Tyck till om SwePub Sök
här!
Sökning: WFRF:(Mangion Jonathan) >
Differential bindin...
-
Motallebipour, MehdiUppsala universitet,Institutionen för genetik och patologi
(författare)
Differential binding and co-binding pattern of FOXA1 and FOXA3 and their relation to H3K4me3 in HepG2 cells revealed by ChIP-seq
- Artikel/kapitelEngelska2009
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
Springer Science and Business Media LLC,2009
-
printrdacarrier
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-119751
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-119751URI
-
https://doi.org/10.1186/gb-2009-10-11-r129DOI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Anmärkningar
-
De två (2) första författarna delar förstaförfattarskapet.
-
BACKGROUND: The forkhead box/winged helix family members FOXA1, FOXA2, and FOXA3 are of high importance in development and specification of the hepatic linage and the continued expression of liver-specific genes. RESULTS: Here, we present a genome-wide location analysis of FOXA1 and FOXA3 binding sites in HepG2 cells through chromatin immunoprecipitation with detection by sequencing (ChIP-seq) studies and compare these with our previous results on FOXA2. We found that these factors often bind close to each other in different combinations and consecutive immunoprecipitation of chromatin for one and then a second factor (ChIP-reChIP) shows that this occurs in the same cell and on the same DNA molecule, suggestive of molecular interactions. Using co-immunoprecipitation, we further show that FOXA2 interacts with both FOXA1 and FOXA3 in vivo, while FOXA1 and FOXA3 do not appear to interact. Additionally, we detected diverse patterns of trimethylation of lysine 4 on histone H3 (H3K4me3) at transcriptional start sites and directionality of this modification at FOXA binding sites. Using the sequence reads at polymorphic positions, we were able to predict allele specific binding for FOXA1, FOXA3, and H3K4me3. Finally, several SNPs associated with diseases and quantitative traits were located in the enriched regions. CONCLUSIONS: We find that ChIP-seq can be used not only to create gene regulatory maps but also to predict molecular interactions and to inform on the mechanisms for common quantitative variation.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Ameur, AdamUppsala universitet,Centrum för bioinformatik,Institutionen för genetik och patologi(Swepub:uu)adame789
(författare)
-
Bysani, Madhusudhan ReddyUppsala universitet,Medicinsk genetik(Swepub:uu)madby167
(författare)
-
Patra, KalicharanUppsala universitet,Institutionen för genetik och patologi,Zoologisk utvecklingsbiologi(Swepub:uu)kalpa269
(författare)
-
Wallerman, OlaUppsala universitet,Medicinsk genetik(Swepub:uu)olwal516
(författare)
-
Mangion, Jonathan
(författare)
-
Barker, Melissa
(författare)
-
McKernan, Kevin
(författare)
-
Komorowski, JanUppsala universitet,Centrum för bioinformatik(Swepub:uu)jakom133
(författare)
-
Wadelius, ClaesUppsala universitet,Medicinsk genetik(Swepub:uu)claeswad
(författare)
-
Uppsala universitetInstitutionen för genetik och patologi
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:Genome Biology: Springer Science and Business Media LLC10:11, s. R129-1465-69061474-760X
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Motallebipour, M ...
-
Ameur, Adam
-
Bysani, Madhusud ...
-
Patra, Kalichara ...
-
Wallerman, Ola
-
Mangion, Jonatha ...
-
visa fler...
-
Barker, Melissa
-
McKernan, Kevin
-
Komorowski, Jan
-
Wadelius, Claes
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
- Artiklar i publikationen
-
Genome Biology
- Av lärosätet
-
Uppsala universitet