Scrutinizing Molecular Mechanics Force Fields on the Submicrosecond Timescale with NMR Data

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: WFRF:(de Groot Bert L.) > Scrutinizing Molecu...

Lange, Oliver F. (författare)

Scrutinizing Molecular Mechanics Force Fields on the Submicrosecond Timescale with NMR Data

Artikel/kapitelEngelska2010

Förlag, utgivningsår, omfång ...

Elsevier BV,2010
printrdacarrier

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-135960
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-135960URI
https://doi.org/10.1016/j.bpj.2010.04.062DOI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

Protein dynamics on the atomic level and on the microsecond timescale has recently become accessible from both computation and experiment. To validate molecular dynamics (MD) at the submicrosecond timescale against experiment we present microsecond MD simulations in 10 different force-field configurations for two globular proteins, ubiquitin and the gb3 domain of protein G, for which extensive NMR data is available. We find that the reproduction of the measured NMR data strongly depends on the chosen force field and electrostatics treatment. Generally, particle-mesh Ewald outperforms cut-off and reaction-field approaches. A comparison to measured J-couplings across hydrogen bonds suggests that there is room for improvement in the force-field description of hydrogen bonds in most modern force fields. Our results show that with current force fields, simulations beyond hundreds of nanoseconds run an increased risk of undergoing transitions to nonnative conformational states or will persist within states of high free energy for too long, thus skewing the obtained population frequencies. Only for the AMBER99sb force field have such transitions not been observed. Thus, our results have significance for the interpretation of data obtained with long MD simulations, for the selection of force fields for MD studies and for force-field development. We hope that this comprehensive benchmark based on NMR data applied to many popular MD force fields will serve as a useful resource to the MD community. Finally, we find that for gb3, the force-field AMBER99sb reaches comparable accuracy in back-calculated residual dipolar couplings and J-couplings across hydrogen bonds to ensembles obtained by refinement against NMR data.

Ämnesord och genrebeteckningar

NATURVETENSKAP Biologi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences hsv//eng
Biology
Biologi

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

van der Spoel, DavidUppsala universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi(Swepub:uu)davivand (författare)
de Groot, Bert L. (författare)
Uppsala universitetInstitutionen för cell- och molekylärbiologi (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:Biophysical Journal: Elsevier BV99:2, s. 647-6550006-34951542-0086

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Biophysical Journal (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Lange, Oliver F.; van der Spoel, D ...; de Groot, Bert L ...

Om ämnet

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi

Artiklar i publikationen: Biophysical Jour ...

Av lärosätet: Uppsala universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se