SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Webster Matthew T.)
 

Sökning: WFRF:(Webster Matthew T.) > The recombination l...

  • Backström, NiclasUppsala universitet,Evolutionsbiologi (författare)

The recombination landscape of the zebra finch Taeniopygia guttata genome

  • Artikel/kapitelEngelska2010

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2010-03-31
  • Cold Spring Harbor Laboratory,2010
  • printrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-130539
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-130539URI
  • https://doi.org/10.1101/gr.101410.109DOI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • Understanding the causes and consequences of variation in the rate of recombination is essential since this parameter is considered to affect levels of genetic variability, the efficacy of selection, and the design of association and linkage mapping studies. However, there is limited knowledge about the factors governing recombination rate variation. We genotyped 1920 single nucleotide polymorphisms in a multigeneration pedigree of more than 1000 zebra finches (Taeniopygia guttata) to develop a genetic linkage map, and then we used these map data together with the recently available draft genome sequence of the zebra finch to estimate recombination rates in 1 Mb intervals across the genome. The average zebra finch recombination rate (1.5 cM/Mb) is higher than in humans, but significantly lower than in chicken. The local rates of recombination in chicken and zebra finch were only weakly correlated, demonstrating evolutionary turnover of the recombination landscape in birds. The distribution of recombination events was heavily biased toward ends of chromosomes, with a stronger telomere effect than so far seen in any organism. In fact, the recombination rate was as low as 0.1 cM/Mb in intervals up to 100 Mb long in the middle of the larger chromosomes. We found a positive correlation between recombination rate and GC content, as well as GC-rich sequence motifs. Levels of linkage disequilibrium (LD) were significantly higher in regions of low recombination, showing that heterogeneity in recombination rates have left a footprint on the genomic landscape of LD in zebra finch populations.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Forstmeier, Wolfgang (författare)
  • Schielzeth, HolgerUppsala universitet,Evolutionsbiologi(Swepub:uu)holsc837 (författare)
  • Mellenius, HarrietUppsala universitet,Evolutionsbiologi (författare)
  • Nam, KiwoongUppsala universitet,Evolutionsbiologi(Swepub:uu)kina356 (författare)
  • Bolund, Elisabeth (författare)
  • Webster, Matthew T.Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Evolutionsbiologi(Swepub:uu)maweb226 (författare)
  • Öst, TorbjörnUppsala universitet,Institutionen för medicinska vetenskaper (författare)
  • Schneider, Melanie (författare)
  • Kempenaers, Bart (författare)
  • Ellegren, HansUppsala universitet,Evolutionsbiologi(Swepub:uu)hanselle (författare)
  • Uppsala universitetEvolutionsbiologi (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Genome Research: Cold Spring Harbor Laboratory20:4, s. 485-4951088-90511549-5469

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy