SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-127451"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-127451" > Structural and Func...

  • Simister, Philip (författare)

Structural and Functional Analysis of Hepatitis C Virus Strain JFH1 Polymerase

  • Artikel/kapitelEngelska2009

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2009
  • printrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-127451
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-127451URI
  • https://doi.org/10.1128/JVI.01008-09DOI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • The hepatitis C virus (HCV) isolate JFH1 represents the only cloned wild-type sequence capable of efficient replication in cell culture, as well as in chimpanzees. Previous reports have pointed to the viral polymerase NS5B as a major determinant for efficient replication of this isolate. To understand the underlying mechanisms, we expressed and purified NS5B of JFH1 and of the closely related isolate J6, which replicates below the limit of detection in cell culture. The JFH1 enzyme exhibited a 5- to 10-fold-higher specific activity in vitro, consistent with the polymerase activity itself contributing to efficient replication of JFH1. The higher in vitro activity of the JFH1 enzyme was not due to increased RNA binding, elongation rate, or processivity of the polymerase but to higher initiation efficiency. By using homopolymeric and heteropolymeric templates, we found that purified JFH1 NS5B was significantly more efficient in de novo initiation of RNA synthesis than the J6 counterpart, particularly at low GTP concentrations, probably representing an important prerequisite for the rapid replication kinetics of JFH1. Furthermore, we solved the crystal structure of JFH1 NS5B, which displays a very closed conformation that is expected to facilitate de novo initiation. Structural analysis shows that this closed conformation is stabilized by a sprinkle of substitutions that together promote extra hydrophobic interactions between the subdomains "thumb" and "fingers." These analyses provide deeper insights into the initiation of HCV RNA synthesis and might help to establish more efficient cell culture models for HCV using alternative isolates.

Ämnesord och genrebeteckningar

  • MEDICINE
  • MEDICIN

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Schmitt, Melanie (författare)
  • Geitmann, MatthisUppsala universitet,Institutionen för biokemi och organisk kemi(Swepub:uu)magei517 (författare)
  • Wicht, Oliver (författare)
  • Danielson, HelenaUppsala universitet,Institutionen för biokemi och organisk kemi(Swepub:uu)helenads (författare)
  • Klein, Rahel (författare)
  • Bressanelli, Stephane (författare)
  • Lohmann, Volker (författare)
  • Uppsala universitetInstitutionen för biokemi och organisk kemi (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Journal of Virology83:22, s. 11926-119390022-538X1098-5514

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy