta-analyses of published prognostic signatures. This comparison revealed similarities between our GWAS data and the general and the specific brain metastasis gene signatures as well as the Oncotype DX signature. As metastasis formation is a strong indicator of a patient's prognosis, this result reflects the survival aspect of the conducted GWAS and supports cell adhesion and calcium signaling as important pathways in cancer progression.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Chen, BowangLund University,Lunds universitet,Allmänmedicin och klinisk epidemiologi,Forskargrupper vid Lunds universitet,Family Medicine and Clinical Epidemiology,Lund University Research Groups(Swepub:lu)med-bgc (författare)
  • Lascorz, Jesus (författare)
  • Johansson, RobertUmeå universitet,Onkologi(Swepub:umu)rojo0001 (författare)
  • Eyfjord, Jorunn E. (författare)
  • Hamann, Ute (författare)
  • Manjer, JonasLund University,Lunds universitet,Kirurgi,Forskargrupper vid Lunds universitet,Surgery,Lund University Research Groups(Swepub:lu)smi-jma (författare)
  • Enquist-Olsson, KerstinUmeå universitet,Institutionen för folkhälsa och klinisk medicin (författare)
  • Henriksson, RogerUmeå universitet,Onkologi(Swepub:umu)rohe0003 (författare)
  • Herms, Stefan (författare)
  • Hoffmann, Per (författare)
  • Hemminki, KariLund University,Lunds universitet,Allmänmedicin och klinisk epidemiologi,Forskargrupper vid Lunds universitet,Family Medicine and Clinical Epidemiology,Lund University Research Groups(Swepub:lu)med-khk (författare)
  • Lenner, Per (författare)
  • Försti, AstaLund University,Lunds universitet,Allmänmedicin och klinisk epidemiologi,Forskargrupper vid Lunds universitet,Family Medicine and Clinical Epidemiology,Lund University Research Groups(Swepub:lu)med-asf (författare)
  • Allmänmedicin och klinisk epidemiologiForskargrupper vid Lunds universitet (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:PLOS ONE: Public Library of Science (PLoS)9:6, s. e98229-1932-6203

Internetlänk

Hitta via bibliotek

  • PLOS ONE (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy