SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Ouimet Manon)
 

Sökning: WFRF:(Ouimet Manon) > Mallmin Hans > Population genomics...

  • Grundberg, ElinUppsala universitet,Institutionen för medicinska vetenskaper,Metabolic Bone Diseases (författare)

Population genomics in a disease targeted primary cell model

  • Artikel/kapitelEngelska2009

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2009-08-04
  • Cold Spring Harbor Laboratory,2009
  • printrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-111770
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-111770URI
  • https://doi.org/10.1101/gr.095224.109DOI
  • https://gup.ub.gu.se/publication/106849URI
  • https://lup.lub.lu.se/record/1520209URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • The common genetic variants associated with complex traits typically lie in noncoding DNA and may alter gene regulation in a cell type-specific manner. Consequently, the choice of tissue or cell model in the dissection of disease associations is important. We carried out an expression quantitative trait loci (eQTL) study of primary human osteoblasts (HOb) derived from 95 unrelated donors of Swedish origin, each represented by two independently derived primary lines to provide biological replication. We combined our data with publicly available information from a genome-wide association study (GWAS) of bone mineral density (BMD). The top 2000 BMD-associated SNPs (P < approximately 10(-3)) were tested for cis-association of gene expression in HObs and in lymphoblastoid cell lines (LCLs) using publicly available data and showed that HObs have a significantly greater enrichment (threefold) of converging cis-eQTLs as compared to LCLs. The top 10 BMD loci with SNPs showing strong cis-effects on gene expression in HObs (P = 6 x 10(-10) - 7 x 10(-16)) were selected for further validation using a staged design in two cohorts of Caucasian male subjects. All 10 variants were tested in the Swedish MrOS Cohort (n = 3014), providing evidence for two novel BMD loci (SRR and MSH3). These variants were then tested in the Rotterdam Study (n = 2090), yielding converging evidence for BMD association at the 17p13.3 SRR locus (P(combined) = 5.6 x 10(-5)). The cis-regulatory effect was further fine-mapped to the proximal promoter of the SRR gene (rs3744270, r(2) = 0.5, P = 2.6 x 10(-15)). Our results suggest that primary cells relevant to disease phenotypes complement traditional approaches for prioritization and validation of GWAS hits for follow-up studies.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Kwan, Tony (författare)
  • Ge, Bing (författare)
  • Lam, Kevin C. (författare)
  • Koka, Vonda (författare)
  • Kindmark, AndreasUppsala universitet,Institutionen för medicinska vetenskaper,Metabolic Bone Diseases(Swepub:uu)andrkind (författare)
  • Mallmin, HansUppsala universitet,Ortopedi(Swepub:uu)hansmall (författare)
  • Dias, Joana (författare)
  • Verlaan, Dominique J. (författare)
  • Ouimet, Manon (författare)
  • Sinnett, Daniel (författare)
  • Rivadeneira, Fernando (författare)
  • Estrada, Karol (författare)
  • Hofman, Albert (författare)
  • Mellström, Dan,1945Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för medicin, avdelningen för samhällsmedicin och folkhälsa,Institute of Medicine, School of Public Health and Community Medicine(Swepub:gu)xmelda (författare)
  • Uitterlinden, André (författare)
  • Beaulieu, Patrick (författare)
  • Graziani, Alexandru (författare)
  • Harmsen, Eef (författare)
  • Ljunggren, ÖstenUppsala universitet,Institutionen för medicinska vetenskaper,Metabolic Bone Diseases(Swepub:uu)osteljun (författare)
  • Ohlsson, Claes,1965Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för medicin, avdelningen för invärtesmedicin,Institute of Medicine, Department of Internal Medicine(Swepub:gu)xohlcl (författare)
  • Mellström, Dan (författare)
  • Karlsson, MagnusLund University,Lunds universitet,Ortopedi - klinisk och molekylär osteoporosforskning,Forskargrupper vid Lunds universitet,Orthopedics - Clinical and Molecular Osteoporosis Research,Lund University Research Groups(Swepub:lu)orto-mka (författare)
  • Nilsson, OlleUppsala universitet,Ortopedi(Swepub:uu)olnil677 (författare)
  • Pastinen, Tomi (författare)
  • Uppsala universitetInstitutionen för medicinska vetenskaper (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Genome Research: Cold Spring Harbor Laboratory19:11, s. 1942-19521088-90511549-5469

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy