id:"swepub:oai:DiVA.org:uu-100546"
Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:uu-100546" > Patterns of Diverge...
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
- Palmé, Anna,1973-Uppsala universitet,Evolutionär funktionsgenomik (författare)
Patterns of Divergence among Conifer ESTs and Polymorphism in Pinus sylvestris Identify Putative Selective Sweeps
- Artikel/kapitelEngelska2008
Förlag, utgivningsår, omfång ...
- 2008-08-05
- Oxford University Press (OUP),2008
- printrdacarrier
Nummerbeteckningar
- LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-100546
- https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-100546URI
- https://doi.org/10.1093/molbev/msn194DOI
Kompletterande språkuppgifter
- Språk:engelska
- Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
- SwePubSwePub
Klassifikation
Anmärkningar
- Finding genes that are under positive selection is a difficult task, especially in non-model organisms. Here, we haveanalyzed expressed sequence tag (EST) data from 4 species (Pinus pinaster, Pinus taeda, Picea glauca, and Pseudotsugamenziesii) to investigate selection patterns during their evolution and to identify genes likely to be under positiveselection. To confirm selection, population samples of these genes have been sequenced in Pinus sylvestris, a species thatwas not included in the EST data set. The estimates of branch-specific Ka/Ks (nonsynonymous/synonymous substitutionrates) across all genes in the EST data set were similar or smaller than estimates from other higher plant species. Therewas no evidence for the traditional indication of positive selection, Ka/Ks above 1. However, several lines of evidencebased on polymorphism patterns suggest that genes with high Ka/Ks (0.20–0.52) in the EST data set are in fact moreaffected by positive selection in P. sylvestris than genes with low Ka/Ks (0.01–0.04). The high Ka/Ks genes have a lowerlevel of polymorphism and more negative Tajima’s D than the low Ka/Ks genes. Further, in the high Ka/Ks group, theHudson–Kreitman–Aguade test is significant. This suggests that the EST data set is a good starting point for findinggenes under positive selection in conifers and that even moderate Ka/Ks values could be indicative of selection. A groupof 5 genes with high Ka/Ks collectively show evidence for positive selection within P. sylvestris.
Ämnesord och genrebeteckningar
- NATURVETENSKAP Biologi Genetik hsv//swe
- NATURAL SCIENCES Biological Sciences Genetics hsv//eng
- selection
- candidate genes
- Ka/Ks
- dn/ds
- Pinus sylvestris
- Scots pine
- Genetics
- Genetik
- Genetics
- genetik
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
- Wright, Mark (författare)
- Savolainen, Outi (författare)
- Uppsala universitetEvolutionär funktionsgenomik (creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
- Ingår i:Molecular biology and evolution: Oxford University Press (OUP)25:12, s. 2567-25770737-40381537-1719
Internetlänk
Hitta via bibliotek
- Molecular biology and evolution (Sök värdpublikationen i LIBRIS)
Till lärosätets databas
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Hitta mer i SwePub
- Av författaren/redakt...
- Palmé, Anna, 197 ...
- Wright, Mark
- Savolainen, Outi
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Biologi
- och Genetik
- Artiklar i publikationen
- Molecular biolog ...
- Av lärosätet
- Uppsala universitet
Sök utanför SwePub
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
- Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
- LIBRIS.kb.se
