Sökning: WFRF:(Webster Matthew T.) >
The recombination l...
-
Backström, NiclasUppsala universitet,Evolutionsbiologi
(författare)
The recombination landscape of the zebra finch Taeniopygia guttata genome
- Artikel/kapitelEngelska2010
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
2010-03-31
-
Cold Spring Harbor Laboratory,2010
-
printrdacarrier
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-130539
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-130539URI
-
https://doi.org/10.1101/gr.101410.109DOI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Anmärkningar
-
Understanding the causes and consequences of variation in the rate of recombination is essential since this parameter is considered to affect levels of genetic variability, the efficacy of selection, and the design of association and linkage mapping studies. However, there is limited knowledge about the factors governing recombination rate variation. We genotyped 1920 single nucleotide polymorphisms in a multigeneration pedigree of more than 1000 zebra finches (Taeniopygia guttata) to develop a genetic linkage map, and then we used these map data together with the recently available draft genome sequence of the zebra finch to estimate recombination rates in 1 Mb intervals across the genome. The average zebra finch recombination rate (1.5 cM/Mb) is higher than in humans, but significantly lower than in chicken. The local rates of recombination in chicken and zebra finch were only weakly correlated, demonstrating evolutionary turnover of the recombination landscape in birds. The distribution of recombination events was heavily biased toward ends of chromosomes, with a stronger telomere effect than so far seen in any organism. In fact, the recombination rate was as low as 0.1 cM/Mb in intervals up to 100 Mb long in the middle of the larger chromosomes. We found a positive correlation between recombination rate and GC content, as well as GC-rich sequence motifs. Levels of linkage disequilibrium (LD) were significantly higher in regions of low recombination, showing that heterogeneity in recombination rates have left a footprint on the genomic landscape of LD in zebra finch populations.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Forstmeier, Wolfgang
(författare)
-
Schielzeth, HolgerUppsala universitet,Evolutionsbiologi(Swepub:uu)holsc837
(författare)
-
Mellenius, HarrietUppsala universitet,Evolutionsbiologi
(författare)
-
Nam, KiwoongUppsala universitet,Evolutionsbiologi(Swepub:uu)kina356
(författare)
-
Bolund, Elisabeth
(författare)
-
Webster, Matthew T.Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Evolutionsbiologi(Swepub:uu)maweb226
(författare)
-
Öst, TorbjörnUppsala universitet,Institutionen för medicinska vetenskaper
(författare)
-
Schneider, Melanie
(författare)
-
Kempenaers, Bart
(författare)
-
Ellegren, HansUppsala universitet,Evolutionsbiologi(Swepub:uu)hanselle
(författare)
-
Uppsala universitetEvolutionsbiologi
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:Genome Research: Cold Spring Harbor Laboratory20:4, s. 485-4951088-90511549-5469
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Backström, Nicla ...
-
Forstmeier, Wolf ...
-
Schielzeth, Holg ...
-
Mellenius, Harri ...
-
Nam, Kiwoong
-
Bolund, Elisabet ...
-
visa fler...
-
Webster, Matthew ...
-
Öst, Torbjörn
-
Schneider, Melan ...
-
Kempenaers, Bart
-
Ellegren, Hans
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Genetik
- Artiklar i publikationen
-
Genome Research
- Av lärosätet
-
Uppsala universitet