SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Diaz Maria)
 

Sökning: WFRF:(Diaz Maria) > (2005-2009) > Array-CGH and multi...

  • Darai-Ramqvist, EvaKarolinska Institutet (författare)

Array-CGH and multipoint FISH to decode complex chromosomal rearrangements

  • Artikel/kapitelEngelska2006

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2006-12-29
  • Springer Science and Business Media LLC,2006
  • printrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-10561
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-10561URI
  • https://doi.org/10.1186/1471-2164-7-330DOI
  • http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:14445172URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • Background: Recently, several high-resolution methods of chromosome analysis have been developed. It is important to compare these methods and to select reliable combinations of techniques to analyze complex chromosomal rearrangements in tumours. In this study we have compared array-CGH (comparative genomic hybridization) and multipoint FISH (mpFISH) for their ability to characterize complex rearrangements on human chromosome 3 (chr3) in tumour cell lines. We have used 179 BAC/PAC clones covering chr3 with an approximately 1 Mb resolution to analyze nine carcinoma lines. Chr3 was chosen for analysis, because of its frequent rearrangements in human solid tumours. Results: The ploidy of the tumour cell lines ranged from near-diploid to near-pentaploid. Chr3 locus copy number was assessed by interphase and metaphase mpFISH. Totally 53 chr3 fragments were identified having copy numbers from 0 to 14. MpFISH results from the BAC/PAC clones and array-CGH gave mainly corresponding results. Each copy number change on the array profile could be related to a specific chromosome aberration detected by metaphase mpFISH. The analysis of the correlation between real copy number from mpFISH and the average normalized inter-locus fluorescence ratio (ANILFR) value detected by array-CGH demonstrated that copy number is a linear function of parameters that include the variable, ANILFR, and two constants, ploidy and background normalized fluorescence ratio. Conclusion: In most cases, the changes in copy number seen on array-CGH profiles reflected cumulative chromosome rearrangements. Most of them stemmed from unbalanced translocations. Although our chr3 BAC/PAC array could identify single copy number changes even in pentaploid cells, mpFISH provided a more accurate analysis in the dissection of complex karyotypes at high ploidy levels.

Ämnesord och genrebeteckningar

  • MEDICINE
  • MEDICIN

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Díaz de Ståhl, TeresitaUppsala universitet,Institutionen för genetik och patologi (författare)
  • Sandlund, AgnetaKarolinska Institutet (författare)
  • Mantripragada, KiranUppsala universitet,Institutionen för genetik och patologi (författare)
  • Klein, GeorgeKarolinska Institutet (författare)
  • Dumanski, JanUppsala universitet,Institutionen för genetik och patologi(Swepub:uu)janduman (författare)
  • Imreh, StefanKarolinska Institutet (författare)
  • Kost-Alimova, MariaKarolinska Institutet (författare)
  • Karolinska InstitutetInstitutionen för genetik och patologi (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:BMC Genomics: Springer Science and Business Media LLC7, s. 330-1471-2164

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy