Sökning: WFRF:(Schallmeiner Edith) >
In vitro analysis o...
-
Gustafsdottir, Sigrun M.Uppsala universitet,Institutionen för genetik och patologi
(författare)
In vitro analysis of DNA-protein interactions by proximity ligation
- Artikel/kapitelEngelska2007
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
2007-02-27
-
Proceedings of the National Academy of Sciences,2007
-
printrdacarrier
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-16648
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-16648URI
-
https://doi.org/10.1073/pnas.0611229104DOI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Anmärkningar
-
Protein-binding DNA sequence elements encode a variety of regulated functions of genomes. Information about such elements is currently in a state of rapid growth, but improved methods are required to characterize the sequence specificity of DNA-binding proteins. We have established an in vitro method for specific and sensitive solution-phase analysis of interactions between proteins and nucleic acids in nuclear extracts, based on the proximity ligation assay. The reagent consumption is very low, and the excellent sensitivity of the assay enables analysis of as few as 1-10 cells. We show that our results are highly reproducible, quantitative, and in good agreement with both EMSA and predictions obtained by using a motif finding software. This assay can be a valuable tool to characterize in-depth the sequence specificity of DNA-binding proteins and to evaluate effects of polymorphisms in known transcription factor binding sites.
Ämnesord och genrebeteckningar
-
DNA/*metabolism
-
DNA-Binding Proteins/*metabolism
-
Electrophoretic Mobility Shift Assay
-
Genetic Techniques
-
Models; Molecular
-
Molecular Probes/genetics/metabolism
-
Oligonucleotides/genetics/metabolism
-
Polymerase Chain Reaction
-
MEDICINE
-
MEDICIN
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Schlingemann, JörgUppsala universitet,Institutionen för genetik och patologi
(författare)
-
Rada-Iglesias, AlvaroUppsala universitet,Institutionen för genetik och patologi
(författare)
-
Schallmeiner, EdithUppsala universitet,Institutionen för genetik och patologi(Swepub:uu)edsch087
(författare)
-
Kamali-Moghaddam, MasoodUppsala universitet,Institutionen för genetik och patologi(Swepub:uu)masookam
(författare)
-
Wadelius, ClaesUppsala universitet,Institutionen för genetik och patologi(Swepub:uu)claeswad
(författare)
-
Landegren, UlfUppsala universitet,Institutionen för genetik och patologi(Swepub:uu)ulfland
(författare)
-
Uppsala universitetInstitutionen för genetik och patologi
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America: Proceedings of the National Academy of Sciences104:9, s. 3067-30720027-84241091-6490
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas